计算化学公社

标题: 分子内含有-OOH和-OH基团，应该怎么判断氢键的形成？ [打印本页]

作者
Author: MUYI 时间: 2021-4-10 19:00
标题: 分子内含有-OOH和-OH基团，应该怎么判断氢键的形成？
最近在做醇的环化反应，由于分子内含有-OOH和-OH基团，可能会形成氢键影响能垒，应该怎么判断氢键的形成呢，比如说下面这个反应物，是考虑10和16，还是14和17呢，对构象这块不是特别清楚，希望大家能指出我的不足，谢谢！[attach]33660[/attach] (, 下载次数 Times of downloads: 48)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-11 02:29
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“构象的考虑”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-11 02:38
既可能羟基作为氢键给体和OOH形成氢键，也可能OOH作为氢键给体和羟基形成氢键。摆成相应的初始构型进行优化，比较哪个能量更低就能判断应该是什么样，结合RDG分析还可以可视化氢键、结合AIM分析还可以考察内氢键键能

使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
计算分子内氢键键能的几种方法
http://sobereva.com/522（http://bbs.keinsci.com/thread-15496-1-1.html）

作者
Author: MUYI 时间: 2021-4-12 09:02

sobereva 发表于 2021-4-11 02:38
既可能羟基作为氢键给体和OOH形成氢键，也可能OOH作为氢键给体和羟基形成氢键。摆成相应的初始构型进行优化 ...

谢谢sob老师的回复，以后一定注意！

有了这些，应该能解决我的问题了，太感谢啦！

作者
Author: MUYI 时间: 2021-4-12 11:37
经过计算发现是OH提供H和OOH形成氢键，看到有人的做法是扫描二面角得到能量最低的点，我可不可以直接摆成它会形成氢键的构型进行优化呢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-3 04:21

MUYI 发表于 2021-4-12 11:37
经过计算发现是OH提供H和OOH形成氢键，看到有人的做法是扫描二面角得到能量最低的点，我可不可以直接摆成它 ...

根本没必要扫描，白费很多时间
这么简单的情况手动摆成两种可能形成氢键的初猜结构，对比优化完结构的高精度能量就完了

作者
Author: MUYI 时间: 2021-5-28 15:56

sobereva 发表于 2021-5-3 04:21
根本没必要扫描，白费很多时间
这么简单的情况手动摆成两种可能形成氢键的初猜结构，对比优化完结构的高 ...

好的，谢谢您~

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)