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标题: 发现一触发 Inaccurate quadrature in CalDSu 的原因 [打印本页]
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Author: liyuanhe211    时间: 2015-11-27 04:47
标题: 发现一触发 Inaccurate quadrature in CalDSu 的原因
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-11-27 07:04 编辑
  1. Inaccurate quadrature in CalDSu.
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这是一个不太常见的l502错误，今天愚蠢的错误发现了一个触发它的新“方法”：两个独立同时运行的输入文件读取同一套chk和rwf文件。输入文件如下，部分信息被隐去。（该输入文件是一个小脚本批量生成的，所以有些写法有点怪异，比如 16000MB 而不是 16GB，请忽略）

  1. %nprocshared=4
  2. %mem=16000MB
  3. %rwf=/home/[something here]/Insertion_M0004.rwf
  4. %nosave
  5. %chk=/home/[something here]/Insertion_M0004_Step0.chk
  6. #p
  7. blyp/genecp
  8. opt
  9. freq
  10. empiricaldispersion=gd3bj
  11. 5d

  13. Insertion_Prod_sdf_M0004

  15. 0 1
  16. C 0 2.2643 0.8258 0.1275
  17. [COORDINATES...]

  19. [6-31G(d) / LanL2DZ Basis Statement]
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而另一个输入文件是偷懒复制这个文件生成的，一个构象搜索得到的次要构象，故只替换了坐标，于是link0命令被原样保留：
  1. %rwf=/home/[something here]/Insertion_M0004.rwf
  2. %nosave
  3. %chk=/home/[something here]/Insertion_M0004_Step0.chk
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输入1于 [2015.11.25 16:18:07] 启动，[任务时 6:12:56] 进入第 43 个 opt cyclo 的 SCF 过程，前序 SCF (l502) 平均时间为 6.13 分钟。
输入2于 [2015.11.25 22:34:07]，输入1的 [任务时 6:16:00] 启动，于29秒后终止。
输入1于 [2015.11.25 22:35:45 / 任务时 6:17:38] 在第 43 个 opt cyclo 的第 10 个 SCF 迭代报 "Inaccurate quadrature in CalDSu."，1s 后终止。


此类错误指征：

最后5个循环的输出如下（部分信息因冗长被被删去）：

  2. Cycle   6  Pass 1  IDiag  1:
  3. RMSU=  8.45D-07    CP:  1.00D+00  9.80D-01  1.61D-01  2.66D-01  1.02D-01
  4. <font color="#ff0000">E= -2792.83730331193</font>    Delta-E=       -0.000002445015 Rises=F Damp=F
  5. DIIS: error= 2.47D-05 at cycle   6 NSaved=   6.
  6. NSaved= 6 IEnMin= 6 EnMin= -2792.83730331193     IErMin= 2 ErrMin= 2.31D-05
  7. Gap=     0.040 Goal=   None    Shift=    0.000
  8. RMSDP=6.63D-07 MaxDP=9.72D-05 DE=-2.45D-06 OVMax= 1.21D-04

  10. Cycle   7  Pass 1  IDiag  1:
  11. RMSU=  1.85D-07    CP:  1.00D+00  9.81D-01  1.72D-01  3.94D-01  1.61D-01
  12.                     CP:  3.45D-01
  13. <font color="#ff0000">E= -2792.83730360663</font>    Delta-E=       -0.000000294709 Rises=F Damp=F
  14. DIIS: error= 1.73D-06 at cycle   7 NSaved=   7.
  15. NSaved= 7 IEnMin= 7 EnMin= -2792.83730360663     IErMin= 7 ErrMin= 1.73D-06
  16. Gap=     0.040 Goal=   None    Shift=    0.000
  17. RMSDP=1.26D-07 MaxDP=1.19D-05 DE=-2.95D-07 OVMax= 1.70D-05

  19. Cycle   8  Pass 1  IDiag  1:
  20. RMSU=  6.67D-08    CP:  1.00D+00  9.82D-01  1.77D-01  4.00D-01  1.75D-01
  21.                     CP:  3.44D-01  4.55D-01
  22. <font color="#ff0000">E= -2239.03282931009</font>    Delta-E=      553.804474296549 Rises=F Damp=F
  23. DIIS: error= 1.01D+02 at cycle   8 NSaved=   8.
  24. NSaved= 8 IEnMin= 7 EnMin= -2792.83730360663     IErMin= 7 ErrMin= 1.73D-06
  25. Gap=    -0.300 Goal=   None    Shift=    0.000
  26. RMSDP=2.21D+00 MaxDP=3.86D+02 DE= 5.54D+02 OVMax= 8.55D-01

  28. Cycle   9  Pass 1  IDiag  1:
  29. RMSU=  2.21D+00    CP:  3.00D+00  3.00D+00 -3.00D+00 -3.00D+00 -3.00D+00
  30.                     CP: -3.00D+00 -3.00D+00  3.00D+00
  31. <font color="#ff0000">E= -73546.3417349360</font>    Delta-E=   -71307.308905625860 Rises=F Damp=F
  32. DIIS: error= 7.51D+10 at cycle   9 NSaved=   9.
  33. NSaved= 9 IEnMin= 9 EnMin= -73546.3417349360     IErMin= 7 ErrMin= 1.73D-06
  34. Gap=    -1.050 Goal=   None    Shift=    0.000
  35. RMSDP=4.86D+08 MaxDP=3.63D+11 DE=-7.13D+04 OVMax= 6.49D-01

  37. Cycle  10  Pass 1  IDiag  1:
  38. RMSU=  4.86D+08    CP:  3.00D+00 -3.00D+00  3.00D+00  3.00D+00 -3.00D+00
  39.                     CP:  3.00D+00 -3.00D+00 -3.00D+00 -3.00D+00
  40. Spurious integrated density or basis function:
  41. NE=  372 NElCor=    0 El error=7.26D+11 rel=1.85D+09 Tolerance=1.00D-03
  42. Shell   216     absolute error=1.70D-04              Tolerance=1.20D-02
  43. Shell    51       signed error=1.20D-04              Tolerance=1.00D-01
  44. <font color="#ff0000">Inaccurate quadrature in CalDSu.</font>
  45. <font color="#ff0000">Error termination</font> via Lnk1e in /home/gauuser/g09/<font color="#ff0000">l502.exe</font> at Wed Nov 25 22:35:45 2015.
  46. Job cpu time:       1 days  1 hours  6 minutes 41.1 seconds.
  47. File lengths (MBytes):  RWF=    333 Int=      0 D2E=      0 Chk=     40 Scr=      1
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可见在第6~7次迭代时已相对收敛，Cycle 8 突然出现了 553 个 Hartree的波动，Cyclo 9 直接爆到 -73 kHartree，Cyclo 10 就炸掉了。


综合考虑上面叙述的任务时间，以及如此不寻常的SCF曲线：
正常得                                      抽风的

(, 下载次数 Times of downloads: 22) (, 下载次数 Times of downloads: 23)

                                                                                                                                    （SCF的纵坐标单位是Hartree，第九个点下降太多被自动截掉了）


后来意识到两个文件输入了一样的 chk 和 rwf，所以一字未改从头重新运行了输入1：



(, 下载次数 Times of downloads: 18)


可以看到除了数值误差之外，明显的影响大致确实是从输入2启动的一刻开始的。

加之重新运行的输入1于其任务时 7:17:28 顺利完成opt，说明触发“Inaccurate quadrature in CalDSu.”的确实是输入关键词之外的因素导致的。



出错的                                                      顺利结束的

(, 下载次数 Times of downloads: 36)     (, 下载次数 Times of downloads: 19)

下方为4个收敛限的收敛情况监测，坐标值为其当前值与收敛限的比值，上方为最后一次SCF收敛情况。

左右两图的前42次循环（下面的图）是相同的。



建议：


  1. Bad dimensions in UnPckI.
  2. Error termination via Lnk1e in /home/gauuser/g09/l401.exe at Wed Nov 25 23:06:52 2015.
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  1. (Enter /home/gauuser/g09/l502.exe)
  2.         Line 50126:  E= -2220.06144121282     Delta-E=       -8.080445508238 Rises=F Damp=F
  3.         Line 50139:  E= -76430.9177902161     Delta-E=   -74210.856349003250 Rises=F Damp=F
  4.         Line 50151:  E= -76381.6615428458     Delta-E=       49.256247370315 Rises=F Damp=F
  5.         Line 50163:  E= -76470.0630378597     Delta-E=      -88.401495013954 Rises=F Damp=F
  6.         Line 50175:  E= -76439.0822894100     Delta-E=       30.980748449729 Rises=F Damp=F
  7.         Line 50188:  E= -76466.4716861857     Delta-E=      -27.389396775674 Rises=F Damp=F
  8. >>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
  9. SCF Done:  E(RB-LYP) =  -76472.4416419     A.U. after  129 cycles
  10. Convergence failure -- run terminated.
  11. Error termination via Lnk1e in /home/gauuser/g09/l502.exe at Wed Nov 25 23:34:15 2015.
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同时提示非特殊情况不要写scf=(maxcyclo=好几百)，opt也是一回事。有闲心的话写个脚本监控输出文件，发现震荡给你发邮件也还是很爽心的。
（以及不要问我为什么一下有这么多文件访问同一套chk,rwf造成的错误）（要哭了，逃









另附Sob老师对 “Inaccurate quadrature in CalDSu.” 的解决方法：



(, 下载次数 Times of downloads: 33)



作者
Author: 978142355    时间: 2015-11-27 08:22
Li老师您的开贴显示是新手求助，您还新手啊。。。。。。。。
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2015-11-27 09:40
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-11-27 09:42 编辑
978142355 发表于 2015-11-27 08:22
Li老师您的开贴显示是新手求助，您还新手啊。。。。。。。。

蛤？点错了
不过只是这个话题不是新手求助而已，和人无关。

作者
Author: 978142355    时间: 2015-11-27 12:19
liyuanhe211 发表于 2015-11-27 09:40
蛤？点错了
不过只是这个话题不是新手求助而已，和人无关。

我说嘛，一看见标题以为是哪个新手求助这个问题，毕竟sob在群里说了n次如何解决，一进来看见是Li老师的帖子，然后测试这个，感觉应该是Li老师弄错了。
不过也真万万没有想到，n个输入文件的%chk命名为1个竟会出现此错误。但是好像并不是100%遇到，最近有学生输入文件马虎（复制粘贴其它输入文件），%chk文件名称一样，但并未出现此问题。
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2015-11-27 14:50
978142355 发表于 2015-11-27 12:19
我说嘛，一看见标题以为是哪个新手求助这个问题，毕竟sob在群里说了n次如何解决，一进来看见是Li老师的帖 ...

就是需要第二个文件恰好在第一个文件的某个阶段启动
作者
Author: 978142355    时间: 2015-11-27 15:04
liyuanhe211 发表于 2015-11-27 14:50
就是需要第二个文件恰好在第一个文件的某个阶段启动

哦，这个以前我还真没注意过，真没想到这个也会引起所说的错误。
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2015-11-27 16:57
978142355 发表于 2015-11-27 15:04
哦，这个以前我还真没注意过，真没想到这个也会引起所说的错误。

Gaussian要从rwf和chk里读数据，结果被别的进程写了，谁也不会知道写进去了什么，读进来乱七八糟感觉是一切皆有可能
作者
Author: 978142355    时间: 2015-11-27 19:33
liyuanhe211 发表于 2015-11-27 16:57
Gaussian要从rwf和chk里读数据，结果被别的进程写了，谁也不会知道写进去了什么，读进来乱七八糟感觉是一 ...

恩，是啊，所以根据Li老师的结果，以后做的时候我可一定得校正对了，否则费力不讨好，浪费时间。



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