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标题: gromacs 添加离子时报错 [打印本页]

作者
Author: MrWang 时间: 2021-4-22 16:17
标题: gromacs 添加离子时报错
在用gromacs做分子动力学模拟，当运行[size=8.9664pt]gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr时出现如下报错fatal error:A non-integer value(4.60200) was supplied for 'multiplicity' in proper Dih,麻烦问一下怎么解决呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2021-4-22 16:56
gmx genion -s 1.tpr -p 2.top -o 3.gro -pname NA -np 10 -nname CL -nn 10

以上命令的解释，以2.top为基准，向1.tpr中，加入阳离子NA 10个，阴离子Cl 10个，得到3.gro

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-4-22 20:39
报错里指出的是二面角参数有问题，应该去检查一下你的itp文件

作者
Author: MrWang 时间: 2021-4-23 09:24

牧生发表于 2021-4-22 16:56
gmx genion -s 1.tpr -p 2.top -o 3.gro -pname NA -np 10 -nname CL -nn 10

以上命令的解释，以2.top为 ...

但是现在第一步的.tpr文件生成不出来

作者
Author: 牧生 时间: 2021-4-23 09:33
本帖最后由牧生于 2021-4-23 09:39 编辑

我常用的步骤

gmx editconf -f A.gro -bt cubic -box 10 -o B.gro -d 1.2          将1个A.gro放入边长为10的盒子，得到B.gro

gmx insert-molecules -f B.gro -ci A.gro -nmol 9 -o C.gro 再将9个A.gro放入B.gro的盒子中，得到C.gro

gmx solvate -cp C.gro -cs spc216.gro -p A.top -o D.gro 向C.gro中加入水，得到D.gro  （其中以A.top为准，自己手动修改top文件里面A的个数）

gmx grompp -f em.mdp -c D.gro -p A.top -o A.tpr    将 D.gro能量最小化，得到A.tpr

gmx mdrun -deffnm A.tpr -v  对A.tpr 执行一次能量最小化

gmx genion -s A.tpr -p A.top -o E.gro -pname NA -np 10 -nname CL -nn 10 向A.tpr 中加入10个NA和10个CL，得到E.gro

gmx grompp -f em.mdp -c E.gro -p A.top -o B.tpr    将 E.gro能量最小化，得到B.tpr

gmx mdrun -deffnm B.tpr -v  对B.tpr 执行一次能量最小化

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-23 12:52
当前问题跟加离子毫无直接关系
仔细检查拓扑文件，应当是定义dihedral参数的时候格式没写对，导致把4.60200当成了multiplicity来读了

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