计算化学公社

标题: gromacs可以模拟液体表面张力吗？ [打印本页]

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-4-6 12:39
标题: gromacs可以模拟液体表面张力吗？
请问gromacs可以模拟液体表面张力吗？如果可以，怎么模拟呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-7 00:48
构建界面体系，按北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的幻灯片做
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作者
Author: 15810593730 时间: 2021-5-27 10:24
这里做的是NVT模拟，p_zz略大于0意味着，z方向有膨胀的趋势，但不是很强烈，而p_xx、p_yy<<0，意味着x-y平面有收缩的趋势，我这样理解对吧？这里的压强张量中的三个分量，和一般意义下的标量压强有何区别？

作者
Author: sun666 时间: 2021-5-31 20:11

sobereva 发表于 2021-4-7 00:48
构建界面体系，按我培训的幻灯片做

请问老师，我的体系是两相，上面为有机相，下面为水相，用的周期性边界条件。不知道这个界面数算是1呢还是3呢（上面和下面的界面不知道算不算）

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-1 04:08

15810593730 发表于 2021-5-27 10:24
这里做的是NVT模拟，p_zz略大于0意味着，z方向有膨胀的趋势，但不是很强烈，而p_xx、p_yy

对
一般说的压强是XX、YY、ZZ的平均。对于各向异性体系原理上就应当分开说

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-1 04:09

sun666 发表于 2021-5-31 20:11
请问老师，我的体系是两相，上面为有机相，下面为水相，用的周期性边界条件。不知道这个界面数算是1呢还 ...

作者
Author: sun666 时间: 2021-6-1 08:29

sobereva 发表于 2021-6-1 04:09
2

为什么是两个呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-1 10:42

sun666 发表于 2021-6-1 08:29
为什么是两个呢。

一个特定厚度的有机相浸在水里面，可不有两个接触面
搞清楚PBC是怎么回事

作者
Author: xishaofan 时间: 2024-12-5 09:29

sobereva 发表于 2021-4-7 00:48
构建界面体系，按我培训的幻灯片做

sob老师，你好，关于界面张力的计算我看你之前帖子说
“不是用平均压力，而是把每一帧的压力分量代入式子，然后再对结果取平均”
现在这个是“用平均压力计算”
请问哪儿种计算方法相对更好？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-5 19:37

xishaofan 发表于 2024-12-5 09:29
sob老师，你好，关于界面张力的计算我看你之前帖子说
“不是用平均压力，而是把每一帧的压力分量代入式 ...

2L我的幻灯片演示的做法是最佳的

作者
Author: xishaofan 时间: 2024-12-5 19:59

sobereva 发表于 2024-12-5 19:37
2L我的幻灯片演示的做法是最佳的

谢谢sob老师！

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