计算化学公社

标题: 求助：一条蛋白单体升温至600k模拟20ns后去周期性报错 [打印本页]

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2021-4-4 14:56
标题: 求助：一条蛋白单体升温至600k模拟20ns后去周期性报错
请问各位老师，本人将一条单体蛋白升温至600k模拟20ns后，在使用命令：gmxtrjconv -f md1mer20ns1.xtc-s md1mer20ns1.tpr -o Q.xtc -pbc mol -ur compact -center -n index.ndx -dt 50 去周期性时（其中centering选择group：protein；output也选择group：protein），在输入了output的group序号后，gromacs报下图错误，请问是我的命令还是操作哪个地方出现错误？怎么解决，感谢您的解答！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-5 02:27
大概率是tpr和xtc文件不对应，如果能确保对应，检查ndx文件里的组里面的原子序号是否符合当前体系的情况

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2021-4-5 08:58
好的，谢谢sob老师！4月17号见！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)