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标题: 如何在高斯中输入考虑相对论效应的全电子基组 [打印本页]

作者
Author: 虎王 时间: 2015-11-28 18:37
标题: 如何在高斯中输入考虑相对论效应的全电子基组
在进行AIM分析时，用全电子基组能提高结果准确性。Au，Ag，I等重原子在用全电子基组时需要考虑相对论效应。请问在Gaussian 09的输入文件中如何输入这样的基组或者给6-31G**之类的基组加相对论效应？谢谢！

作者
Author: beefly 时间: 2015-11-28 18:44
int=dkh2

基组必须是全电子的，并且也需要做dkh收缩，或者非收缩

作者
Author: 虎王 时间: 2015-11-28 19:39

beefly 发表于 2015-11-28 18:44
int=dkh2

基组必须是全电子的，并且也需要做dkh收缩，或者非收缩

那请问“并且也需要做dkh收缩，或者非收缩”如何实现？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-28 19:56

虎王发表于 2015-11-28 19:39
那请问“并且也需要做dkh收缩，或者非收缩”如何实现？谢谢！

有哪些适合全电子相对论计算的基组这里有简介
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156

另外，用int=UnconAOBasis可以对当前用的基组完全去收缩，当然这比起用专门给相对论计算优化收缩方式的基组计算量高得多，不划算。

作者
Author: 虎王 时间: 2015-11-28 20:33

sobereva 发表于 2015-11-28 19:56
有哪些适合全电子相对论计算的基组这里有简介
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/ ...

针对含AuAgCSNH的配合物，以及含CuICHS的配合物，您认为Sapporo全电子相对论基组和Hirao等人在JCP,115,4463(2001)提出了专供DKH3相对论计算的基组那个更合适？也就是在准确度较高的前提下计算量不至于太大。
主要针对AIM分析以及RDG分析。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-29 08:02
标题: 高斯

虎王发表于 2015-11-28 20:33
针对含AuAgCSNH的配合物，以及含CuICHS的配合物，您认为Sapporo全电子相对论基组和Hirao等人在JCP,115,44 ...

RDG其实用小核赝势就足够了，因为考虑的都是价层区域电子
AIM如果只是分析和密度有关的性质，用wfx文件也够了
非要用全电子基组的话，Sapporo网站直接给出高斯的格式，比较方便一些。高斯内置的基组可以用UGBS。另外用ANO-RCC也行但就是太耗时。

作者
Author: 虎王 时间: 2015-11-29 11:50

sobereva 发表于 2015-11-29 08:02
RDG其实用小核赝势就足够了，因为考虑的都是价层区域电子
AIM如果只是分析和密度有关的性质，用wfx文 ...

UGBS比较费时。那还是用Sapporo的基组。
wfx要Gaussian 09 B以上版本但我们只买了A版。
之前yongLanl2dz对Cu，6-31G**对CNHBr时，Cu-Cu作用的BCP处势能密度绝对值除以动能密度的商介于1到2之间，而全用6-31G**时这个数值小于1，说明是完全闭壳层的作用。既然赝势基组和全电子基组在判断作用力类型上会有这么大的不同，我觉得还是用全电子基组计算AIM会比较好。

作者
Author: 虎王 时间: 2015-11-29 11:52

sobereva 发表于 2015-11-29 08:02
RDG其实用小核赝势就足够了，因为考虑的都是价层区域电子
AIM如果只是分析和密度有关的性质，用wfx文 ...

产生供RDG分析的波函数文件时命令行要加density，而AIM的则不加。也就是这两种任务得到的波函数文件不能混用？我都是分开算，分别得到wfn文件的。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-29 12:40
标题: ，

虎王发表于 2015-11-29 11:52
产生供RDG分析的波函数文件时命令行要加density，而AIM的则不加。也就是这两种任务得到的波函数文件不能 ...

DFT计算加不加density结果都一样，所以不需要加。

作者
Author: 虎王 时间: 2015-11-29 16:41

sobereva 发表于 2015-11-29 12:40
DFT计算加不加density结果都一样，所以不需要加。

在Sapporo网站上给AuAgHCNS都选了“Sapporo-DKH3--DZP-2012”基组且+diffuse里都选了“sp”，请问在高斯的输入文件里是否在命令行写gen（还是应该写genecp？但是没赝势），然后
在原子坐标后空一行写：

Au 0

S 9 1.0000000

28603171.3418030 0.0012042

4371023.7984143 0.0041038

860728.8778373 0.0110703

200980.4257296 0.0273611

53304.4809203 0.0645517

15697.3076031 0.1453809

4986.1075596 0.2950234

1736.0096424 0.4155672

641.1702125 0.2519834

S 4 1.0000000

7243.6678307 -0.0152475

1768.3864779 -0.0740873

244.2911525 0.4953381

102.3413405 0.5700921

S 3 1.0000000

176.2404813 -0.2571264

31.2897496 0.8758206

14.1839421 0.2687557

S 3 1.0000000

30.6922301 -0.3617276

7.4326793 0.8716414

3.6729167 0.3488247

S 2 1.0000000

6.2673320 -0.4783210

1.4323050 1.2659741

S 1 1.0000000

0.5860230 1.0000000

S 1 1.0000000

0.1901180 1.0000000

S 1 1.0000000

0.0534940 1.0000000

S 1 1.0000000

0.0178313 1.0000000

P 8 1.0000000

452906.4103786 0.0005439

66087.8751562 0.0023882

14775.8705672 0.0095269

4256.4712704 0.0358857

1458.2960999 0.1193823

566.0259497 0.2952582

236.3286888 0.4595389

99.9736469 0.2711694

P 4 1.0000000

459.1821979 -0.0173165

72.4176606 0.2943442

35.9202452 0.5322784

17.4576287 0.2483159

P 3 1.0000000

12.4452354 0.4072373

6.2450013 0.5105948

3.0422861 0.1450548

P 1 1.0000000

1.9505910 1.0000000

P 1 1.0000000

0.7940860 1.0000000

P 1 1.0000000

0.2144480 1.0000000

P 1 1.0000000

0.0714827 1.0000000

D 7 1.0000000

4520.3347283 0.0013109

1213.7543668 0.0103500

440.6206745 0.0524555

184.9762775 0.1770294

84.2119082 0.3701034

39.5942514 0.4279928

18.0950460 0.1733483

D 4 1.0000000

29.3468008 0.1191748

13.3492167 0.4169034

6.2652907 0.4508066

2.8456199 0.1629157

D 1 1.0000000

2.1596080 1.0000000

D 1 1.0000000

0.7803730 1.0000000

D 1 1.0000000

0.2483580 1.0000000

F 7 1.0000000

300.5980898 0.0053447

101.5668166 0.0397814

41.6490915 0.1480744

18.5673506 0.3195683

8.3710609 0.4122732

3.6653478 0.3107943

1.4305246 0.1036002

F 3 1.0000000

2.5297220 0.1891951

1.0439160 0.5940104

0.3800790 0.4033903

****

Ag 0  S 8    1.0000000 5590906.2671260    0.0007800 588195.7943600    0.0031960    98084.7724320    0.0108170    21376.0642150    0.0342480    5641.8156750    0.1032550    1733.0094280    0.2625691    595.2519210    0.4532611    214.1878160    0.3029631  S 4    1.0000000    1427.6340840 -0.0217090    408.5527330 -0.1054110       64.7144240    0.5494641       27.2023570    0.5336621  S 3    1.0000000       45.6380100 -0.2579821       8.0305370    0.8204432       3.6895970    0.3231011  S 2    1.0000000       6.6920090 -0.4876688       1.4505310    1.2585434  S 1    1.0000000       0.6098420    1.0000000  S 1    1.0000000       0.1164080    1.0000000  S 1    1.0000000       0.0402440    1.0000000  S 1    1.0000000       0.0134147    1.0000000  P 7    1.0000000    25508.9000890    0.0009360    4479.5072490    0.0059680    1215.2654210    0.0306230    413.0039800    0.1194839    160.4850640    0.3109548       66.7140560    0.4677347       27.8230440    0.2479458  P 4    1.0000000    122.3165070 -0.0193440       19.0600100    0.3032768       8.7760500    0.5526326       3.9825430    0.2298298  P 2    1.0000000       2.3122850    0.4970258       0.9940150    0.5553148  P 1    1.0000000       0.3986420    1.0000000  P 2    1.0000000       0.3488110    0.5523286       0.1130010    0.5369615  P 1    1.0000000       0.0457767    1.0000000  D 7    1.0000000    831.4526230    0.0020420    239.5634620    0.0170530       89.9546920    0.0790961       38.0701370    0.2289582       17.0189710    0.3994463       7.6766180    0.3885423       3.2932490    0.1262851  D 4    1.0000000       4.9891950    0.1299619       2.0321680    0.4068158       0.8349390    0.4586948       0.3269670    0.2121099  D 1    1.0000000       0.5738090    1.0000000  D 2    1.0000000       0.3523770    0.5429237       0.1250360    0.5621627  F 2    1.0000000       1.9931810    0.6050063       0.5803260    0.5707923****H 0  S 3 1.0000000       13.0107003    0.0334855       1.9622571    0.2347219       0.4445380    0.8137703  S 1    1.0000000       0.1219496    1.0000000  S 1    1.0000000       0.0406499    1.0000000  P 3    1.0000000       2.8606730    0.1288560       0.8881900    0.6197488       0.3037760    0.3731129  P 1    1.0000000       0.1390997    1.0000000****C 0  S 5    1.0000000    2804.4309400    0.0027210    421.2028430    0.0207590       95.8101610    0.1010630       26.9201910    0.3347060       8.5644360    0.6469130  S 2    1.0000000       5.1471340 -0.1572440       0.4760360    1.0550390  S 1    1.0000000       2.8735280    1.0000000  S 1    1.0000000       0.1497890    1.0000000  S 1    1.0000000       0.0499297    1.0000000  P 1    1.0000000       12.0814000    1.0000000  P 3    1.0000000       9.4396810    0.0569390       2.0004050    0.3133260       0.5449160    0.7603550  P 1    1.0000000       0.1514610    1.0000000  P 1    1.0000000       0.0504870    1.0000000  D 2    1.0000000       1.2514630    0.3572049       0.3377940    0.7736517****N 0
  S 5    1.0000000    3849.6414480    0.0027050    578.1703240    0.0206500    131.5181170    0.1007250       36.9793130    0.3350780       11.8003240    0.6465200  S 2    1.0000000       7.4405710 -0.1558240       0.6860190    1.0545010  S 1    1.0000000       3.9716430    1.0000000  S 1    1.0000000       0.2120870    1.0000000  S 1    1.0000000       0.0706957    1.0000000  P 1    1.0000000       16.7915370    1.0000000  P 3    1.0000000       13.5438020    0.0588850       2.9154560    0.3205350       0.7963920    0.7530590  P 1    1.0000000       0.2182450    1.0000000  P 1    1.0000000       0.0727483    1.0000000  D 2    1.0000000       1.8733840    0.3533060       0.4939230    0.7800500****S 0
  S 6    1.0000000    21839.6967750    0.0018650    3279.5798330    0.0142710    746.1274540    0.0703720    210.4040440    0.2408500       68.0310600    0.4764000       23.2065680 0.3417630  S 2    1.0000000       45.6293600 -0.1750930       4.9186440    1.0676940  S 2    1.0000000       2.7421110 -0.2995160       0.3857810    1.1271080  S 1    1.0000000       1.8713790    1.0000000  S 1    1.0000000       0.1403620    1.0000000  S 1    1.0000000       0.0467873    1.0000000  P 4    1.0000000    431.2070410    0.0086840    101.6921040    0.0668630       32.1663110    0.2888380       11.6741140    0.7366130  P 2    1.0000000       4.4564850    0.7042750       1.6973680    0.3551430  P 2    1.0000000       0.7968510    0.3642250       0.2903090    0.7009380  P 1    1.0000000       0.1018070    1.0000000  P 1    1.0000000       0.0339357    1.0000000  D 2    1.0000000       12.7556160    0.5122260       4.1535940    0.6075400  D 3    1.0000000       4.9129810    0.0370200       0.8163290    0.4803770       0.2719720    0.6258450****

作者
Author: 虎王 时间: 2015-11-29 16:42
哦哦，乱了。总之就是把复制来的基组信息直接一个接一个的写下来，中间不留空行，可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-29 17:10

虎王发表于 2015-11-29 16:42
哦哦，乱了。总之就是把复制来的基组信息直接一个接一个的写下来，中间不留空行，可以吗？

可以。
就用gen

作者
Author: 虎王 时间: 2015-11-29 22:48

sobereva 发表于 2015-11-29 17:10
可以。
就用gen

对于前三周期主族元素，sapporo-DKH3-DZ-2012与6-31G**的精度相比，谁更优异?

作者
Author: 虎王 时间: 2015-11-29 23:36
在Sapporo网站上，找不到对CNSH的DKH3的基组，所以对前三周期元素而言，是否考虑相对论效应其实影响不大？？
另外，通过以下命令行得到的wfn文件，可以分别进行AIM和RDG分析是吧？
#p PBE1PBE/gen maxdisk=20GB out=wfn

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-29 23:56

虎王发表于 2015-11-29 23:36
在Sapporo网站上，找不到对CNSH的DKH3的基组，所以对前三周期元素而言，是否考虑相对论效应其实影响不大？ ...

既然做相对论计算，当然不能用6-31G**
前三周期用cc-pVnZ-DK是最合适的。此基组没有的你再用Sapporo（或者UGBS等）
应该写#p PBE1PBE/gen int=dkh2 out=wfn

作者
Author: 虎王 时间: 2015-12-5 21:39

sobereva 发表于 2015-11-29 23:56
既然做相对论计算，当然不能用6-31G**
前三周期用cc-pVnZ-DK是最合适的。此基组没有的你再用Sapporo（ ...

Sapporo网站的基组，即使不带“DK”的，只要计算时命令行有int=DKH2，也能考虑相对论效应吧？只是计算速度很慢。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-6 01:38

虎王发表于 2015-12-5 21:39
Sapporo网站的基组，即使不带“DK”的，只要计算时命令行有int=DKH2，也能考虑相对论效应吧？只是计算速 ...

应当用带DK的，这是专门给DKH计算优化的。用那些没有专门给DKH计算优化的基组，即便带着int=DKH2结果也不理想。

作者
Author: 虎王 时间: 2015-12-6 20:16

sobereva 发表于 2015-12-6 01:38
应当用带DK的，这是专门给DKH计算优化的。用那些没有专门给DKH计算优化的基组，即便带着int=DKH2结果也不 ...

但是Sapporo网站上有些元素没有带DK的基组。所以就去别的网站找吧？不过cc-pVnZ-DK可以在哪里找到呢？在Sapporo和https://bse.pnl.gov/bse/portal上都找不到针对CNSH的cc-pVnZ-DK基组。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-6 23:03

虎王发表于 2015-12-6 20:16
但是Sapporo网站上有些元素没有带DK的基组。所以就去别的网站找吧？不过cc-pVnZ-DK可以在哪里找到呢？在S ...

n是代表D、T、Q、5
诸如cc-pVDZ-DK，对你说的元素是有定义的

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Author: 虎王 时间: 2015-12-6 23:45

sobereva 发表于 2015-12-6 23:03
n是代表D、T、Q、5
诸如cc-pVDZ-DK，对你说的元素是有定义的

好的。找到了。抱歉。在下在某些问题上，还是太懒于思考！前辈见谅。

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