计算化学公社

标题: gromacs里面对VMd导出.pdb文件去周期化后无坐标 [打印本页]

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Author: 12342234 时间: 2021-4-11 11:33
标题: gromacs里面对VMd导出.pdb文件去周期化后无坐标
请教论坛各位老师，1.我在使用gromacs处理轨迹文件算MSD发现使用 gmx trjconv -f *****.pdb  -s out.gro  处理VMD和CP2K导出的PDB文件后 xtc文件中没有坐标
  2.我将轨迹文件存为xyz 再用帖子http://bbs.keinsci.com/thread-5808-1-3.html 中ruanyang老师的程序处理为PDB  到gromacs里面就可以求MSD  但是没有D 显示为：
Reading frame 1900 time 0.000

Used 2000 restart points spaced 10 ps over 0 ps

Fitting from 0 to 0 ps

D[       F] -nan (+/- nan) 1e-5 cm^2/s

   我处理的是2000帧共2ps
gromacs只刚学了一点皮毛  就想用来求个MSD和D 主要是VMD算太慢了  受不了了.......希望论坛哪位大佬路过的时候解答一下我的问题

作者
Author: lyj714 时间: 2021-4-11 11:44
gmx msd默认的重启点间隔为10 ps，你轨迹总共时间才2 ps，显然不合适。用-trestart指定间隔，比如你用你的步长即可，比如1fs就用0.001即可

作者
Author: 12342234 时间: 2021-4-11 13:17

lyj714 发表于 2021-4-11 11:44
gmx msd默认的重启点间隔为10 ps，你轨迹总共时间才2 ps，显然不合适。用-trestart指定间隔，比如你用你的 ...

您好谢谢您的回复按照您回复的信息我在后面加上了但是我试了一下好像也不行.....msd结果是有的但是D还是没有不过您的回答给了我一点思路我再去试一下

作者
Author: lyj714 时间: 2021-4-11 13:34
本帖最后由 lyj714 于 2021-4-11 13:48 编辑

12342234 发表于 2021-4-11 13:17
您好谢谢您的回复按照您回复的信息我在后面加上了但是我试了一下好像也不行.....msd结果是有的 ...

不知道你用的pdb是不是标准gmx的格式，因为gmx有固定格式，特别是轨迹的每一帧时间都必须出现在每一帧最前面一行，记作t= ，如果没有gmx是不知道你每一帧的时间的
举个例子，pdb格式轨迹的每一帧都必须有下列行:

TITLE t= 0.00000

复制代码

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Author: 12342234 时间: 2021-4-11 14:48

lyj714 发表于 2021-4-11 13:34
不知道你用的pdb是不是标准gmx的格式，因为gmx有固定格式，特别是轨迹的每一帧时间都必须出现在每一帧最 ...

确实不太一样
cp2k输出的开头
REMARK Step 10001, time = 10001.000
xyz 转PDB的
REMARK The corresponding frame 1

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Author: lyj714 时间: 2021-4-11 14:57

12342234 发表于 2021-4-11 14:48
确实不太一样
cp2k输出的开头
REMARK Step 10001, time = 10001.000

写脚本自己改一下pdb

作者
Author: 12342234 时间: 2021-4-11 15:02

lyj714 发表于 2021-4-11 14:57
写脚本自己改一下pdb

目前实力不济没有那水平能算出MSD D我还是取斜率算一下吧谢谢您的回复~

作者
Author: lyj714 时间: 2021-4-11 15:40

12342234 发表于 2021-4-11 15:02
目前实力不济没有那水平能算出MSD D我还是取斜率算一下吧谢谢您的回复~

我不认为少了时间间隔，gmx得到msd曲线就一定正确。所以你最好按规矩来。

作者
Author: 12342234 时间: 2021-4-11 15:49

lyj714 发表于 2021-4-11 15:40
我不认为少了时间间隔，gmx得到msd曲线就一定正确。所以你最好按规矩来。

找之前算过MSD的轨迹文件算了确认一下即可我算过了和MS算出的一致只是没有D而已

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