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标题: 使用free-energy功能时，gmx能gpu加速吗 [打印本页]

作者
Author: lybk13 时间: 2021-4-13 23:43
标题: 使用free-energy功能时，gmx能gpu加速吗
本人计算小分子溶解自由能时，使用到了gmx的free-energy功能；根据官方教程六http://www.mdtutorials.com/gmx/，将平时的（integrator=）md模拟改成了sd，并添加了free-energy相关命令；
模拟过程倒是顺利，就是发现，gmx能够正常的调用1个gpu，但是在任务管理器中gpu的使用量是0；（平时md模拟是可以正常调用gpu加速的）
遂上网求助各位老师，使用gmx的free-energy功能是不是不能gpu加速？
贴出一个示例mdp：
define    = -DPOSRES
integrator = sd
nsteps    = 2000000
dt          = 0.002
comm-mode = Linear
nstcomm    = 100

nstxout             = 0
nstvout             = 0
nstfout             = 0
nstxout-compressed    = 1000
compressed-x-precision = 1000
nstlog                = 1000
nstenergy             = 1000
nstcalcenergy       = 100

constraint_algorithm = lincs
constraints          = all-bonds
lincs_iter          = 1
lincs_order          = 4
lincs-warnangle       = 30
continuation          = yes

cutoff-scheme = Verlet
ns-type       = grid
nstlist       = 20
rlist          = 1.2
pbc          = xyz

coulombtype    = PME
rcoulomb       = 1.2
ewald_geometry = 3d
pme-order       = 4
fourierspacing = 0.16
ewald-rtol    = 1e-6

vdw-type             = PME
rvdw                   = 1.2
vdw-modifier          = Potential-Shift
ewald-rtol-lj          = 1e-3
lj-pme-comb-rule       = Geometric
DispCorr             = EnerPres

tc_grps       = System
tau_t          = 0.2
ref_t          = 310
pcoupl          = Parrinello-Rahman
pcoupltype    = isotropic
tau_p          = 2.0
ref_p          = 1.013
compressibility  = 4.5e-05
refcoord-scaling = com

gen_vel    = no
gen_seed    = -1
gen_temp    = 310

free-energy             = yes
couple-moltype          = bla
couple-lambda0          = none
couple-lambda1          = vdw-q
couple-intramol       = no
separate-dhdl-file    = yes
sc-alpha                = 0.5
sc-power                = 1
sc-sigma    = 0.3
init-lambda-state       = 0
coul-lambdas          = 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.00 0.0 0.00 0.00 0.00 0.0 0.2 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1.0
vdw-lambdas             = 0.0 0.2 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.85 0.9 0.95 0.97 0.99 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0
nstdhdl                = 100
calc-lambda-neighbors = -1

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2021-4-14 05:04
用最新的2021的话可以使用一部分当然速度没有不用FE的快

作者
Author: lybk13 时间: 2021-4-14 10:08

wuzhiyi 发表于 2021-4-14 05:04
用最新的2021的话可以使用一部分当然速度没有不用FE的快

也就是说，本人使用的2019.3版本的gmx是不能gpu加速fe的吗

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-4-14 12:53
用2021理论上可以，但是推荐使用其他的engine，跑alchemical method基本都比GMX快。

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