计算化学公社

标题: 关于TS confirmation的问题，一直不确认过渡态 [打印本页]

作者
Author: lzc 时间: 2015-11-26 11:30
标题: 关于TS confirmation的问题，一直不确认过渡态
各位老师，我最近找了个TS 以后，用MS/castep里面的TS confirmation进行过渡态确认，但是出现下面的情况 (, 下载次数 Times of downloads: 86) ，这个是表示我前面的过渡态搜索时有问题吗？都已经path9了，因为体系比较大，时间太长了，麻烦各位老师帮忙分析一下，谢谢谢谢

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-26 17:47
没有看到极小点，就表示没找到。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-27 06:12
看path的0.56附近疑似有个中间体，可以试试把这个构型单独拉出来优化看看能否稳定。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-27 10:59

卡开发发发表于 2015-11-27 06:12
看path的0.56附近疑似有个中间体，可以试试把这个构型单独拉出来优化看看能否稳定。

是不是极小点？具体你说的应该怎么操作？

作者
Author: smutao 时间: 2015-11-27 12:00

卡开发发发表于 2015-11-27 06:12
看path的0.56附近疑似有个中间体，可以试试把这个构型单独拉出来优化看看能否稳定。

这个图是怎么得到的？
感觉看着很智能

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-27 12:39

smutao 发表于 2015-11-27 12:00
这个图是怎么得到的？
感觉看着很智能

直接对过渡态搜索产生的轨迹做过渡态确定，程序很智能，操作很无脑。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-27 12:42

zyj19831206 发表于 2015-11-27 10:59
是不是极小点？具体你说的应该怎么操作？

我个人觉得可以把任务停下，数据传回来，然后提取0.56这个构型做个优化看看与你先前的反应物或产物是否一致，不一致的话就分别对反应物、中间体，中间体、产物分别搜索过渡态看看。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-27 14:36

卡开发发发表于 2015-11-27 12:42
我个人觉得可以把任务停下，数据传回来，然后提取0.56这个构型做个优化看看与你先前的反应物或产物是否一 ...

是观察红外光谱振动，然后把那个特定频率提取出来吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-27 17:04

zyj19831206 发表于 2015-11-27 14:36
是观察红外光谱振动，然后把那个特定频率提取出来吗？

要么看输出文件中的0.56的构型对应的原子坐标，要么看轨迹文件0.56那一桢的结构

作者
Author: smutao 时间: 2015-11-27 21:45
可以试试把卡开发发说的那个0.56的结构取出来
做一个频率计算往往会得到多个虚频
然后看看有没有对应过渡态的虚频振动结构
如果有的话说明离过渡态不远了

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-12-1 22:51

卡开发发发表于 2015-11-27 17:04
要么看输出文件中的0.56的构型对应的原子坐标，要么看轨迹文件0.56那一桢的结构

我今天测试了confirmation 发现xtd 文件只有一步步，没有看到配位数啊

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-12-2 06:21

zyj19831206 发表于 2015-12-1 22:51
我今天测试了confirmation 发现xtd 文件只有一步步，没有看到配位数啊

和配位数没啥关系，看的是反应坐标，忘了播放xtd的时候是不是会在mep上面显示一个红点，如果是的话可以根据这个一帧一帧往后翻，实在不行也只好outmol文件里面找找对应的坐标，拷贝出来重新转成xsd文件。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-12-2 10:42

卡开发发发表于 2015-12-2 06:21
和配位数没啥关系，看的是反应坐标，忘了播放xtd的时候是不是会在mep上面显示一个红点，如果是的话可以根 ...

还是不明白怎么选取

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-12-31 17:33

zyj19831206 发表于 2015-12-2 10:42
还是不明白怎么选取

明白了，要首先导入energy evolution,才能一个个查看每个配位的结构。

作者
Author: 小木木虫 时间: 2017-3-27 20:57
您好，我做TS confirmation时，程序报错，原因Molecular superposition and fix atoms are incompatible，这个您会解决吗？恳请帮助，谢谢

作者
Author: SUN12 时间: 2021-5-17 20:26

卡开发发发表于 2015-12-2 06:21
和配位数没啥关系，看的是反应坐标，忘了播放xtd的时候是不是会在mep上面显示一个红点，如果是的话可以根 ...

老师，您好，没弄明白这个image 3 怎么提取出来啊，或者说对应与xtd的哪一帧啊？（xtd的frame有65个）

Message: Summary of NEB images after Macroiteration 5

   Image          Neighbours    Energy    Max_Gradient  P_value

## Reactant    1 0  1  0    -19.451866    0.0008    0.0000
## Image       2 1  4  6    -19.448387    0.0020    0.3460
## Image       3 6  7  8    -19.451518    0.0071    0.3821
## Image       4 7  8  2    -19.449347    0.0013    0.3872
## Image       5 4  6  7    -19.447440    0.0026    0.3912
## TS          6 0  2  0    -19.388468    0.0133    0.6741
## Image       7 2  9 10    -19.459901    0.0008    0.8182
## Image       8 9 10 11    -19.456462    0.0008    0.8209
## Image       9 10 11  3    -19.456555    0.0009    0.8372
## Product    10 0  3  0    -19.485960    0.0008    1.0000

##  Current TS is not connected directly to reactant !!

A minimum  between Reactant-TS was found at:

## Image       3 6  7  8    -19.451518    0.0071    0.3821

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-5-17 21:08

SUN12 发表于 2021-5-17 20:26
老师，您好，没弄明白这个image 3 怎么提取出来啊，或者说对应与xtd的哪一帧啊？（xtd的frame有65个）

...

我忘了是不是返回的那个xsd结构应该对应那个找到的极小，这个没有什么印象了，你可能需要自己找一下资料。

作者
Author: SUN12 时间: 2021-5-17 21:14

卡开发发发表于 2021-5-17 21:08
我忘了是不是返回的那个xsd结构应该对应那个找到的极小，这个没有什么印象了，你可能需要自己找一下资料 ...

好滴，谢谢您

作者
Author: SUN12 时间: 2021-5-18 08:45

卡开发发发表于 2015-12-2 06:21
和配位数没啥关系，看的是反应坐标，忘了播放xtd的时候是不是会在mep上面显示一个红点，如果是的话可以根 ...

老师，您好，我在outmol 里找到了对应坐标（是原子坐标），我想问一下，怎么能将原子坐标转换成分数坐标呢？（因为我想通过VASP 的POSCAR，用VESTA打开，存成cif）

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-5-18 09:17

SUN12 发表于 2021-5-18 08:45
老师，您好，我在outmol 里找到了对应坐标（是原子坐标），我想问一下，怎么能将原子坐标转换成分数坐标 ...

你可以把对应的结构发来，我可以试着帮你写个python脚本排成对应的结构文件。

作者
Author: SUN12 时间: 2021-5-18 09:31

卡开发发发表于 2021-5-18 09:17
你可以把对应的结构发来，我可以试着帮你写个python脚本排成对应的结构文件。

谢谢您

作者
Author: SUN12 时间: 2021-5-18 09:58

卡开发发发表于 2021-5-18 09:17
你可以把对应的结构发来，我可以试着帮你写个python脚本排成对应的结构文件。

Lattice:
translation vector [a0] 1 35.882119661 0.000000000 0.000000000
translation vector [a0] 2 17.941059831 31.074827168 0.000000000
translation vector [a0] 3 0.000000000 0.000000000 28.345891875
Cell volume       31606.539 a0^3

df             ATOMIC  COORDINATES (au)                DERIVATIVES (au)
df          x       y       z          x       y       z
df C    2.787312 0.120162  13.934592 -0.000301  -0.001114  -0.000485
df C    5.433432 0.187045  14.031137    0.002738  -0.000560  -0.000237
df C    7.771757 0.199815  14.111743 -0.005282  -0.000687  -0.000653
df C 10.302937 0.173302  14.130927    0.007123  -0.000939  -0.000335
df C 12.642931 0.092108  14.107026 -0.006510  -0.000260  -0.000217
df C 15.285531 0.054883  14.016733    0.000839  -0.000333  -0.000247
df C    7.687553  13.249256  13.557535 -0.000532  -0.001013 0.000174
df C    6.358403  10.955136  13.570433    0.000015 0.000612 0.000120
df C    5.124516 8.968634  13.614169    0.001143  -0.000371 0.000511
df C    3.827543 6.787658  13.686042 -0.002015  -0.004857 0.000034
df C    2.649840 4.762334  13.752275    0.001932 0.003858  -0.000540
df C    1.370437 2.441305  13.806282 -0.000214  -0.000714  -0.000267
df C 10.404662  13.261482  13.553963    0.000340  -0.000963 0.000200
df C 11.743167  10.969179  13.573431 -0.003046 0.004075  -0.000297
df C 12.912777 8.950678  13.616866    0.002379  -0.005069 0.000357
df C 14.160138 6.733910  13.688992 -0.000026 0.000511  -0.000081
df C 15.319496 4.703824  13.756949 -0.000006 0.000492  -0.000068
df C 16.639361 2.402601  13.831998    0.000238  -0.000124  -0.000238
df C -15.170955 0.047781  13.800285    0.000725 0.000399  -0.000131
df C -12.513835 0.037227  13.736443 -0.003610  -0.000199 0.000336
df C -10.177910 0.002354  13.720430    0.004373  -0.000233 0.000093
df C -7.630530  -0.034169  13.724506 -0.005111  -0.000101  -0.000016
df C -5.295356  -0.070403  13.743419    0.003578 0.000205 0.000211
df C -2.640198  -0.020027  13.787731 -0.000761 0.000210  -0.000322
df C 25.535047  13.264895  13.456540 -0.000064 0.000573  -0.000333
df C 24.151538  11.006151  13.396670    0.000215 0.000158 0.000160
df C 22.966280 8.989778  13.371134    0.001097 0.001262 0.000684
df C 21.730572 6.775609  13.414336 -0.001639  -0.005016 0.000731
df C 20.645888 4.702594  13.543430    0.002686 0.004572 0.000194
df C -16.529070 2.398785  13.719624 -0.000214  -0.000773 0.000244
df C -7.633680  13.182370  13.536591    0.000474  -0.000825 0.000151
df C -6.373873  10.845265  13.434431 -0.001018 0.002220 0.000517
df C -5.220362 8.815078  13.369504    0.001108  -0.000891 0.001167
df C -3.940178 6.619737  13.392620    0.002926  -0.003543 0.001232
df C -2.724287 4.619440  13.495627 -0.002465 0.004554 0.000353
df C -1.341762 2.365159  13.692139    0.000038  -0.000794 0.000067
df C -6.201108 -15.451895  13.564278    0.000278  -0.000769 0.000049
df C -3.549814 -15.404070  13.497358 -0.003810  -0.000544 0.000150
df C -1.220716 -15.337254  13.420191    0.005456  -0.001026  -0.000265
df C    1.322812 -15.316715  13.345861 -0.005403  -0.000208 0.000070
df C    3.653433 -15.341758  13.305703    0.004567 0.001342  -0.000206
df C    6.305762 -15.410690  13.381780 -0.000120 0.001318  -0.000145
df C -1.216166  -2.337545  13.899855 -0.000043 0.000309  -0.000276
df C -2.490900  -4.661897  13.930641 -0.002306  -0.003055  -0.000168
df C -3.683228  -6.676792  13.925782    0.001902 0.004718  -0.000661
df C -5.000587  -8.843854  13.868276 -0.002645  -0.003243  -0.000799
df C -6.241649 -10.825836  13.771911    0.001844 0.002567  -0.000051
df C -7.573717 -13.114414  13.657395    0.000476  -0.000269 0.000346
df C    1.494027  -2.265124  13.908644    0.000091  -0.001050  -0.000241
df C    2.875284  -4.547981  13.760951 -0.001683 0.000797  -0.000353
df C    4.013169  -6.565217  13.453824    0.001512  -0.001301 0.000223
df C    5.434969  -8.589216  12.697483    0.000611 0.001426  -0.001374
df C    6.648782 -10.743616  12.656566    0.002043 0.002128  -0.001014
df C    7.748355 -13.125963  13.367653    0.000463 0.001444  -0.000023
df C -6.207666  15.486373  13.733492 -0.000572 0.000801  -0.000473
df C -3.558586  15.429547  13.796694    0.002163 0.000515  -0.000824
df C -1.218345  15.440651  13.718856 -0.003493 0.000070 0.000040
df C    1.317249  15.479422  13.627826    0.004570 0.000841 0.000844
df C -14.282773 -15.519813  13.585860 -0.003271 0.000240 0.000640
df C -11.631484 -15.483671  13.580245    0.000488  -0.000070 0.000278
df C -19.253328  -2.306593  14.065843 -0.000229  -0.000506  -0.000269
df C -20.581717  -4.612305 -14.171041    0.000917 0.002708  -0.000700
df C 14.113874  -6.626200 -14.155112 -0.001182  -0.004276  -0.000693
df C -23.006887  -8.857445  14.119073    0.004183 0.005635 0.000697
df C -24.105597 -10.914461  13.985378 -0.001651  -0.004777  -0.002051
df C -25.447224 -13.197987  13.730734    0.000399 0.001691  -0.000347
df C -16.537737  -2.302389  13.946041 -0.000583 0.001131 0.000123
df C -15.210454  -4.589880  13.937478    0.003163  -0.005450  -0.000046
df C -14.008411  -6.600791  13.892842 -0.004179 0.006345  -0.000244
df C -12.741798  -8.792088  13.811629    0.000609  -0.003016  -0.000084
df C -11.594382 -10.826994  13.725080 -0.000909 0.000701 0.000394
df C -10.284172 -13.125759  13.648962 -0.000176 0.000198 0.000328
df Rh    7.353526  -8.905331 9.365940 -0.000157  -0.001433  -0.000964
df O 10.283340  -7.402918 9.033198 -0.001850 0.001808 0.003968
df O    5.541510  -9.942998 6.805356 -0.002631  -0.002065 0.001051

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-5-18 10:48

SUN12 发表于 2021-5-18 09:58
Lattice:
translation vector [a0] 1 35.882119661 0.000000000 0.000000000
translation v ...

建议上个完整的outmol，以及索引到对应结构的方式，我看看能否写个通用的程序。

作者
Author: SUN12 时间: 2021-5-18 10:51

卡开发发发表于 2021-5-18 10:48
建议上个完整的outmol，以及索引到对应结构的方式，我看看能否写个通用的程序。

那我微信加您或者邮箱发您？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)