计算化学公社

标题: GROMACS2021版安装问题求助 [打印本页]

作者
Author: ErikZhang 时间: 2021-4-4 22:08
标题: GROMACS2021版安装问题求助
安装gromacs2021.1出现未定义引用问题，不知道怎么解决，希望可以得到各位老师指点

cmake版本 3.19
gcc g++版本 9.2

报错如下：
../../lib/libgromacs.so.6.0.0：对‘srot_’未定义的引用
../../lib/libgromacs.so.6.0.0：对‘strsm_’未定义的引用
collect2: 错误：ld 返回 1
src/programs/CMakeFiles/gmx.dir/build.make:100: recipe for target 'bin/gmx' failed
make[3]: *** [bin/gmx] Error 1
CMakeFiles/Makefile2:6658: recipe for target 'src/programs/CMakeFiles/gmx.dir/all' failed
make[2]: *** [src/programs/CMakeFiles/gmx.dir/all] Error 2
CMakeFiles/Makefile2:3517: recipe for target 'CMakeFiles/check.dir/rule' failed
make[1]: *** [CMakeFiles/check.dir/rule] Error 2
Makefile:606: recipe for target 'check' failed
make: *** [check] Error 2

作者
Author: ErikZhang 时间: 2021-4-4 22:19
cmake指令如下：

ccmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=CUDA

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-5 02:24

ErikZhang 发表于 2021-4-4 22:19
cmake指令如下：

ccmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=CUDA

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了

没必要着急用2021那么新的版本，本身比2020也没什么改进。尝试2020

作者
Author: lyj714 时间: 2021-4-5 09:33
本帖最后由 lyj714 于 2021-4-5 10:01 编辑

系统一定不要用中文的，先切换成纯英文(包括创建的文件夹路径都用英文)再测试安装。2020系列没必要用，纯bug系列，如果还是出现上述问题，直接装2019.6版本
(, 下载次数 Times of downloads: 55)
备注：
2021年：本人主推GROMACS 2019.6版本
根据本人的实际使用和测试结果，综合评分目前值得使用的只有该版本，bug少是主要的原因。
速度方面，不低也并非最好，可能2020或者2021速度方面略有提升，但是bug实在是多（不争议），主要是因为代码迁移的过程中引入的，还有一些bug是添加的新功能引入的。

作者
Author: ErikZhang 时间: 2021-4-5 14:04
非常感谢两位老师的回复！！！

之前那个问题已经解决
解决方法如下：
sudo apt install libblas-dev liblapack-dev

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解决以后发现2021.1版并不好用，所以正在安装2019.6版

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