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标题: 安装gromacsGPU加速版出现问题 [打印本页]

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Author: 退休老干部 时间: 2021-4-14 21:51
标题: 安装gromacsGPU加速版出现问题
本帖最后由退休老干部于 2021-4-14 21:52 编辑

安装gromacs GPU版本make的时候开始报错：
[ 12%] Building NVCC (Device) object src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/nbnxm/cuda/libgromacs_generated_nbnxm_cuda_kernel_F_prune.cu.o
In file included from /data/home/fxia/soft/gcc-5.3.0/include/c++/5.3.0/type_traits:35:0,
               from /data/home/fxia/soft/gromacs-20.5/src/gromacs/math/vectypes.h:43,
               from /data/home/fxia/soft/gromacs-20.5/src/gromacs/math/gmxcomplex.h:42,
               from /data/home/fxia/soft/gromacs-20.5/src/gromacs/fft/fft.h:57,
               from /data/home/fxia/soft/gromacs-20.5/src/gromacs/ewald/pme_gpu_internal.h:49,
               from /data/home/fxia/soft/gromacs-20.5/src/gromacs/ewald/pme_gpu_internal.cpp:50:
/data/home/fxia/soft/gcc-5.3.0/include/c++/5.3.0/bits/c++0x_warning.h:32:2: error: #error This file requires compiler and library support for the ISO C++ 2011 standard. This support is currently experimental, and must be enabled with the -std=c++11 or -std=gnu++11 compiler options.
ake[2]: *** [src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/mdlib/tests/libgromacs_generated_settletestrunners.cu.o] Error 1
make[2]: *** [src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/mdlib/libgromacs_generated_settle_cuda.cu.o] Error 1
/data/home/fxia/soft/gromacs-20.5/src/gromacs/ewald/pme_gpu_program.h(62): error: qualified name is not allowed

/data/home/fxia/soft/gromacs-20.5/src/gromacs/ewald/pme_gpu_program.h(62): error: this declaration has no storage class or type specifier

/data/home/fxia/soft/gromacs-20.5/src/gromacs/ewald/pme_gpu_program.h(62): error: expected a ";"

/data/home/fxia/soft/gromacs-20.5/src/gromacs/ewald/pme_gpu_program.h(67): error: identifier "PmeGpuProgramStorage" is undefined

/data/home/fxia/soft/gromacs-20.5/src/gromacs/ewald/pme_gpu_program.h(67): error: expected a ";"

/data/home/fxia/soft/gromacs-20.5/src/gromacs/ewald/pme_gpu_program.h(72): error: identifier "PmeGpuProgramHandle" is undefined…………
——————————————————————————————————————————————————————————
用的gcc版本是5.3.0（学校集群，非root用户，自己手动装的），cuda版本10.2,（试了9.0也是这个问题）编译的gromacs版本20.5。（旧的版本没有我要的功能）
之前google过，说是CMakelists.txt的问题，根据别人说的方法改了一下，比如set "$CXXFLAGS -std=C++11"好像都没怎么解决问题，毕竟还有别的错，所以请问各位大佬，这是由什么问题造成的？cuda版本和gcc版本不匹配？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-15 06:47
装个较新的gcc，什么问题就都没了

作者
Author: 退休老干部 时间: 2021-4-15 08:04

sobereva 发表于 2021-4-15 06:47
装个较新的gcc，什么问题就都没了

装了8.1.0，10.2.0，都是一样的问题

作者
Author: adong 时间: 2021-4-15 09:48

sobereva 发表于 2021-4-15 06:47
装个较新的gcc，什么问题就都没了

老师，我用gcc9.3，cuda10.1提示不支持later than 8的gcc

作者
Author: 落伦丹的秋天 时间: 2021-4-15 10:56
本帖最后由落伦丹的秋天于 2021-4-15 11:08 编辑

请教下楼主，安装gromacs的时候cmake提示gcc版本太低，我也安装了新的gcc 7 ，可还是提示用的是旧版本，请问在哪个文件里更改gcc编译器的路径？我和你一样也是没有root权限，只能自己在自己用户名下装了个新版的gcc

查到了，通过
-DCMAKE_CXX_COMPILER= 和 -DCMAKE_C_COMPILER= 更改设置

作者
Author: abin 时间: 2021-4-15 10:59

落伦丹的秋天发表于 2021-4-15 10:56
请教下楼主，安装gromacs的时候cmake提示gcc版本太低，我也安装了新的gcc 7 ，可还是提示用的是旧版本，请 ...

GCC9源码编译
https://www.bilibili.com/video/BV1HJ411H7Ca
视频中的技术方案，适用于绕开root授权，给自己安装软件的场景。

看懂这个，就可以畅通无阻了。

作者
Author: 落伦丹的秋天 时间: 2021-4-15 11:19

abin 发表于 2021-4-15 10:59
GCC9源码编译
https://www.bilibili.com/video/BV1HJ411H7Ca
视频中的技术方案，适用于绕开root授权， ...

多谢

作者
Author: 退休老干部 时间: 2021-4-15 13:02

sobereva 发表于 2021-4-15 06:47
装个较新的gcc，什么问题就都没了

又重新装了6.5.0版本的gcc，终于编译成功了，谢谢大佬！

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