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标题: 求助：建立3nm的Fe3O4的团簇球，边界如何处理？ [打印本页]

作者
Author: MSer 时间: 2021-4-13 09:26
标题: 求助：建立3nm的Fe3O4的团簇球，边界如何处理？
各位大佬，我是新手，刚接触分子动力学，看了文献想自己建一个3nm的Fe3O4d的团簇球模拟一下，我是用了Material Studio中的nanocluster，然后选择球形+半径，建出模型，可是对于球体的边界不知道应该怎样处理，因为他是被截断的，有的Fe原子只和两个O原子相连，而原晶胞中是与4或6个O相连，请问我应该如何处理？另外将模型导出，再用gromacs处理前对模型需要进行什么处理吗？比如结构优化之类的。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-3 04:00
GROMACS并不太适合跑这种体系，大概率没有合适的参数能用
表面原子的配位数本来就低于体相。先搜搜文献，看有没有人算这种体系，看是否提及对表面的特殊处理
结构优化用不着。

作者
Author: MSer 时间: 2021-5-19 09:28

sobereva 发表于 2021-5-3 04:00
GROMACS并不太适合跑这种体系，大概率没有合适的参数能用
表面原子的配位数本来就低于体相。先搜搜文献， ...

好的，谢谢sob老师。

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