计算化学公社

标题: 求助MD结果中，利用g_hbond计算出的分叉的氢键该如何解释？ [打印本页]

作者
Author: HZW 时间: 2021-4-22 10:27
标题: 求助MD结果中，利用g_hbond计算出的分叉的氢键该如何解释？
请问一下我在利用Gromacs（力场：Amber-Parmbsc1）模拟G-quadruplex的过程中出现了分叉的氢键，这种分叉的氢键如何解释如下图所示：正常的一个G-quatet的四个guanine之间是形成8个氢键，而模拟过程中出现了如图所示分叉的氢键（爱心标记的部分）。 (, 下载次数 Times of downloads: 40) (, 下载次数 Times of downloads: 39)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-23 13:53
这也没什么必然的异常，那个N-H同时形成两个氢键可能在能量上更稳定
也可以考虑尝试其它力场，或者考虑加入图示中中间的M+离子

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-4-23 13:57
分叉氢键被报道过好多年了，没什么可解释的。

作者
Author: HZW 时间: 2021-4-23 15:22

k64_cc 发表于 2021-4-23 13:57
分叉氢键被报道过好多年了，没什么可解释的。

我知道分叉氢键被报道了好几年了。关键要如何解释这个现象。

作者
Author: HZW 时间: 2021-4-23 15:29

sobereva 发表于 2021-4-23 13:53
这也没什么必然的异常，那个N-H同时形成两个氢键可能在能量上更稳定
也可以考虑尝试其它力场，或者考虑加 ...

卢老师，我在文章里边对于分叉的氢键不用过多的去解释，审稿人应该不会去深究吧。可以直接这样解释吗：由于没有M+离子的稳定，四个O6原子的强烈排斥导致氢键的断裂以及O6原子较容易形成分叉氢键。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-23 16:12

HZW 发表于 2021-4-23 15:29
卢老师，我在文章里边对于分叉的氢键不用过多的去解释，审稿人应该不会去深究吧。可以直接这样解释吗：由 ...

跟排斥没什么关系
从基本化学直觉上就能看出来，形成俩分叉可能令总氢键作用更强，自然这是自发的

作者
Author: HZW 时间: 2021-4-23 16:52

sobereva 发表于 2021-4-23 16:12
跟排斥没什么关系
从基本化学直觉上就能看出来，形成俩分叉可能令总氢键作用更强，自然这是自发的

好的谢谢卢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)