计算化学公社

标题: 关于氢键分析-ac以及-life项的疑惑 [打印本页]

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-4-10 20:36
标题: 关于氢键分析-ac以及-life项的疑惑
本帖最后由 Lacrimosa 于 2021-4-10 20:37 编辑

各位老师好，我在gmx hbond分析时同时使用了-ac和-life后输出了如下信息：
HB lifetime = 5.60 ps
Note that the lifetime obtained in this manner is close to useless
Use the -ac option instead and check the Forward lifetime
然后根据-ac的输出：
Type    Rate (1/ps) Time (ps)  DG (kJ/mol)  Chi^2
Forward       0.011    87.139    15.603  0.00135821
Backward       0.000 12701.916    27.953
One-way       0.022    44.784    13.953
Integral       0.012    84.755    15.534
Relaxation    0.012    82.701    15.473

根据手册上说的Rate应该是指速率常数，Time指lifetime，DG、Chi^2以及Type的各项又代表什么呢？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-4-10 23:25
看了一下手册里提到的参考文献，里面Forward应该是指氢键断开（H bond ON）的过程，Backward是指氢键形成（H bond OFF）的过程。
DG可能是指这个过程的自由能变化？其余的还不太确定。
HB lifetime = 5.60 ps 这个数据应该是根据hblife.xvg中 t*p(t)列积分出来的
具体请见:doi: 10.1063/1.1320826

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-4-14 00:08
http://bbs.keinsci.com/thread-4234-1-1.html

作者
Author: atomhong 时间: 2021-5-6 19:55

Lacrimosa 发表于 2021-4-10 23:25
看了一下手册里提到的参考文献，里面Forward应该是指氢键断开（H bond ON）的过程，Backward是指氢键形成（ ...

你好，我也有同样的疑惑，不知道你最后是怎么考虑的呀？系统直接导出的HB lifetime和用-ac命令得出的那些数值有什么联系？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-5-17 21:22

atomhong 发表于 2021-5-6 19:55
你好，我也有同样的疑惑，不知道你最后是怎么考虑的呀？系统直接导出的HB lifetime和用-ac命令得出的那些 ...

-ac和-life所用的统计方法不同，我看了手册上给出的参考文献但也没有很理解，最后是直接选用了HB lifetime的数据

作者
Author: suxiao 时间: 2021-5-20 01:13
请问你使用的gromac版本是什么呢？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-5-20 11:51

suxiao 发表于 2021-5-20 01:13
请问你使用的gromac版本是什么呢？

2019.3

作者
Author: qiyan 时间: 2022-8-1 09:38

Lacrimosa 发表于 2021-5-20 11:51
2019.3

您好，-ac是得到氢键自相关函数嘛。在gromacs原子与原子之间的C（t）怎么做呢，为什么我分组后总是显示donner为0呢报错

作者
Author: 一条君 时间: 2023-3-11 17:00
请问您是多少步或者多少fs输出一帧到xtc轨迹呢，在想（Note that the lifetime obtained in this manner is close to useless）和帧数的间隔时间有没有关系，间隔时间短一些提示会不会消失

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-3-13 20:35

一条君发表于 2023-3-11 17:00
请问您是多少步或者多少fs输出一帧到xtc轨迹呢，在想（Note that the lifetime obtained in this manner is ...

在问我吗？我是1fs/frame的输出频率

作者
Author: 方方方 时间: 2025-8-29 14:22
本帖最后由方方方于 2025-8-29 19:51 编辑

Lacrimosa 发表于 2021-4-10 23:25
看了一下手册里提到的参考文献，里面Forward应该是指氢键断开（H bond ON）的过程，Backward是指氢键形成（ ...

大佬您好，我最近也在做氢键寿命的统计，个人觉得这里Chi^2应该是ac自相关拟合过程中的卡方系数？然后看提示里面应该说的是使用表格里面forward那一行的time（87.139ps）的数据，但有个疑问，为什么上面使用-life命令拟合得到的氢键寿命是5.6ps，和上面数据相差10多倍。我自己分析的数据中也是相差有10倍多。。。
特别地，对于-ac中forward项的结果，还跟你统计的时间长度呈正相关......但HB lifetime的那个却随时间变化较小

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)