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标题: 请教在GROMACS加电场的参数设置 [打印本页]

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Author: cheme 时间: 2021-4-10 18:25
标题: 请教在GROMACS加电场的参数设置
在GROMACS模拟电势为3V条件下电解液的运动，建了周期盒子5x5x10nm，在Z方向左右两石墨烯电极相距6nm（Z方向另加4nm真空），现施加一个恒定强度的电场，在mdp文件中，电场的单位是V/nm，请问，是直接写E-z = 1 3 0 ？还是用3V除以6nm，得到0.5V/nm，写E-z = 1 0.5 0 ？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-11 03:32
electric-field-z = 0.5 0 0 0

作者
Author: cheme 时间: 2021-4-14 19:53

sobereva 发表于 2021-4-11 03:32
electric-field-z = 0.5 0 0 0

谢谢Sob老师！我提交任务计算一下。

作者
Author: libo371324 时间: 2021-4-14 20:26

sobereva 发表于 2021-4-11 03:32
electric-field-z = 0.5 0 0 0

这里请教一下，等号右边的第一个数字是余弦的数目，第二个数字是电场大小和方向，第三个数字是余弦的相位，这个余弦的数目是什么意思，为什么要在第一个数字的位置写上0.5

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-15 07:22
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的幻灯片

(, 下载次数 Times of downloads: 8)

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Author: zhaizhidong 时间: 2022-12-17 22:17

sobereva 发表于 2021-4-15 07:22
这对于2018到目前最新的2021版gmx都适用

老师您好请问一下这里第二个参数omega是角频率的话，单位是rad/s还是s-1呢？比如我想加一个100THz的电场，因为100THz=100ps-1，所以第二个参数直接设置为100是吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-18 11:31

zhaizhidong 发表于 2022-12-17 22:17
老师您好请问一下这里第二个参数omega是角频率的话，单位是rad/s还是s-1呢？比如我想加一个100THz的电场 ...

估计是rad/ps，ps是gmx的标准时间单位，三角函数里又要求弧度表示

作者
Author: zhaizhidong 时间: 2022-12-19 10:36

sobereva 发表于 2022-12-18 11:31
估计是rad/ps，ps是gmx的标准时间单位，三角函数里又要求弧度表示

好的感谢老师

作者
Author: yyy1996 时间: 2023-3-28 15:48

sobereva 发表于 2021-4-15 07:22
这对于2018到目前最新的2021版gmx都适用

请问一下老师，此公式可以实现周期性的高斯脉冲电场吗？如在0.1ps，0.2ps，0.3ps等分别达到最大值

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-29 04:29

yyy1996 发表于 2023-3-28 15:48
请问一下老师，此公式可以实现周期性的高斯脉冲电场吗？如在0.1ps，0.2ps，0.3ps等分别达到最大值

不能

作者
Author: yyy1996 时间: 2023-3-29 09:25

sobereva 发表于 2023-3-29 04:29
不能

好的谢谢社长

作者
Author: 打豆豆的灰鸭 时间: 2023-3-30 15:49
你好，我想问一下是平衡后加外电场还是能量最小化前加外电场

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Author: 周晨 时间: 2024-8-25 22:52

sobereva 发表于 2021-4-15 07:22
这对于2018到目前最新的2021版gmx都适用

老师您好，我想在我的体系中加上一种非均匀电场，体系左侧为一针尖，右侧为平面，中间连着DNA分子，然后施加偏压，我们想通过添加电场的方式实现偏压，然后进行MD。请问这样的非均匀电场gromacs可以添加吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-26 03:28

周晨发表于 2024-8-25 22:52
老师您好，我想在我的体系中加上一种非均匀电场，体系左侧为一针尖，右侧为平面，中间连着DNA分子，然后 ...

没有关键词实现
但某些情况下可以考虑对两端原子分别赋予合适的正、负电荷来制造局部的外加电场来实现

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Author: zhouchen 时间: 2024-8-29 11:32

sobereva 发表于 2024-8-26 03:28
没有关键词实现
但某些情况下可以考虑对两端原子分别赋予合适的正、负电荷来制造局部的外加电场来实现

老师，请问我在DNA两端通过在盒子中添加点电荷的方式形成非均匀电场（DNA左侧添加类似于针尖形状的点电荷，右侧添加一个平面的点电荷）（我看有一篇文章是这样添加的（J. Phys. Chem. A, Vol. 113, No. 47, 2009）），再进行MD，这样合理吗？我们主要是想看体系中的cl-在这个非均匀电场中的运动状态。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-30 07:30

zhouchen 发表于 2024-8-29 11:32
老师，请问我在DNA两端通过在盒子中添加点电荷的方式形成非均匀电场（DNA左侧添加类似于针尖形状的点电荷 ...

可以参考着文献这么做

作者
Author: zhouchen 时间: 2024-8-30 09:25

sobereva 发表于 2024-8-30 07:30
可以参考着文献这么做

好的，谢谢sob老师

作者
Author: holiday154988 时间: 2025-11-25 16:23
我想知道gromacs2018版本可以时间交流电场么，我想要做微波电场下油水界面，但是添加了电场以后体系的温度还有能量都没有变化，我是在NVT里面添加了这个electric-field-z = 1 0.00245 0 0，这样子对么（微波频率2.45GHz）

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