计算化学公社

标题: 求助：gromacs机器计算速度 [打印本页]

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2021-4-7 10:18
标题: 求助：gromacs机器计算速度
各位老师：本人目前在用GROMACS软件做小分子加蛋白体系的MD研究，体系原子数大概在14万左右，请问有人知道sob老师发布的“计算化学购机配置推荐
http://sobereva.com/444”中“GPU加速做分子动力学的推荐配置“（配置如下），计算一条500ns的轨迹大概需要多长时间呢？若是我想要在1-2天内算完这条轨迹，这个配置能够达到要求吗？达不到的话大概需要什么样的机器配置呢？感谢您的解答！CPU：i5 10500（六核3.1G，盒装，集显）
主板：技嘉B460M H
CPU、主板套装价约1950
散热器：酷冷至尊T400i 80
硬盘：希捷 2TB 256MB 7200rpm SATA3 370
内存：2*8G 金士顿骇客神条DDR4-2666 2*320
电源：振华冰山金蝶450战斗版（额定450W）320
机箱：任意 200
键盘鼠标：罗技MK200 多媒体套装 85
显示器：优派最便宜的 700
总价：约4300
再加一块RTX2060 6G GPU（显卡）

作者
Author: 牧生 时间: 2021-4-7 12:53
首先，电源可能不够。
其次，14万原子，2060一天可能顶多60~70ns

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2021-4-7 13:19

牧生发表于 2021-4-7 12:53
首先，电源可能不够。
其次，14万原子，2060一天可能顶多60~70ns

感谢您的解答！那大概什么样的配置能达到要求呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2021-4-7 13:23
针对14万原子，1~2天完成500 ns，即使3090也无法完成。。

就算是3090，完成这500 ns，估计得要5天左右

作者
Author: abin 时间: 2021-4-7 13:25
如果配置是商家出的，
你告诉他，我要先验收。
看看跑一个GPU计算，能否连续运行24小时？

这样就可以验证，电源是否够用，配件是否工作正常。

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2021-4-7 13:26
本帖最后由 jiaxing6821 于 2021-4-7 13:28 编辑

牧生发表于 2021-4-7 13:23
针对14万原子，1~2天完成500 ns，即使3090也无法完成。。

就算是3090，完成这500 ns，估计得要5天左右

好吧，那5天左右跑完的话，就得在前述基础配置加一条3090，那基础配置加两条2080super呢？

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2021-4-7 13:29

abin 发表于 2021-4-7 13:25
如果配置是商家出的，
你告诉他，我要先验收。
看看跑一个GPU计算，能否连续运行24小时？

好的，谢谢！

作者
Author: 牧生 时间: 2021-4-7 13:38
本帖最后由牧生于 2021-4-7 13:40 编辑

jiaxing6821 发表于 2021-4-7 13:26
好吧，那5天左右跑完的话，就得在前述基础配置加一条3090，那基础配置加两条2080super呢？

原则上，建议单显卡跑单任务。不是很建议把一个任务分配给多显卡。
话说回来，现在3090的价格过于美丽，需要考虑。

作者
Author: qinzhong605 时间: 2021-4-7 13:45
一定要单卡单任务，多卡效率很低，而且需要另外桥连。14w原子的话500ns，2080s就足够了，大概要4-5天一个任务。用社长里的配置，加上稍微变化。以下是我的配置，用起来还可以。

CPU：2* XEON E5-2678 v3
散热器：酷冷至尊T400i * 2
主板：超微X10DAL-i（集显, 2个PCI-E 3.0 16X接口装显卡）
硬盘：120GB SSD
      希捷银河 8 TB（7200rpm）
内存：海力士DDR4-2133  RECC  8*8GB（一定是8根）
电源：振华1000W LEADEX  G
显卡：映众gaming  GeForce RTX 2080s *2
机箱：追风614P
键盘鼠标：罗技MK200 多媒体套装

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2021-4-7 13:53

牧生发表于 2021-4-7 13:38
原则上，建议单显卡跑单任务。不是很建议把一个任务分配给多显卡。
话说回来，现在3090的价格过于美丽， ...

好的，谢谢！

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2021-4-7 13:53

qinzhong605 发表于 2021-4-7 13:45
一定要单卡单任务，多卡效率很低，而且需要另外桥连。14w原子的话500ns，2080s就足够了，大概要4-5天一个任 ...

十分感谢！

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2021-4-7 13:58

qinzhong605 发表于 2021-4-7 13:45
一定要单卡单任务，多卡效率很低，而且需要另外桥连。14w原子的话500ns，2080s就足够了，大概要4-5天一个任 ...

请问是使用您这里的配置计算14原子，500ns大概4-5天吗？您配置里的“2*”是数量“2”的意思对吧？您这个配置一套下来大概多少钱呢？

作者
Author: jimulation 时间: 2021-4-7 14:03

qinzhong605 发表于 2021-4-7 13:45
一定要单卡单任务，多卡效率很低，而且需要另外桥连。14w原子的话500ns，2080s就足够了，大概要4-5天一个任 ...

咨询下，14w原子的体系，2080s能达到~100ns/day的速度吗？我体系6w原子，2080Ti连100ns/day都不到...

作者
Author: qinzhong605 时间: 2021-4-7 14:34
本帖最后由 qinzhong605 于 2021-4-7 14:37 编辑

jimulation 发表于 2021-4-7 14:03
咨询下，14w原子的体系，2080s能达到~100ns/day的速度吗？我体系6w原子，2080Ti连100ns/day都不到...

看gmx版本、体系、方法、步长等等，运行代码也有一定关系，这个速度是有可能的。2678V3的12个核心带一张卡，我跑10w个左右原子蛋白体系大概在110ns/day多。

作者
Author: qinzhong605 时间: 2021-4-7 14:39

jiaxing6821 发表于 2021-4-7 13:58
请问是使用您这里的配置计算14原子，500ns大概4-5天吗？您配置里的“2*”是数量“2”的意思对吧？您这个 ...

现在显卡价格都翻倍了，其他配件也涨价了，整体性价比没有什么可比性。我2019年7月配置的，显卡是2张rtx2080，当时一共是1.8 w左右。

作者
Author: Acee 时间: 2021-4-8 16:01
默认加了水分子为14w原子的话，这个配置，算500ns估计要一周以上

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)