计算化学公社

标题: 如何利用sorption 在二氧硅层中间加入其它原子？ [打印本页]

作者
Author: 爱模拟的bao 时间: 2021-4-5 10:59
标题: 如何利用sorption 在二氧硅层中间加入其它原子？
本帖最后由爱模拟的bao 于 2021-4-6 18:23 编辑

我利用sorption在二氧化硅层中间加入其它原子，出现了ERROR: Rigid fragments must contain charge groups.不知道什么原因呢？有知道的吗？麻烦指导下呢C:\Users\Admin\Desktop\J5OA3739OB%CXUOHKD777OP.png。C:\Users\Admin\Desktop\J5OA3739OB%CXUOHKD777OP.png加入的主要是121个丙烷分子和879个水分子呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-6 03:30
贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图。每次发帖后好好检查自己发的帖子，有问题尽快修改

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-4-8 14:09
如果你是想模拟二氧化硅-水-有机物体系强烈建议用gromacs，建模、构建拓扑文件以及后续分析都很简单。用MS建好二氧化硅以后用gmx insert-molecules加入分子、用gmx solvate加水，或者用packmol也很方便
二氧化硅的力场文件可以参考这里：http://bbs.keinsci.com/thread-14723-1-1.html
丙烷的力场可以用CHARMM或者AMBER，力场参数获取参考Sob老师的帖子就行：http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)