计算化学公社

标题: 如何实现文件名随运行次数同步更新 [打印本页]

作者
Author: Limk 时间: 2021-4-4 22:44
标题: 如何实现文件名随运行次数同步更新
各位老师好，我想做一个多重循环的MD模拟，初始的结构文件为0.gro, 每步MD的运行需要调用上一步MD新产生的结构文件，想请教一下如何编写shell脚本可以实现产生的结构文件[step].gro能够随着运行的step数同步更改，从而可以被下个MD过程调用？请各位老师指导，谢谢！

作者
Author: lyj714 时间: 2021-4-4 23:43
http://bbs.keinsci.com/thread-22116-1-1.html

作者
Author: abin 时间: 2021-4-5 09:11
app.exe < INPUT > OUTPUT
保持不变。
while 循环，
counter递增

采用 output-$counter.gro之类的文件名。
然后用cp 或者ln创建每次文件名。

我自己会这么做。

会有更好的方案。

作者
Author: wwj 时间: 2021-4-9 10:57
#!/bin/sh
for((i=1; i<43; i++));
do
j=$[i+1];
gro1=“..." 此处结构文件路径
if [ -f "$gro1" ]; 判断是否存在结构文件
then
gmx1="gmx grompp -f def.mdp -p si.top -c def"$i".gro -t def"$i".cpt -o def"$j".tpr" 此处输入gmx grompp命令，字符串组合
echo | $gmx1
tpr="....." 此处生成的tpr文件路径
if [ -f "$tpr" ]; 判断是否存在生成tpr文件
then
md1=".....” 输入gmx mdrun命令
echo | $md1
fi
done
我是这么写的，希望能帮到你

作者
Author: Limk 时间: 2021-4-9 14:35

wwj 发表于 2021-4-9 10:57
#!/bin/sh
for((i=1; i

学习到，非常感谢您的指导

作者
Author: Limk 时间: 2021-4-9 14:35

abin 发表于 2021-4-5 09:11
app.exe < INPUT > OUTPUT
保持不变。
while 循环，

感谢老师指导！

作者
Author: Limk 时间: 2021-4-9 14:36

lyj714 发表于 2021-4-4 23:43
http://bbs.keinsci.com/thread-22116-1-1.html

明白了，谢谢您的回复

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)