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标题: 求助：查到的COMPASS中金属的LJ参数可以用到CHARMM之类的力场中吗？ [打印本页]

作者
Author: MSer 时间: 2021-4-16 20:21
标题: 求助：查到的COMPASS中金属的LJ参数可以用到CHARMM之类的力场中吗？
各位老师：
   您好！我有几个问题不懂，希望向您请教一下。
   1、请问我在文献中找到的COMPASS中金属的LJ参数，可以直接用到CHARMM27或者AMBER等力场中吗？
   2、如果需要拟合，又需要如何做呢？（实在是新手，没有思路，希望得到您的指点）
   2、文献中未给出该金属氧化物的键长、键角信息，在其与蛋白质的作用模拟中需要用到这些离子键的参数吗？我又应该如何获取？
   3、同一键长、键角信息在不同的力场中数据是有差异的吗？比如在COMPASS中是一个数，在AMBER中应该用另一个数？

   感谢您的阅读、回复！

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-4-16 21:43
1.COMPASS中用的应该不是12-6的LJ函数形式，所以不能用到AMBER或CHARMM中
2.金属氧化物可以看看INTERFACEFF或者CLAYFF中有没有，LJ参数参考一下里面的应该没问题
3.没看明白你的意思，如果是指平衡键长/键角是会有差异的，

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-21 16:01
GROMACS里可以用列表势，原理上任何形式的势都可以在gmx里用，但需要额外提供各个作用距离处作用势的文件

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