计算化学公社

标题: 六十多个原子，一个金属原子，寻找过渡态不收敛求助 [打印本页]

作者
Author: lufenghxu 时间: 2021-4-11 11:13
标题: 六十多个原子，一个金属原子，寻找过渡态不收敛求助
六十多个原子，包括四个氮，六个氧，一个重金属，不知道是初猜结构不合理还是什么？算了一百个初猜结构但是没有一个收敛的，并且好多在结束的时候没有一个Yes。大家说说，正常吗？有什么办法提高成功率啊。是不是路径设计不合理也找不出过渡态啊。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-4-11 11:46
“算了一百个初猜结构”？

哪有这么搞的，10个初猜结构都不行的时候你就应该询问别人你的计算有没错误了。你这么提问是不行的。

电荷、自旋多重度有没写对，计算级别（方法、基组）是何，关键词怎么样（有没乱写），过渡态初始结构如何，体系特点（有没多参考特征，是否双自由基等等），算基态还是激发态。这些信息是要贴出来大家鉴定的（不能“我认为、我检查过没问题就没问题”）

啥都不说出来，神仙也救不了你。“六十多个原子，包括四个氮，六个氧，一个重金属”这些信息没啥用

作者
Author: ms860309 时间: 2021-4-11 13:11
你可以試試看降低step size 例如 0.08 a.u. 與call hessian的次數，例如說每10步算一次hessian

不過TS本來就不好收斂，initial guess非常重要，可以試試看先用xtb算initial guess?

參考sob老師的gaussian orca xtb連用等文，另外找initial guess可以試試看GSM (molecular gsm, zimmerman)

作者
Author: elvisng 时间: 2021-4-11 17:38
最重要的是你的是什麼反應, 初猜是怎麼取得的, 有沒有檢查初猜的震動虛頻是不是自己想找的。如果初猜差, 離太遠, 基本上就不會找到的。

作者
Author: lufenghxu 时间: 2021-4-11 18:00

elvisng 发表于 2021-4-11 17:38
最重要的是你的是什麼反應, 初猜是怎麼取得的, 有沒有檢查初猜的震動虛頻是不是自己想找的。如果初猜差, 離 ...

过渡金属催化成环的有机反应。如何检查初猜的振动虚频啊？

作者
Author: lufenghxu 时间: 2021-4-11 18:21
本帖最后由 lufenghxu 于 2021-4-11 19:01 编辑

zjxitcc 发表于 2021-4-11 11:46
“算了一百个初猜结构”？
哪有这么搞的，10个初猜结构都不行的时候你就应该询问别人你的计算有没 ...

请原谅我没有把问题说清楚。我是在做过渡金属催化成环的有机反应机理。过渡金属有3d、4d的，反应中只有一个金属原子，杂原子有N、O.使用的泛函有TPSSH,M06,PBE0，主要在找过渡态结构。关键词：#p Opt=(calcfc,noeigentest,ts) freq M06/GenEcp scrf=(SMD,solvent=anisole) Temperature=323.15，重金属基组：试过SSD，lanl2dz,其它原子：6-311（**）

作者
Author: elvisng 时间: 2021-4-11 18:54

lufenghxu 发表于 2021-4-11 18:00
过渡金属催化成环的有机反应。如何检查初猜的振动虚频啊？

你的初猜是怎麼來的? 自己隨手擺的?

你可以對你的初猜結構做一個 freq 來看看, 看看有沒有虛頻, 虛頻的震動方向。如果連虛頻都不對, 那就不用找了, 初猜離 TS 太遠了

作者
Author: lufenghxu 时间: 2021-4-11 19:15

elvisng 发表于 2021-4-11 18:54
你的初猜是怎麼來的? 自己隨手擺的?

你可以對你的初猜結構做一個 freq 來看看, 看看有沒有虛頻, 虛頻 ...

以往都是正常收敛了看振动方向对不。原来初猜的freq也有价值？问一下，初猜结构的虚频，收敛后可以保持吗。优化完结构不也变了吗？

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Author: hdhxx123 时间: 2021-4-11 19:20
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-4-11 19:32 编辑

lufenghxu 发表于 2021-4-11 18:21
请原谅我没有把问题说清楚。我是在做过渡金属催化成环的有机反应机理。过渡金属有3d、4d的，反应中只有一 ...

第一，不知道初猜好不好建议用Gaussian+xtb找一下，其次，用M06这些明尼苏达泛函建议带上int=ultrafine，因为格点精度不够可能一定程度上影响势能面（否则可能会被审稿人问，若要与其他作差记得统一都加int=ultrafine），同时scrf建议在优化、过渡态的时候别用SMD，用自带的IEFPCM就行了。SMD优化可能会带来比如多虚频等等杂问题（重金属基组应该叫SDD，不叫SSD

作者
Author: gauss98 时间: 2021-4-12 08:18

lufenghxu 发表于 2021-4-11 18:21
请原谅我没有把问题说清楚。我是在做过渡金属催化成环的有机反应机理。过渡金属有3d、4d的，反应中只有一 ...

如果不知道过渡态位置
不要一开始就用上全部条件
一个有效的做法是，
只用最核心的结构模型（把各种取代基都最小化），最基本的可用的基组（比如6-31G**）找到过渡态的核心结构后，再加上实际的取代基等，固定核心结构做取代基的优化，然后再用高级基组，溶剂等条件做TS。

如果初猜老不对，就该用简单模型对设想的反应路径做一个柔性扫描。

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