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标题: 水盒子模型在NVE系综下能量严重不守恒求助 [打印本页]

作者
Author: 小桃UpUp 时间: 2021-4-15 11:01
标题: 水盒子模型在NVE系综下能量严重不守恒求助

本人构建了由2340个OPC3水分子的水盒子，前期已经进行了能量最小化，以及303.15K下为期1ns的NPT平衡相，体系应已充分平衡。现欲在此基础上施加电场，进行不控温不控压的NVE模拟，观察施加电场对于体系温度升高的影响。

首先进行了未施加电场的NVE模拟10ns，发现体系温度不断下降（从原本设置的303K左右下降至273K左右），体系总能量也不断下降，能量严重不守恒，不知是否是我设置的mdp文件有问题，具体如下：

define =

integrator = md

dt = 0.001

nsteps = 10000000 ;10ns

comm-grps = system

energygrps =

nstxout = 5000

nstvout = 5000

nstfout = 5000

nstlog = 5000

nstenergy = 5000

nstxout-compressed = 5000

compressed-x-grps = system

pbc = xyz

cutoff-scheme = Verlet

coulombtype = PME

rcoulomb = 1.4

vdwtype = cut-off

rvdw = 1.4

DispCorr = EnerPres

gen_vel = no

gen_temp = 303.15

gen_seed = -1

freezegrps =

freezedim =

constraints = hbonds

lincs-iter = 2

此外，在grompp生成前处理文件时，曾出现这样的提示 “You are using aVerlet buffer tolerance of 0.005 kJ/mol/ps for an NVE simulation of length10000 ps, which can give a final drift of 977%. For conserving energy to 1%when using constraints, you might need to set verlet-buffer-tolerance to5.1e-06.”，将“verlet-buffer-tolerance = 5.1e-06”补充到mdp文件中进行模拟，发现温度下降更显著，能量更不守恒。

恳请各位老师帮忙，谢谢大家~

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-4-15 14:51
用double precision

作者
Author: 小桃UpUp 时间: 2021-4-15 15:26

k64_cc 发表于 2021-4-15 14:51
用double precision

好的我去试一试，谢谢老师~

作者
Author: Eva_Winter 时间: 2021-8-11 09:22
您好，我想请问下用双精度之后这个问题解决了吗？

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