计算化学公社
标题:
【仅剩MWORDS问题】GAMESS通过exetyp=check无法得到需要的memddi及其他可能的报错问题
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作者Author:
hdhxx123
时间:
2021-4-5 19:37
标题:
【仅剩MWORDS问题】GAMESS通过exetyp=check无法得到需要的memddi及其他可能的报错问题
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-4-11 20:53 编辑
体系为43个原子,La的水合团簇,PBE0(D3)泛函,高斯中C、H优化的基组为def2svp,N,O为def-TZVP,La为SDD。后用mokit将fchk转成inp文件,再手动删除赝势中的h角动量部分。想用手册中所说的$CONTRAL …… exetyp=check $END得到该体系进行lmoeda计算所需的memddi,运行语句为:
rungms mol.inp 00 1 &> mol.out
复制代码
但在mol.inp下的输出mol.out中只能看到MWORDS应>9,因此求助,先谢谢各位大佬了。
2021.4.8:目前已知的情况为:
1.报错应为赝势部分的报错,该如何截断见
http://bbs.keinsci.com/thread-22491-1-1.html#pid152610
的二楼Sob老师的回答;
2.MWORDS的输出基本没有问题,实际的计算所需的内存确实很少,GAMESS很吃内存的这一情况在当前体系没有体现。但依旧不清楚MEMDDI(现在看来该体系不设置MEMDDI对体系是否报错没有影响;
3.MWORDS在输入文件中的书写及原理还是有不理解的地方。
2021.4.11:MEMDDI由于DFT计算时写了$scf direct=.t. $end的设置并不会用上,只有的direct=.f.的时候才会用,而算 post-HF会用到积分转换,也会用到 memddi——
$scf direct=.t. $end加速明显,建议DFT计算带着
;但MWORDS的情况还是比较神奇(未知
作者Author:
hdhxx123
时间:
2021-4-7 15:23
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-4-7 22:59 编辑
上面这个问题并没有解决,目前又发现了一个新问题:
一直以来我以为自己的体系报错(mol_before.7z)的报错是在GKS任务中内存不够导致,但两个情况让我的想法出现了动摇:
第一个现象是把La替换成Y后用MWORDS=500,完全可以跑动,并且八核所用内存相加不过1G即125MWORDS,这与的EXETYP=CHECK的提示一致(即MWORDS应>12,约是单点任务所需内存的两倍),并且任务也正常完成了,耗时并不长。第二个现象是测试体系时,无论怎么删改体系大小,始终报错不变,哪怕把43原子删减到13原子,用MWORDS=500,八核并行。(mol_after.7z)
以上两种情况的命令语句一致:
rungms 文件名.inp 00 8 &> mol.out
复制代码
综上,我目前怀疑是自己的输入文件书写有误,或是把h角动量赝势删除的问题?希望有大佬能帮忙看下输入文件的书写问题,十分感谢~
另:对于MWORDS和MEMDDI的设置还是不太理解,从理论上来说我设置MWORDS并八核运行的操作是错误的,因为总内存设置用量为:8*500*8/1024=31.25GB,然而我的电脑总内存仅有32GB,计算是在虚拟机上运行的,开启了动态内存,但实际用语句
free -m
复制代码
时最大的显示内存也没有超过25GB,但是在运行时也并没有报错。这些情况让我对输入文件时设置的MWORDS十分之疑惑。
作者Author:
hdhxx123
时间:
2021-4-7 23:07
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-4-7 23:08 编辑
目前二楼的报错通过调整了一下关键词的顺序及将赝势改为SBKJC解决了,但具体原理未知,附上inp文件供大家参考。(不知为何问题越来越多
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