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标题: 求助，cgenff生成基于charmm力场的小分子拓扑，其惩罚大于50 [打印本页]

作者
Author: karme 时间: 2021-4-7 20:10
标题: 求助，cgenff生成基于charmm力场的小分子拓扑，其惩罚大于50
本帖最后由 karme 于 2021-4-7 20:14 编辑

请教一下各位老师！！！

我在进行蛋白与小分子对接后，将小分子提取出来，单独处理，用cgenff生成拓扑，但是其parampenalty=  59.400 ; charge penalty=  27.625；
上面说介于10到50之间的值表示必须对拓扑进行一些验证，而大于50的惩罚通常需要手动重新参数化。

1.这应该怎么进行优化？
2.当我改变小分子构象的时候（甚至用了pubchem的原始小分子），再重新提交给cgenff生成拓扑时，我发现罚分根本不变，还是parampenalty=  59.400 ; charge penalty=  27.625。这原因是什么呢？

Guess bond orders from connectivity

Include parameters that are already in CGenFF
Use CGenFF legacy v1.0
3.当我对上面三个选项分别单独进行选定，发现罚分还是不变？

感谢！

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作者
Author: k64_cc 时间: 2021-4-8 17:58
1.
http://ffparam.umaryland.edu/
官方推荐的参数化工具之一，请

2. 因为他自己会优化一下……

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-4-8 19:22
因为CGENFF是根据连接方式判断参数的，跟你提交上去的构象一毛线关系都没有

作者
Author: xiaolianguai 时间: 2021-8-22 17:40
同学你好，我想请教一下惩罚分数高的这个问题你解决了吗？是按照上面链接的ffparam那个软件优化的吗？我想请教一下还有其他方法吗？

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