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标题: 关于跑MD步骤的问题 [打印本页]

作者
Author: 退休老干部 时间: 2021-4-24 10:45
标题: 关于跑MD步骤的问题
我看gromacs教程的一般流程都是：能量最小化，NVT控温，NPT控压，最后进行一个比较长的恒温恒压的成品模拟，我就很疑惑，既然最后都进行比较长的成品模拟了，为啥么还要之前的步骤？或者这么问，既然已经有了之前的控温控压步骤了，那为什么还要成品模拟？不多余吗?

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-24 11:07
你提到的单独的“NVT控温”，“NPT控压”这两步通常都是多余的。能量极小化完了直接跑NPT的动力学就行。之前论坛里我回复过不止一次
一般平衡体系的动力学只需要三个过程：
能量极小化
预平衡，或者叫平衡相（equilibrium）。用NPT系综
产生相（production）。用NPT系综

预平衡和产生相放到一起作为一个动力学模拟也可以。但由于通常平衡相用berendsen压浴而产生相用PR压浴，所以通常分开做。

网上很多教程都是错误或不十分合理的，不要盲目效仿。

作者
Author: 退休老干部 时间: 2021-4-24 18:43

sobereva 发表于 2021-4-24 11:07
你提到的单独的“NVT控温”，“NPT控压”这两步通常都是多余的。能量极小化完了直接跑NPT的动力学就行。之 ...

好的，我了解了，谢谢大佬！

作者
Author: wanzongliang 时间: 2024-4-22 09:53

sobereva 发表于 2021-4-24 11:07
你提到的单独的“NVT控温”，“NPT控压”这两步通常都是多余的。能量极小化完了直接跑NPT的动力学就行。之 ...

我想请问一下sob老师，在产生相的模拟时是否需要关闭速度，还是直接和npt设置一样的即可

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-23 06:43

wanzongliang 发表于 2024-4-22 09:53
我想请问一下sob老师，在产生相的模拟时是否需要关闭速度，还是直接和npt设置一样的即可

“关闭速度”、“npt设置” 指代不明
产生相前面的是平衡相，产生相用的初速度应当是平衡相最后一帧的速度

作者
Author: wanzongliang 时间: 2024-4-23 08:44

sobereva 发表于 2024-4-23 06:43
“关闭速度”、“npt设置” 指代不明
产生相前面的是平衡相，产生相用的初速度应当是平衡相最后一帧的 ...

明白了，感谢sob老师

作者
Author: chenym 时间: 2024-12-5 10:21

sobereva 发表于 2021-4-24 11:07
你提到的单独的“NVT控温”，“NPT控压”这两步通常都是多余的。能量极小化完了直接跑NPT的动力学就行。之 ...

您好，我这边在跑完结构优化后，跑分子动力学模拟，但是发现在弹性系数为1时，原子基本上没有动，但是当弹性系数调为0.95及以下后又可以正常运动，这是什么原因呢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-5 20:00

chenym 发表于 2024-12-5 10:21
您好，我这边在跑完结构优化后，跑分子动力学模拟，但是发现在弹性系数为1时，原子基本上没有动，但是当 ...

我不知道你说的弹性系数是什么东西
用英文原词，避免歧义

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-6 09:54

sobereva 发表于 2021-4-24 11:07
你提到的单独的“NVT控温”，“NPT控压”这两步通常都是多余的。能量极小化完了直接跑NPT的动力学就行。之 ...

用NPT系综是什么意思？

SOB老师的意思是说，GMX动力学模拟的步骤可以简化为：能量最小化--NPT控压--MD 就可以了吗？

作者
Author: 电视机 时间: 2024-12-6 19:34
你们好，麻烦请问一下，我想建立一个密度是1的溶液盒子，建立好之后我进行了forcite的nvt分子动力学，再进行npt退火之后发现密度降低很多只有0.6多。老师我是什么步骤出问题了么。谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-7 02:57

pkuchemistry 发表于 2024-12-6 09:54
用NPT系综是什么意思？

SOB老师的意思是说，GMX动力学模拟的步骤可以简化为：能量最小化--NPT控压--MD ...

NPT和MD根本不是并列的关系，NPT本身就是MD用的一种系综
如果连系综概念都不知道的话，说明过于欠缺动力学模拟常识，建议通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）系统学学

(, 下载次数 Times of downloads: 15)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-7 02:58

电视机发表于 2024-12-6 19:34
你们好，麻烦请问一下，我想建立一个密度是1的溶液盒子，建立好之后我进行了forcite的nvt分 ...

光凭这些描述谁也没法说
说不定本来真实密度就只有0.6。如果和已知真实密度偏差太大，可能力场太烂，或者模拟设置不当

作者
Author: 电视机 时间: 2024-12-9 11:09

sobereva 发表于 2024-12-7 02:58
光凭这些描述谁也没法说
说不定本来真实密度就只有0.6。如果和已知真实密度偏差太大，可能力场太烂，或 ...

哦哦这样好的谢谢那我再多模拟设计几次

作者
Author: chenym 时间: 2024-12-31 16:44

sobereva 发表于 2024-12-5 20:00
我不知道你说的弹性系数是什么东西
用英文原词，避免歧义

Scaling factor缩放因子，抱歉老师，是我描述不清，不过这个已经解决了，就是删掉结构优化后的POSCAR中的速度预测之类的，就正常了，但是我看官网是不同系统才需要删除这些预测，同一个系统下跑结构优化和分子动力学也会有影响吗。

作者
Author: milk_q 时间: 2025-3-13 20:38

sobereva 发表于 2024-12-7 02:57
NPT和MD根本不是并列的关系，NPT本身就是MD用的一种系综
如果连系综概念都不知道的话，说明过于欠缺动力 ...

sob老师，您好！想请教一下NPT预平衡，温度的波动是比较稳定的，但是压力发生非常大波动，而且没有平衡是怎么回事。integrator = md
dt = 0.002
nsteps = 100000
nstlog = 1000
nstenergy = 1000
nstxout-compressed = 5000
compressed-x-grps=system
cutoff-scheme = Verlet
tcoupl = v-rescale
tc-grps = System
tau_t = 0.1
ref_t = 300
pbc=xyz
pcoupl = Parrinello-Rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
coulombtype = PME
rcoulomb = 1.0
vdwtype = Cut-off
rvdw = 1.0
DispCorr=EnerPres
gen_vel=no
gen_temp=300
gen_seed=-1
constraints = h-bonds
constraint-algorithm = lincs
lincs-iter = 4
energygrps = System这是我的mdp文件

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-14 03:42

milk_q 发表于 2025-3-13 20:38
sob老师，您好！想请教一下NPT预平衡，温度的波动是比较稳定的，但是压力发生非常大波动，而且没有平衡是 ...

预平衡不适合PR压浴，这是基本常识

作者
Author: science_6 时间: 2025-3-14 15:49

sobereva 发表于 2024-4-23 06:43
“关闭速度”、“npt设置” 指代不明
产生相前面的是平衡相，产生相用的初速度应当是平衡相最后一帧的 ...

sob老师好，就是我想问一下您，当平衡相和产生相的gen-vel都设置为no时，gen-temp和gen-seed这两项是不是都可以不用设置了呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-15 00:17

science_6 发表于 2025-3-14 15:49
sob老师好，就是我想问一下您，当平衡相和产生相的gen-vel都设置为no时，gen-temp和gen-seed这两项是不是 ...

是

作者
Author: science_6 时间: 2025-3-15 12:43

sobereva 发表于 2025-3-15 00:17
是

好的，谢谢sob老师

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