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标题: 计算金属截面八面体团簇周围原子的分布方法请教 [打印本页]

作者
Author: 芝士栗子小甜饼 时间: 2021-4-10 11:30
标题: 计算金属截面八面体团簇周围原子的分布方法请教
老师们好，我的体系是一个多相体系，体系里有碳层，Pt团簇以及在固相上填充了液相，我现在想研究我的Pt团簇周围的原子分布，例如，Pt团簇周围的水分布，我尝试用RDF计算，命令为：gmx rdf -f product.trr -s product.tpr -n index.ndx -surf mol -o Pt.xvg，但是得到的RDF图非常不理想，可能是因为多相体系的rdf很不均匀，所以想问一下，有没有什么其他的方式能够代替rdf得到Pt周围的原子分布呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-11 02:19
本来就不适合用rdf
诸如可以写VMD脚本，借助within选择方式，考察距离团簇不同距离内的水的数目

作者
Author: 芝士栗子小甜饼 时间: 2021-4-12 09:54

sobereva 发表于 2021-4-11 02:19
本来就不适合用rdf
诸如可以写VMD脚本，借助within选择方式，考察距离团簇不同距离内的水的数目

想问一下sob老师，在使用gmx rdf命令时，-surf mol 的意义是什么呢，gromacs是怎样定义体系的surf的呢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-13 09:14

芝士栗子小甜饼发表于 2021-4-12 09:54
想问一下sob老师，在使用gmx rdf命令时，-surf mol 的意义是什么呢，gromacs是怎样定义体系的surf的呢

仔细看一下gmx rdf的帮助信息就知道了

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Author: 芝士栗子小甜饼 时间: 2021-4-13 09:49

sobereva 发表于 2021-4-13 09:14
仔细看一下gmx rdf的帮助信息就知道了

好的谢谢老师了

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