计算化学公社

标题: 使用非周期性条件时nstlist=0的运行错误 [打印本页]

作者
Author: 王采岑 时间: 2021-4-14 10:04
标题: 使用非周期性条件时nstlist=0的运行错误
本帖最后由王采岑于 2021-4-14 10:45 编辑

(, 下载次数 Times of downloads: 38)
对真空下的几个分子做一个能量极小化，用了非周期性，此时nstlist=0，即只生成一次邻居列表。
运行时，出现
Fatal error:
Domain decomposition does not work with nstlist=0

的错误，查了谷歌，其中一个gromacs的作者回复：
(, 下载次数 Times of downloads: 30)
小于8个线程DD就可以不被调用，请问这个线程数如何设置？我平时都是用-ntmpi来设置并行的，但是这个我用6还是会报同样的错。补充，用的是2019单精度版本

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-14 12:43
-ntmpi 1要求不使用thread-MPI并行，就没有域分解的事了

作者
Author: 王采岑 时间: 2021-4-14 14:48

sobereva 发表于 2021-4-14 12:43
-ntmpi 1要求不使用thread-MPI并行，就没有域分解的事了

谢谢社长，已经可以算了，对这些东西还没有很清楚，要学习的还很多。再次感谢sob老师

作者
Author: 牧生 时间: 2021-7-9 21:38
本帖最后由牧生于 2021-7-10 10:38 编辑

请教一下社长，我在做一个非周期水溶液盒子的模拟过程中，使用了课上的em_nopbc.mdp文件进行能量最小化，以后再进行npt_nopbc.mdp，得到这样的提示

Reading file npt.tpr, VERSION 2019.6 (single precision)
NOTE: GPU(s) found, but the current simulation can not use GPUs
To use a GPU, set the mdp option: cutoff-scheme = Verlet
Using 1 MPI thread

NOTE: This file uses the deprecated 'group' cutoff_scheme. This will be
removed in a future release when 'verlet' supports all interaction forms.

而且在手册里面有提到 In particular, GPU acceleration is available only with the Verlet scheme.

以现在的计算水平，跑一万原子的非周期性盒子，不能用GPU加速，只能用CPU慢慢的跑，简直就是火箭和拖拉机的速度。

NOTE中也提到了，当verlet支持所有interaction forms以后，就会移除group截断方式。

那么，需要请教的第一个问题：意思就是，在将来，非周期性盒子，截断方式也选用verlet，那么也就能用GPU加速了？？

再者，参考这个帖子里面的内容
http://bbs.keinsci.com/thread-20521-1-1.html
sob有提到 ”要么用PBC模拟，设足够大的真空区“

需要请教的第二个问题：如果我在建立好的水溶液盒子周围再加足够长宽的真空层，然后以这个盒子以nvt方式进行模拟，是不是就可以用周期性，也就可以用verlet，用GPU加速？而且模拟的结果应该与上一个非周期性模拟的结果没有明显差异？

今天发现第三个问题，我使用了一个水溶液长方体盒子，外部加了真空层，跑nvt，结束后变成了球形。那有没有办法，使得长方体盒子在真空中nvt，结果仍然保持长方体啊。
如果我在xy方向是非周期性，在z方向是周期性，这样该怎么设置mdp里面的参数啊

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