计算化学公社

标题: 求助：如何使用vmd查看小分子与蛋白的盐桥占有率？ [打印本页]

作者
Author: ErikZhang 时间: 2021-4-24 09:16
标题: 求助：如何使用vmd查看小分子与蛋白的盐桥占有率？
最近用gromacs做了小分子和蛋白的md，想监测一下盐桥，
之前使用了gmx saltbr ，输出文件太多，内存占用大，很不好用
想使用VMD监测，但是使用Extensions - Analysis - Salt Bridges 只得到了氨基酸与氨基酸之间的盐桥
想请教各位老师如何检测小分子和氨基酸之间的盐桥？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-24 11:13
这个插件只能用于氨基酸之间的
小分子和氨基酸之间的需要自己写VMD tcl脚本统计

作者
Author: xking 时间: 2021-5-19 14:04
请问一下VMD中分析盐桥的界面该怎么设定啊

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-20 17:58

xking 发表于 2021-5-19 14:04
请问一下VMD中分析盐桥的界面该怎么设定啊

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作者
Author: xking 时间: 2021-5-22 23:07

sobereva 发表于 2021-5-20 17:58

多谢sob老师

作者
Author: luyu 时间: 2023-7-20 11:34
你好，请问你知道怎么用VMD计算小分子和蛋白的盐桥键了吗

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