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标题: 搜索过渡态求助 [打印本页]

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Author: ananbaby2309 时间: 2021-4-6 11:35
标题: 搜索过渡态求助
请问老师，在找过渡态过程中，我取了键长2.08埃的柔性扫描作业结构放开优化，我还分别放开过初始键长为2.00，2.02，2.04，2.10，2.20的结构，但是总是找不到该键长对应的过渡态结构。此外，我对2.08处柔性扫描的单点结构做了频率分析，是我想要的振动模式，为什么放开以后总还是不行呢？求指导。谢谢您。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2021-4-6 11:48
这玩意儿真是分步的？

作者
Author: ananbaby2309 时间: 2021-4-6 15:25

liyuanhe211 发表于 2021-4-6 11:48
这玩意儿真是分步的？

李老师，您的意思是？我是担心没有过渡态，所以用2.08埃处固定优化的结构做了频率

作者
Author: ananbaby2309 时间: 2021-4-6 15:26

liyuanhe211 发表于 2021-4-6 11:48
这玩意儿真是分步的？

附件中的是固定优化键长为2.08单点的频率作业和放开优化找过渡态的作业

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-7 01:19
以闭环的极小点结构作为初始，做个C3-C34距离增加的柔性扫描，把能量曲线图贴出来
另外，介电常数设的区区4.7，优化过程根本没必要考虑溶剂模型

作者
Author: ananbaby2309 时间: 2021-7-24 17:33
本帖最后由 ananbaby2309 于 2021-7-24 17:40 编辑

sobereva 发表于 2021-4-7 01:19
以闭环的极小点结构作为初始，做个C3-C34距离增加的柔性扫描，把能量曲线图贴出来
另外，介电常数设的区区 ...

谢谢Sob老师！我试试

不过我的作业没有设置溶剂化模型，也没有介电常数呀。您说的4.7是…？

作者
Author: ananbaby2309 时间: 2021-7-24 17:34

liyuanhe211 发表于 2021-4-6 11:48
这玩意儿真是分步的？

分步的？李老师，您的意思是？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-24 18:38

ananbaby2309 发表于 2021-7-24 10:33
谢谢Sob老师！我试试不过我的作业没有设置溶剂化模型，也没有介电常数呀。您说的4.7是…？

scrf=(smd,solvent=generic,read)
你不是写了这个吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-24 18:40

ananbaby2309 发表于 2021-7-24 10:34
分步的？李老师，您的意思是？

意思是两根C-C键很可能是同时形成/断裂的。这是典型的Diels-Alder反应，绝大部分情况下是协同机理。如果是的话，你按分步机理找过渡态，找不到也就不奇怪了

作者
Author: xxzj 时间: 2021-12-6 09:49

sobereva 发表于 2021-4-7 01:19
以闭环的极小点结构作为初始，做个C3-C34距离增加的柔性扫描，把能量曲线图贴出来
另外，介电常数设的区区 ...

老师，我之前看见了一篇关于将Gaussian不与其他程序连用进行搜索过渡态、产生IRC、做振动分析的帖子，单独是使用Gaussian，但是我搜索了很久，发现没有找到，老师能把网址在发一下吗，辛苦了！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-6 14:59

xxzj 发表于 2021-12-6 09:49
老师，我之前看见了一篇关于将Gaussian不与其他程序连用进行搜索过渡态、产生IRC、做振动分析的帖子，单 ...

简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html）
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400（http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html）

作者
Author: xxzj 时间: 2021-12-6 18:08
本帖最后由 xxzj 于 2021-12-6 18:10 编辑

sobereva 发表于 2021-12-6 14:59
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thr ...

收到，谢谢老师，还有一个问题就是在找过渡态时最大位移一直不收敛，出现图片中的情况，关键词为 #p M06/genecp opt=(calcall,noeigen,TS) int=ultrafine，我更换关键词为#p M06/genecp opt=(calcfc,noeigen,ts) 情况一样，想请问老师，这种情况应该如何处理？可以加关键词gdiis,更改为 #p M06/genecp opt=(gdiis,noeigen,TS) 吗？
(, 下载次数 Times of downloads: 45) (, 下载次数 Times of downloads: 44)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-12-6 18:21

xxzj 发表于 2021-12-6 11:08
收到，谢谢老师，还有一个问题就是在找过渡态时最大位移一直不收敛，出现图片中的情况，关键词为 #p M06/ ...

嗯，gdiis可以尝试，此外可以尝试减小优化步长

作者
Author: xxzj 时间: 2021-12-6 19:48

wzkchem5 发表于 2021-12-6 18:21
嗯，gdiis可以尝试，此外可以尝试减小优化步长

收到，谢谢老师

作者
Author: xxzj 时间: 2022-1-12 21:19

sobereva 发表于 2021-4-7 01:19
以闭环的极小点结构作为初始，做个C3-C34距离增加的柔性扫描，把能量曲线图贴出来
另外，介电常数设的区区 ...

老师，您好，我想计如图所示反应的吉布斯自由能变化，然后对银离子和A计算的是阳离子的能量，对1计算的是中性态的能量，但是反应的吉布斯自由能差却为几百kcal/mol，所以想请问老师是1也需要计算阳离子能量吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 70)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-13 08:16

xxzj 发表于 2022-1-12 21:19
老师，您好，我想计如图所示反应的吉布斯自由能变化，然后对银离子和A计算的是阳离子的能量，对1计算的是 ...

你这个示意图显然是错的
Ag结合到中性分子之后显然得到的是阳离子

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