计算化学公社

标题: 伞形抽样输出文件中每列代表什么含义？ [打印本页]

作者
Author: fygfjhj 时间: 2021-4-14 21:50
标题: 伞形抽样输出文件中每列代表什么含义？
我用amber18跑了一段伞形抽样，反应坐标是一个原子和一个质心之间的距离，得到的输出文件里，x,y,z那三列好像不是坐标，我的轨迹文件里没有这么小的坐标，我是沿着y方向拉的，请问这里每一列代表什么含义？我刚开始做，很多不懂，也没有查到，求帮忙解答，感激不尽~

控制拉力的输入文件如下：
Harmonic restraints for 3A
&rst
  iat=715,-1,
  r1= 1.0, r2= 3.0, r3= 3.0, r4= 5.0, rk2=100, rk3=100,
  iresid=0, fxyz=0,1,0, outxyz=1,
  igr2=246,115,470,699
&end

部分输出文件如下：
   0    x: -3.423 y: -2.979 z:    1.739       4.860
   50    x: -3.324 y: -3.062 z:    1.750       4.846
   100 x: -3.465 y: -3.034 z:    1.786       4.940
   150 x: -3.476 y: -3.033 z:    1.758       4.937
   200 x: -3.354 y: -3.133 z:    1.685       4.889
   250 x: -3.170 y: -3.006 z:    1.773       4.715

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)