计算化学公社

标题: 如何根据分子量从小分子数据库中快速抽提符合需求的小分子 [打印本页]

作者
Author: 沐雨书生 时间: 2021-4-13 10:28
标题: 如何根据分子量从小分子数据库中快速抽提符合需求的小分子
我想做基于靶标的虚拟筛选，从zinc上下载的天然产物库（约30W小分子），但是分子量过大的分子不易进行合成改造，因此想初步提取出分子量小于400的分子，然后进行虚拟筛选，但是自己能力有限，写的脚本计算一些分子时计算误差很大，请问有没有什么程序可以做这项工作，或者有小程序可以快速计算分子量可供调用？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-13 11:35
先弄说清楚“误差很大”到底是什么导致的，有问题就解决问题就完了。
Multiwfn支持非常丰富的分子结构文件格式，比如xyz、pdb、mol、mol2等等，载入后屏幕上直接就显示分子质量，用grep把输出信息里的质量值提取出来就完了。写个脚本自动化实现非常容易

作者
Author: 沐雨书生 时间: 2021-4-13 12:06

sobereva 发表于 2021-4-13 11:35
先弄说清楚“误差很大”到底是什么导致的，有问题就解决问题就完了。
Multiwfn支持非常丰富的分子结构文件 ...

老师，Multiwfn是不是不支持pdbqt格式，我看其他的格式打开后直接显示，pdbqt没看见显示，我用autodock vina筛选，好像只支持pdbqt对接，用Multiwfn是不是还需要转下格式，提取出后再转回pdbqt

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-13 12:08

沐雨书生发表于 2021-4-13 12:06
老师，Multiwfn是不是不支持pdbqt格式，我看其他的格式打开后直接显示，pdbqt没看见显示，我用autodock v ...

Multiwfn不支持pdbqt，支持什么格式在Multiwfn手册2.5节给出了
openbabel可以把pdbqt转成其它常用格式

作者
Author: 沐雨书生 时间: 2021-4-13 12:10

sobereva 发表于 2021-4-13 12:08
Multiwfn不支持pdbqt，支持什么格式在Multiwfn手册2.5节给出了
openbabel可以把pdbqt转成其它常用格式

恩恩，好的，谢谢老师

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2023-3-15 10:36
请问您最后用Multiwfn是怎么实现的呢？我也需要从数据库中下载的小分子中提取出分子量小于500的进行最终的虚拟筛选。您的脚本方便分享一下吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-15 12:24

jiaxing6821 发表于 2023-3-15 10:36
请问您最后用Multiwfn是怎么实现的呢？我也需要从数据库中下载的小分子中提取出分子量小于500的进行最终的 ...

把此文仔细看了，立马就能写出来
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

作者
Author: jiaxing6821 时间: 2023-3-15 14:31

sobereva 发表于 2023-3-15 12:24
把此文仔细看了，立马就能写出来
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/ ...

好的，谢谢sob大佬！我研究研究

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