计算化学公社

标题: 模拟轨迹的RMSD在最初的几ns有很大的跳跃是什么原因？ [打印本页]

作者
Author: HZW 时间: 2021-4-10 19:14
标题: 模拟轨迹的RMSD在最初的几ns有很大的跳跃是什么原因？
想请教下卢老师或者论坛上的老师，分子动力学模拟轨迹的RMSD在最初的几ns有很大的跳跃（知道是正常现象），这是什么原因，该怎么解释。

作者
Author: panernie 时间: 2021-4-10 22:25
去除周期性pbc

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-11 02:31
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“分子动力学结果分析之RMSD”改了，以后务必注意

轨迹记录考虑周期性时，可能导致分子从盒子一头突跃到另一头。根据RMSD的计算公式，自然RMSD也会突然发生很大的变化，没什么难理解的

作者
Author: HZW 时间: 2021-4-11 20:20
好的，谢谢卢老师

作者
Author: HZW 时间: 2021-4-11 20:37

panernie 发表于 2021-4-10 22:25
去除周期性pbc

但是我用的Gromacs计算轨迹相对于NMR结构的RMSD是已经去除PBC的了，难道是结构的松散造成的？

作者
Author: panernie 时间: 2021-4-12 09:09

HZW 发表于 2021-4-11 20:37
但是我用的Gromacs计算轨迹相对于NMR结构的RMSD是已经去除PBC的了，难道是结构的松散造成的？

使用vmd对你去除PBC的轨迹进行查看，确保不是由PBC处理不合理导致的。如果排除这一点，那肯有可能是结构松散导致，提取最后那几ns跳跃的帧做一下align看一下。

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