计算化学公社

标题: 请问下大家研究磷脂双分子层的问题 [打印本页]

作者
Author: namd学者 时间: 2021-4-11 19:59
标题: 请问下大家研究磷脂双分子层的问题
如题，问下大家在跑磷脂双分子层到平衡的这一段时间里，有没有出现上层膜的水分子逐渐变多而下层膜水分子逐渐变少的情况呢？请问有什么解决办法吗？这是我的配置文件

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-3 04:16
我不用NAMD，不过出现这种问题应该是膜整体发生了上下平移，看起来好像一边水变多另一边变少了。如果NAMD有消除平动设置，令程序消除磷脂膜部分的平动

作者
Author: namd学者 时间: 2021-5-10 10:28

sobereva 发表于 2021-5-3 04:16
我不用NAMD，不过出现这种问题应该是膜整体发生了上下平移，看起来好像一边水变多另一边变少了。如果NAMD有 ...

谢谢社长，我消除磷脂膜的平动后，确实水分子没有出现以上问题了。我想问一下消除平动或者固定磷脂膜原子会对之后的计算有影响吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-10 13:38

namd学者发表于 2021-5-10 10:28
谢谢社长，我消除磷脂膜的平动后，确实水分子没有出现以上问题了。我想问一下消除平动或者固定磷脂膜原子 ...

消除平动和固定完全是两码事
消除整体运动不会有什么实际不良影响，而固定则是严重影响动力学行为，没有特殊理由绝对不能固定

作者
Author: namd学者 时间: 2021-5-10 16:54

sobereva 发表于 2021-5-10 13:38
消除平动和固定完全是两码事
消除整体运动不会有什么实际不良影响，而固定则是严重影响动力学行为，没有 ...

了解了，谢谢社长

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)