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标题: 求助：如何使小分子不在相邻周期性box的水相之间跨越 [打印本页]

作者
Author: byqyb 时间: 2021-4-13 12:00
标题: 求助：如何使小分子不在相邻周期性box的水相之间跨越
sob老师您好：
      我在模拟小分子跨膜，小分子显示放置在一侧的水相，box的z方向有12nm，膜在盒子的中心，我用plumed设置了小分子与膜质心距离的uwall/lwall分别为5.5nm/-5.5nm，以防止小分子跑出box。但是模拟过程中，小分子确实还是跑到了相邻盒子的水相里。

下面是我的参数设置：
   u-lwall.dat:
   Cpopc: COM ATOMS=1-34304
   Cdmp1: COM ATOMS=34375-34380
   d1: DISTANCE ATOMS=Cpopc,Cdmp1 COMPONENTS NOPBC

   UPPER_WALLS ARG=d1.z AT=5.5 KAPPA=150.0 LABEL=uwall
   LOWER_WALLS ARG=d1.z AT=-5.5 KAPPA=150.0 LABEL=uwall
   PRINT ARG=d1.z,uwall.bias,lwall.bias FILE=COLVAR.upper.5.5 STRIDE=1000
   链接里是我的md.mdp:
   (, 下载次数 Times of downloads: 1)

      想请教一下老师，我应该怎样才能防止小分子跑出去？如果将水层再加厚的话是否有用？或者将box边缘0.5nm的水层冻住的话，能做到这一点吗？如果加freezegrps，是不是需要将mdp文件里的constraint设置删掉，这样会影响后续的模拟吗？

作者
Author: byqyb 时间: 2021-4-16 11:44
没有问题了，将加小分子的一侧溶剂层加厚3nm，再加上uwall之后，小分子就没再跑出去了

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