计算化学公社

标题: 可以用GROMACS模拟两个有机物在一起的挥发过程吗？ [打印本页]

作者
Author: 蕊蕊花儿杰杰 时间: 2021-4-8 15:48
标题: 可以用GROMACS模拟两个有机物在一起的挥发过程吗？
不知道可不可以用GROMACS模拟两个有机物在一起的挥发过程吗？

作者
Author: 侧耳倾听 时间: 2021-4-8 20:45
可以啊，建立两个有机物的盒子，在参数文件自己设定温度程序就可以了

作者
Author: bobosiji 时间: 2021-4-9 08:25

侧耳倾听发表于 2021-4-8 20:45
可以啊，建立两个有机物的盒子，在参数文件自己设定温度程序就可以了

模拟相变这么简单？

作者
Author: 蕊蕊花儿杰杰 时间: 2021-4-9 09:31

侧耳倾听发表于 2021-4-8 20:45
可以啊，建立两个有机物的盒子，在参数文件自己设定温度程序就可以了

你做过类似的吗？

作者
Author: 蕊蕊花儿杰杰 时间: 2021-4-9 09:33

bobosiji 发表于 2021-4-9 08:25
模拟相变这么简单？

老师，这个相变过程是不是模拟起来比较复杂，我才刚开始搞科研，而且我想模拟的是两个小分子处于不同比例的一个挥发过程。

作者
Author: h840473807 时间: 2021-4-9 10:23
先常温常压NPT跑平衡，再加一段真空区，NVT跑，看看分子由液相进入气相的过程吧

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-10 06:24
和模拟混合液体的盒子过程一样，只不过额外扩个真空区就完了，并且不能用控压
之后可以自己写VMD tcl脚本统计挥发过程，比如跑到真空区的两类分子的数目随时间变化等等

作者
Author: 蕊蕊花儿杰杰 时间: 2021-6-8 20:28

sobereva 发表于 2021-4-10 06:24
和模拟混合液体的盒子过程一样，只不过额外扩个真空区就完了，并且不能用控压
之后可以自己写VMD tcl脚本 ...

社长，我是先用了能量最小化，NPT，然后扩盒子两边加了真空区，NVT，看他的相转变过程。是不是这个相转变过程比较久啊，感觉跑了10纳秒多也没啥太大的变化，据说相转变得50纳秒以上才可能会有变化，但那样的话，计算时间比较久啊，感觉到毕业也算不了几个。谢谢社长。

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-6-8 21:15
本帖最后由 k64_cc 于 2021-6-8 22:58 编辑

蒸发过程要算溶解自由能，而后通过自由能算出平衡常数和饱和蒸气压。

蒸发过程自由能变化太大的时候，这就不是一个能在模拟中观察到的动力学过程。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-15 18:23

蕊蕊花儿杰杰发表于 2021-6-8 20:28
社长，我是先用了能量最小化，NPT，然后扩盒子两边加了真空区，NVT，看他的相转变过程。是不是这个相转变 ...

我不晓得你说的相转变具体对应什么情况
如果是本该相转变但是没出现，考虑温度设高点，加快这个过程

作者
Author: 蕊蕊花儿杰杰 时间: 2021-6-16 11:26

sobereva 发表于 2021-6-15 18:23
我不晓得你说的相转变具体对应什么情况
如果是本该相转变但是没出现，考虑温度设高点，加快这个过程

我是模拟的两个有机物在一起混合，这两个不反应。在300k时由液相到气相的挥发过程，这个相变过程我试着用GROMACS跑，实在是太久了。那如果提高温度的话，就与实际情况不符，偏离我要解决的实际问题的意义了。换个思路，我是不是可以直接只模拟在液相中，通过计算两个分子的扩散系数，进而得出他偏离表面的一个运动能力，得出哪个挥发的比较快，不知道可不可以这样理解，感谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-16 12:46

蕊蕊花儿杰杰发表于 2021-6-16 11:26
我是模拟的两个有机物在一起混合，这两个不反应。在300k时由液相到气相的挥发过程，这个相变过程我试着用 ...

扩散系数和挥发没有必然关系，蒸发焓倒是关系更密切

作者
Author: 蕊蕊花儿杰杰 时间: 2021-6-17 08:44

k64_cc 发表于 2021-6-8 21:15
蒸发过程要算溶解自由能，而后通过自由能算出平衡常数和饱和蒸气压。

蒸发过程自由能变化太大的时候，这 ...

好的，非常感谢您的回复。不知道该用该用哪个公式去求饱和蒸气压呀？

作者
Author: 蕊蕊花儿杰杰 时间: 2021-6-19 19:57

sobereva 发表于 2021-6-16 12:46
扩散系数和挥发没有必然关系，蒸发焓倒是关系更密切

感谢社长，我查到GROMACS好像不能用来算蒸发焓，像有机小分子的蒸发焓一般都是用什么计算的？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-20 17:43

蕊蕊花儿杰杰发表于 2021-6-19 19:57
感谢社长，我查到GROMACS好像不能用来算蒸发焓，像有机小分子的蒸发焓一般都是用什么计算的？

明明能算

作者
Author: seaflyru 时间: 2022-8-27 21:00
请问楼主有成功进行运算和VMD分析吗？VMD脚本能否交流共享，谢谢

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