计算化学公社

标题: 请教配体GAFF力场构建中出现的问题 [打印本页]

作者
Author: 黄舒伟 时间: 2021-4-12 10:20
标题: 请教配体GAFF力场构建中出现的问题
本帖最后由黄舒伟于 2021-4-12 11:48 编辑

公社上没能找到相应的帖子，所以特来请教老师们：请问在构建配体的GAFF力场的时候，对于从大分子上扒下来的配体（如我从1CVX上扒下的HP2配体,想计算他们的mmpbsa）是否应该直接算单点能再用输出fchk文件去算RESP电荷?因为自己发现若是用例如opt UFF 去预优化的情况下，结果得到的结构和一开始的结构很不一样了（大有变形的趋势），
而我们不是要用最后的结构去用acpype.py生成拓扑和结构文件吗？若是结构发生了很大的变化再去组合到之前的大分子上，岂不是会出现问题？
所以总体就是想请教各位老师：
1.这种情况请问是否应该直接算单点能（G16若是能正常跑单点，不因为结构报错的情况下）
2.若是需要跑opt，请问是否是把最后得到的结构文件去用acpype.py生成配体？
还是说应该用算高斯前的结构文件（1cvx.pdb）去生成配体最后加回大分子上，而高斯opt生成的结构仅仅是用来算RESP的，并不加回到之前的大分子上？
3.我这个HP2配体有两条链，请问是否和一条链的情况做法会很大不一样呢？

以下附件是1CVX的初始文件（1cvx.pdb）以及扒下来的HP2的初始文件(HP2.pdb)，还有UFF优化一大半（还没优化完，但应该是快结束了）的HP2.gjf文件(log文件太大了，就转成了gjf)感谢各位老师的抽空解答。

作者
Author: panernie 时间: 2021-4-12 11:36
假设你从1CVX中提取的配体的目的是获得HP2，以此来研究HP2与目的受体（而不是1CVX）之间的作用关系。那么你只需要对HP2进行优化，计算RESP电荷，然后研究自己的体系即可。那么你提取的配体结构与单独优化配体的结构本来（很大可能）就会存在差异，前者由于受体存在的影响，会诱导配体构象发生自适调节，而后者只是单纯获得配体最优的结构。这与使用优化完的结构去与对接后的构象进行比较是一样道理的，两者没有可比性。

作者
Author: 黄舒伟 时间: 2021-4-12 12:01

panernie 发表于 2021-4-12 11:36
假设你从1CVX中提取的配体的目的是获得HP2，以此来研究HP2与目的受体（而不是1CVX）之间的作用关系。那么你 ...

老师，您好，谢谢老师的回复。
老师您的意思是如果所需要的研究的受体不是1CVX的话（例如是受体M），就直接对HP2进行OPT优化结构，然后计算RESP，最后用优化后的结构（包括此时算出的的RESP电荷）与受体M进行分子对接，然后去研究他们的相互作用关系是吧？
那请问老师如果受体是1CVX呢？也是要opt然后分子对接么？还是说直接计算单点能从而获得RESP电荷呢？

作者
Author: panernie 时间: 2021-4-12 14:31

黄舒伟发表于 2021-4-12 12:01
老师，您好，谢谢老师的回复。
老师您的意思是如果所需要的研究的受体不是1CVX的话（例如是受体M），就 ...

不管是不是1CVX受体都没关系，因为你这个结构是别人实验解析出来的。无论模拟多么精确，也不可能跟解析的完全一致。分子对接不需要计算RESP，分子动力学模拟如果使用amber系列力场，使用RESP电荷作为小分子的电荷精确度是不错的。
具体信息可以看社长的博文
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531

作者
Author: ggdh 时间: 2021-4-12 20:51
本帖最后由 ggdh 于 2021-4-12 20:52 编辑

你的gjf文件有问题，pdb文件有alternate atom location
建议你重新制作正确的gjf文件，另外你的gjf中有两个独立的分子，你要算电荷算一个分子就行

作者
Author: 黄舒伟 时间: 2021-4-12 23:23
谢谢两位老师的耐心回复，也就是对于我的问题，答案是这样的：
1.不能直接算单点能，需要优化配体的结构
2.用高斯跑完后的结构去acpype.py生成配体的拓扑文件，再加回到之前的大分子去相互作用。
3.两条链的情况下，不能一起处理，需要当成两个配体一个一个去处理。
不知道我上面三点的理解是否有问题~~~

作者
Author: panernie 时间: 2021-4-13 09:39

黄舒伟发表于 2021-4-12 23:23
谢谢两位老师的耐心回复，也就是对于我的问题，答案是这样的：
1.不能直接算单点能，需要优化配体的结构
...

没问题，第三个理解不要限制住。如果配体是独立的，都要单独处理。例如酶、辅酶/辅基分子、配体。但要考虑实际情况，进行约束或限制。

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