计算化学公社

标题: 构建异质结模型，利用公倍数建模原子太多 [打印本页]

作者
Author: ycmingjing 时间: 2021-4-11 23:29
标题: 构建异质结模型，利用公倍数建模原子太多
我现在在建异质结模型，利用两个晶胞的晶格常数（a1=7; a2=8）的公倍数太大，建的模型原子数太多，计算不下去，请问还有什么办法吗

作者
Author: ycmingjing 时间: 2021-4-12 09:15
本帖最后由 ycmingjing 于 2021-4-12 10:23 编辑

求老师指导

作者
Author: djjj148 时间: 2021-4-12 13:25
直接取最小公倍数不是匹配晶格的好办法，一是复合后原子数过多而且遇到两个单体晶格角度不一样就没辙了。
可以通过重定义晶格参数(同时改变角度和长度)来构建异质结。有现成程序可用。
1. 用VASPKIT黑箱操作。
2. 用building_hetero程序，可获得更多信息。 https://mp.weixin.qq.com/s/O6Nwwb5p07CKwUTynYNJkw

作者
Author: 叶子之旅 时间: 2021-4-12 13:33
本帖最后由叶子之旅于 2021-4-12 13:35 编辑

http://bbs.keinsci.com/thread-9651-1-1.html
有问题先在公社里搜索有惊喜
晶格的角度和长度都是可以改变的，重定义晶格矢量即可，且早已有公开的程序支持。这样能大幅减少复合后模型的原子数。

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2021-4-12 14:00

叶子之旅发表于 2021-4-12 13:33
http://bbs.keinsci.com/thread-9651-1-1.html
有问题先在公社里搜索有惊喜
晶格的角度和长度都是可以改 ...

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2021-4-12 14:00

晶格矢量变换，构建根号晶胞

作者
Author: Penson 时间: 2021-4-12 23:03
旋转晶格矢量，不过也是技术活

作者
Author: ycmingjing 时间: 2021-4-13 10:00

djjj148 发表于 2021-4-12 13:25
直接取最小公倍数不是匹配晶格的好办法，一是复合后原子数过多而且遇到两个单体晶格角度不一样就没辙了。
...

vaspkit我尝试过，把失配率调到2.0% 原子还有500个，在调大就会报错，说超过5000结构让我下调失配率

作者
Author: ycmingjing 时间: 2021-4-13 10:02

叶子之旅发表于 2021-4-12 13:33
http://bbs.keinsci.com/thread-9651-1-1.html
有问题先在公社里搜索有惊喜
晶格的角度和长度都是可以改 ...

谢谢师兄，我看过这个，我在超算安装不上python3

作者
Author: ycmingjing 时间: 2021-4-13 10:03

Penson 发表于 2021-4-12 23:03
旋转晶格矢量，不过也是技术活

谢谢老师，我调整了几次，发现我太菜了，根本整不出来

作者
Author: djjj148 时间: 2021-4-13 10:17

ycmingjing 发表于 2021-4-13 10:00
vaspkit我尝试过，把失配率调到2.0% 原子还有500个，在调大就会报错，说超过5000结构让我下调失配率

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 0&fromuid=15641

按照陈老师的方法按照anaconda，附带python以及比较完整的模块。就算管理员不帮你，下载好安装包也能根据提示安装好。我在我用的十几年前的老超算上都能装上。

而且匹配异质结的程序不怎么消耗资源，普通的办公电脑上装个Linux虚拟机一样跑得动，社长的博文里就有安装虚拟机的教程。不一定非得用超算。

作者
Author: 静哥哥 时间: 2021-12-7 17:28
您好，请问解决了异质结公倍数导致原子太多问题了吗？
我看了后面几个回帖，我发现用后面的插件建模，其实原子个数也没有少太多，特别是失配较大的两种材料

作者
Author: ycmingjing 时间: 2021-12-10 15:33

静哥哥发表于 2021-12-7 17:28
您好，请问解决了异质结公倍数导致原子太多问题了吗？
我看了后面几个回帖，我发现用后面的插件建模，其实 ...

没搞定

作者
Author: 汪杰 时间: 2025-12-26 16:58

静哥哥发表于 2021-12-7 17:28
您好，请问解决了异质结公倍数导致原子太多问题了吗？
我看了后面几个回帖，我发现用后面的插件建模，其实 ...

这个没有太好的办法，晶格形状确实可以改变，vaspkit也可以将其转为正交胞，但是构建异质结的时候，由于匹配度的关系，最后还是有很多的原子。感觉与两个材料本身有关系

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