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标题: gromacs怎么进行溶液的拉伸动力学模拟？ [打印本页]

作者
Author: atomhong 时间: 2021-4-15 22:28
标题: gromacs怎么进行溶液的拉伸动力学模拟？
想做一个液膜的拉伸动力学模拟，但是跑的过程分子一直散开，想问问有人做过类似的吗，mdp文件是怎么写的，能不能分享一下？ (, 下载次数 Times of downloads: 40) (, 下载次数 Times of downloads: 40)
这两一个跑之前的，一个跑之后的，水分子都散开了，下面的是别人文献中的图，不知道有什么方法？
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作者
Author: IamHK 时间: 2021-4-16 11:19
是不是拉动速率太快了，你先把你的mdp文件贴出来看一看

作者
Author: atomhong 时间: 2021-4-16 15:53
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mdp是这样的，我试过type=constant的 rate=0.005 k=500,也会跑散掉

作者
Author: atomhong 时间: 2021-4-16 15:55

IamHK 发表于 2021-4-16 11:19
是不是拉动速率太快了，你先把你的mdp文件贴出来看一看

你做过类似的吗，求教一下你是怎么设置mdp文件和编写拉伸组的

作者
Author: IamHK 时间: 2021-4-16 17:19

atomhong 发表于 2021-4-16 15:55
你做过类似的吗，求教一下你是怎么设置mdp文件和编写拉伸组的

你这是恒力牵引，可以试着使用恒速牵引，将constant-force改为 umbrella，然后设置一个小的牵引速度0.001
pull-coord1-rate=0.001

作者
Author: IamHK 时间: 2021-4-16 17:29
为什么要限制定义组在X和Y两个方向上的运动

作者
Author: atomhong 时间: 2021-4-25 17:39

IamHK 发表于 2021-4-16 17:29
为什么要限制定义组在X和Y两个方向上的运动

设置冻结是想让拉的那个组只在拉伸的方向移动，不知道这样设置针对我这个模拟是不是合不合理。然后我之后试了一下，现在不会散掉了，现在我想要统计拉伸过程的平均力势能，看教程里的好像很复杂，需要每一小段时间就选取结构文件，不知道你有什么好一点的方法吗？谢谢~

作者
Author: 努力学习 时间: 2022-1-7 15:06
同学，我最近也在根据你贴出的文献进行拉伸分子动力学模拟，请问你的问题解决了吗，我想请教下拉伸的mdp文件只是在npt的mdp文件的基础上加上pull部分吗

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