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标题: 求助：gmx solvate 用的spc216，可以替换成tip3p吗？ [打印本页]

作者
Author: byqyb 时间: 2021-4-10 23:08
标题: 求助：gmx solvate 用的spc216，可以替换成tip3p吗？
sob老师您好：
我的体系本身用的水为tip3，目录里水的拓扑结构只有TIP3.itp，现在需要gromacs进行溶剂化再插入一些水分子，但其好像只能用spc216.gro生成SOL。

(, 下载次数 Times of downloads: 41)

(, 下载次数 Times of downloads: 30)

所以想请问一下，我把topol.top里的SOL替换成TIP3，生成的gro文件里的OW/HW1/HW2替换成OH2/H1/H2，然后使用原有的TIP3.itp，这样可行吗？或者将TIP3.itp文件里内容，譬如OH2/H1/H2相反的替换成OW/HW1/HW2？

如果不行的话，有直接spc216.itp的文件可以提供吗？或者我可以在哪里获取到呢？非常感谢您！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-11 02:14
所有三点水模型一律用spc216.gro填充盒子
不存在也不需要所谓的spc216.itp
你也不用管原子名是否一样，只需要原子顺序一样就行了，所有三点水模型都是氧氢氢的顺序。

作者
Author: byqyb 时间: 2021-4-11 16:32

sobereva 发表于 2021-4-11 02:14
所有三点水模型一律用spc216.gro填充盒子
不存在也不需要所谓的spc216.itp
你也不用管原子名是否一样，只 ...

噢噢好的，谢谢您的解答

作者
Author: JCenter 时间: 2022-9-20 13:44

sobereva 发表于 2021-4-11 02:14
所有三点水模型一律用spc216.gro填充盒子
不存在也不需要所谓的spc216.itp
你也不用管原子名是否一样，只 ...

老师，那使用packmoL在盒子里自己填充数千个水分子，用于gmx模拟的话，也可以用立场自带的spce.itp吗。还是说，如果使用力场自带的itp，就必须用gmx填充spc216.gro。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-21 22:44

JCenter 发表于 2022-9-20 13:44
老师，那使用packmoL在盒子里自己填充数千个水分子，用于gmx模拟的话，也可以用立场自带的spce.itp吗。还 ...

只要结构文件里水分子内的顺序是 O H H就可以

作者
Author: JCenter 时间: 2022-9-26 19:41

sobereva 发表于 2022-9-21 22:44
只要结构文件里水分子内的顺序是 O H H就可以

谢谢sob老师解答学生的疑惑

作者
Author: 霍元甲 时间: 2023-7-11 14:15

sobereva 发表于 2021-4-11 02:14
所有三点水模型一律用spc216.gro填充盒子
不存在也不需要所谓的spc216.itp
你也不用管原子名是否一样，只 ...

请问老师，四点水用什么文件填充盒子？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-11 14:21

霍元甲发表于 2023-7-11 14:15
请问老师，四点水用什么文件填充盒子？

tip4p.gro

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