计算化学公社

标题: 求助：vasp安装SIGSEGV, segmentation fault [打印本页]

作者
Author: diffcwmol 时间: 2021-4-11 16:30
标题: 求助：vasp安装SIGSEGV, segmentation fault
各位同仁，

请教大家，在安装VASP的时候一直出现以下错误（可以编译得到vasp可执行程序，跑程序的时候出错）：
########
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image             PC             Routine          Line       Source
vasp_std          0000000000E24C43  for__signal_handl    Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00007FCF7E66D5F0  Unknown             Unknown  Unknown
libmpi.so.40.30.0  00007FCF7EBF0631  MPI_Comm_size       Unknown  Unknown
libmkl_blacs_inte  00007FCF7F597E09  MKLMPI_Comm_size    Unknown  Unknown
libmkl_blacs_inte  00007FCF7F595FD1  mkl_blacs_init       Unknown  Unknown
libmkl_blacs_inte  00007FCF7F595F18  Cblacs_pinfo       Unknown  Unknown
libmkl_blacs_inte  00007FCF7F58681F  blacs_gridmap_       Unknown  Unknown
libmkl_blacs_inte  00007FCF7F5861FE  blacs_gridinit_    Unknown  Unknown
vasp_std          000000000043E3E1  Unknown             Unknown  Unknown

########

我是参照sob老师的帖子装的，在我的其他的系统上可以装成功。但是在另一台上却始终出现上面的问题。
OFLAG 改为01，可以编译成功，但是仍出现上面的错误；
试过intel 2019和2020，Intel mkl和mpi，仍然出现上述错误；
试过intel mkl和openmpi，仍然出现上述错误。
vasp community上说可能是vasp本版本和编译器不兼容啥的，我编译的是vasp 5.4.

求教大家，如果解决此问题？

作者
Author: abin 时间: 2021-4-11 20:09
失败的机器，是啥处理器？

作者
Author: diffcwmol 时间: 2021-4-11 23:48

abin 发表于 2021-4-11 20:09
失败的机器，是啥处理器？

Intel(R) Xeon(R) CPU E7- 2870 @ 2.40GHz

作者
Author: diffcwmol 时间: 2021-4-12 00:31
The most strange thing is that the vasp_std can run the first Ionic step, and then stop with the Segmentation fault.

作者
Author: abin 时间: 2021-4-12 10:52

diffcwmol 发表于 2021-4-12 00:31
The most strange thing is that the vasp_std can run the first Ionic step, and then stop with the Seg ...

Attach all input and output files.

make.include file if you like.

Compiler version.

作者
Author: dardons 时间: 2021-11-19 16:28
我也有相同的情况，正在尝试重新编译vasp
：
...
DAV:  23 -0.208825884903E+04 -0.13130E-02 -0.97245E-03  1464 0.140E-01 0.554E-01
DAV:  24 -0.208825737388E+04 0.14752E-02 -0.22669E-02  1264 0.791E-02 0.378E-01
DAV:  25 -0.208825758833E+04 -0.21445E-03 -0.57399E-03  1128 0.121E-01
1 F= -.21123892E+04 E0= -.21123706E+04  d E =-.211239E+04

===================================================================================
= BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
= RANK 0 PID 14679 RUNNING AT g5
= KILLED BY SIGNAL: 9 (Killed)
===================================================================================

===================================================================================
= BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
= RANK 1 PID 14680 RUNNING AT g5
= KILLED BY SIGNAL: 11 (Segmentation fault)
===================================================================================
...

作者
Author: dardons 时间: 2021-11-19 16:29
我的 makefile.include
:
# Precompiler options
CPP_OPTIONS= -DHOST=\"LinuxIFC\"\
         -DMPI -DMPI_BLOCK=8000 \
         -Duse_collective \
         -DscaLAPACK \
         -DCACHE_SIZE=4000 \
         -Davoidalloc \
         -Duse_bse_te \
         -Dtbdyn \
         -Duse_shmem

CPP       = fpp -f_com=no -free -w0  $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS)

FC       = mpiifort
FCL       = mpiifort -mkl=sequential -lstdc++

FREE    = -free -names lowercase

FFLAGS    = -assume byterecl -w
OFLAG    = -O2 -xhost
OFLAG_IN = $(OFLAG)
DEBUG    = -O0

MKL_PATH = $(MKLROOT)/lib/intel64
BLAS    =
LAPACK    =
BLACS    = -lmkl_blacs_intelmpi_lp64
SCALAPACK  = $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a $(BLACS)

OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o

INCS    =-I$(MKLROOT)/include/fftw

LLIBS    = $(SCALAPACK) $(LAPACK) $(BLAS)

OBJECTS_O1 += fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.o
OBJECTS_O2 += fft3dlib.o

# For what used to be vasp.5.lib
CPP_LIB = $(CPP)
FC_LIB    = $(FC)
CC_LIB    = icc
CFLAGS_LIB = -O
FFLAGS_LIB = -O1
FREE_LIB = $(FREE)

OBJECTS_LIB= linpack_double.o getshmem.o

# For the parser library
CXX_PARS = icpc

LIBS    += parser
LLIBS    += -Lparser -lparser -lstdc++

# Normally no need to change this
SRCDIR    = ../../src
BINDIR    = ../../bin

#================================================
# GPU Stuff

CPP_GPU = -DCUDA_GPU -DRPROMU_CPROJ_OVERLAP -DUSE_PINNED_MEMORY -DCUFFT_MIN=28 -UscaLAPACK

OBJECTS_GPU = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d_gpu.o fftmpiw_gpu.o

CC       = icc
CXX       = icpc
CFLAGS    = -fPIC -DADD_ -Wall -openmp -DMAGMA_WITH_MKL -DMAGMA_SETAFFINITY -DGPUSHMEM=300 -DHAVE_CUBLAS

CUDA_ROOT  ?= /usr/local/cuda/
NVCC    := $(CUDA_ROOT)/bin/nvcc -ccbin=icc
CUDA_LIB := -L$(CUDA_ROOT)/lib64 -lnvToolsExt -lcudart -lcuda -lcufft -lcublas

GENCODE_ARCH := -gencode=arch=compute_30,code=\"sm_30,compute_30\" \
               -gencode=arch=compute_35,code=\"sm_35,compute_35\" \
               -gencode=arch=compute_60,code=\"sm_60,compute_60\"

MPI_INC = $(I_MPI_ROOT)/include64/

作者
Author: dardons 时间: 2021-11-19 16:38
本帖最后由 dardons 于 2021-11-19 16:49 编辑

我用的是intel oneAPI的编译器
我好了！我刚重新编译了一遍，现在没有错误了。这是我的新的makefile.include
：
# Precompiler options
CPP_OPTIONS= -DHOST=\"LinuxIFC\"\
         -DMPI -DMPI_BLOCK=8000 \
         -Duse_collective \
         -DscaLAPACK \
         -DCACHE_SIZE=4000 \
         -Davoidalloc \
         -Duse_bse_te \
         -Dtbdyn \
         -Duse_shmem

CPP       = fpp -f_com=no -free -w0  $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS)

FC       = mpiifort
FCL       = mpiifort -mkl=sequential -lstdc++

FREE    = -free -names lowercase

FFLAGS    = -assume byterecl -w -xhost -heap-arrays  64
OFLAG    = -O2 -xhost
OFLAG_IN = $(OFLAG)
DEBUG    = -O0

MKL_PATH = $(MKLROOT)/lib/intel64
BLAS    =
LAPACK    =
BLACS    = -lmkl_blacs_intelmpi_lp64
SCALAPACK  = $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a $(BLACS)

OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o  /data/software/intel/oneapi/mkl/latest/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a

INCS    =-I$(MKLROOT)/include/fftw

LLIBS    = $(SCALAPACK) $(LAPACK) $(BLAS)

OBJECTS_O1 += fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.o
OBJECTS_O2 += fft3dlib.o

# For what used to be vasp.5.lib
CPP_LIB = $(CPP)
FC_LIB    = $(FC)
CC_LIB    = icc
CFLAGS_LIB = -O
FFLAGS_LIB = -O1
FREE_LIB = $(FREE)

OBJECTS_LIB= linpack_double.o getshmem.o

# For the parser library
CXX_PARS = icpc

LIBS    += parser
LLIBS    += -Lparser -lparser -lstdc++

# Normally no need to change this
SRCDIR    = ../../src
BINDIR    = ../../bin

#================================================
# GPU Stuff

CPP_GPU = -DCUDA_GPU -DRPROMU_CPROJ_OVERLAP -DUSE_PINNED_MEMORY -DCUFFT_MIN=28 -UscaLAPACK

OBJECTS_GPU = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d_gpu.o fftmpiw_gpu.o

CC       = icc
CXX       = icpc
CFLAGS    = -fPIC -DADD_ -Wall -openmp -DMAGMA_WITH_MKL -DMAGMA_SETAFFINITY -DGPUSHMEM=300 -DHAVE_CUBLAS

CUDA_ROOT  ?= /usr/local/cuda/
NVCC    := $(CUDA_ROOT)/bin/nvcc -ccbin=icc
CUDA_LIB := -L$(CUDA_ROOT)/lib64 -lnvToolsExt -lcudart -lcuda -lcufft -lcublas

GENCODE_ARCH := -gencode=arch=compute_30,code=\"sm_30,compute_30\" \
               -gencode=arch=compute_35,code=\"sm_35,compute_35\" \
               -gencode=arch=compute_60,code=\"sm_60,compute_60\"

MPI_INC = $(I_MPI_ROOT)/include64/

祝你也能顺利解决难题。

作者
Author: wolfli369 时间: 2021-11-19 17:01

dardons 发表于 2021-11-19 16:38
我用的是intel oneAPI的编译器
我好了！我刚重新编译了一遍，现在没有错误了。这是我的新的makefile.inclu ...

很可能是内存爆满，进程被系统杀掉，intel onapi的锅。最近使用intel oneapi 编译vasp 6.0.1就遇到这样的情况，换一个版本的编译器试一下。

作者
Author: Epikur 时间: 2021-11-19 17:12
看来Oneapi的受害者不少

作者
Author: diffcwmol 时间: 2021-11-29 03:24

dardons 发表于 2021-11-19 16:38
我用的是intel oneAPI的编译器
我好了！我刚重新编译了一遍，现在没有错误了。这是我的新的makefile.inclu ...

Thanks. 很长时间没上来了。我之前也是在FFLAGS中加了-heap-arrays，最后能解决问题。

作者
Author: dardons 时间: 2021-11-29 11:12

diffcwmol 发表于 2021-11-29 03:24
Thanks. 很长时间没上来了。我之前也是在FFLAGS中加了-heap-arrays，最后能解决问题。

好~ 我发现用最新的oneAPI编译的vasp版本比旧的编译器编译的效率高不少。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)