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标题: （已解决）molpro的z矩阵输入格式总是错误是为什么 [打印本页]

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Author: yangjiajia 时间: 2021-4-5 16:03
标题: （已解决）molpro的z矩阵输入格式总是错误是为什么
本帖最后由 yangjiajia 于 2021-4-6 16:30 编辑

如题，因为两个不同的O原子想用不同的基组，所以一定要有标号。以前也没用过z矩阵计算，不知道哪里出了问题，请各位老师指教

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Author: paramecium86 时间: 2021-4-5 18:20
z-matrix在对分子的定义上是从第一个原子一个原子一个原子的往下定义。第一行第二行没有问题你规定了 U 和 O1 两个原子的位置但到了第三行你规定了 Cl1 跟U之间的距离是 R1 这个没有问题但是你接下来规定它和U O2 形成的夹角是 A1 就不合适了。因为O2 是一个还没有出现的原子，所以程序就会报错。

作者
Author: yangjiajia 时间: 2021-4-5 19:34

paramecium86 发表于 2021-4-5 18:20
z-matrix在对分子的定义上是从第一个原子一个原子一个原子的往下定义。第一行第二行没有问题你规定了 U ...

你好，我按照你的建议重新调整了坐标，但还是报错是怎么回事呢，报错原因还是这个。新调整的坐标已上传，请您帮忙查看一下

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Author: 乐平 时间: 2021-4-5 23:21

yangjiajia 发表于 2021-4-5 13:34
你好，我按照你的建议重新调整了坐标，但还是报错是怎么回事呢，报错原因还是这个。新调整的坐标已上传， ...

第三张图 1617622552(1).png 是你新上传的结构吗？

你也在第一次提问时说了

因为两个不同的O原子想用不同的基组，所以一定要有标号。

但是新上传的结构里 Cl , O, H 都没有标号呀……

作者
Author: yangjiajia 时间: 2021-4-6 09:31

乐平发表于 2021-4-5 23:21
第三张图 1617622552(1).png 是你新上传的结构吗？

你也在第一次提问时说了

我是标在前面的，我也不知道到底该怎么标号，老师给我的例子也是标在前面的。不过前面后面标号我都试了，全部都不行，z矩阵输入错误了[img][/img]

作者
Author: paramecium86 时间: 2021-4-6 10:28
本帖最后由 paramecium86 于 2021-4-6 10:35 编辑

yangjiajia 发表于 2021-4-5 19:34
你好，我按照你的建议重新调整了坐标，但还是报错是怎么回事呢，报错原因还是这个。新调整的坐标已上传， ...

你规定symmetry的地方有问题
不能写在geometry的括号里

比如我随便找一个例子
symmetry x,y ; Angstrom;
  geometry={O1;
               q1       O1  RO ;
               Cl       q1  r1(i)             O1 AN ;
               O2       q1  RO             Cl AN       O1 DIH ;
               }

  RO = 1.25789947
  AN=90.0
  DIH=180.0

作者
Author: yangjiajia 时间: 2021-4-6 11:18

paramecium86 发表于 2021-4-6 10:28
你规定symmetry的地方有问题
不能写在geometry的括号里

你好，我用了你的例子。还是报错了，这可咋整锕

作者
Author: paramecium86 时间: 2021-4-6 13:54
本帖最后由 paramecium86 于 2021-4-6 13:55 编辑

yangjiajia 发表于 2021-4-6 11:18
你好，我用了你的例子。还是报错了，这可咋整锕

我那个例子并没有写全，我只是给你展示symmetry x y那行应该写在哪里。

我这个里面有一个变量是要做do loop 的。也就是 r1(i) 那里你直接就这样写当然不对了。你不要这么教条嘛。你自己试试在你自己的输入文件里把 symmetry x,y; angstrom 单独写在外面再算算看。
你是真的需要我给你一个完完整整的输入文件的例子么。。。。。

作者
Author: Yx0936 时间: 2023-3-11 16:53
请问解决了吗

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