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标题: 求助：小分子外排通道的寻找 [打印本页]

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Author: 蓝沐轩_lemshine 时间: 2021-4-24 20:35
标题: 求助：小分子外排通道的寻找
请教大家一个问题，研究的是小分子外排泵，主要过程是对接完之后跑MD，随着模拟时间的进行，小分子相对位置的变化，也就是小分子的外排通道，想请教大家怎么研究这个外排过程呢？也就是想知道门控氨基酸的位置，有什么软件或者方法呢？谢谢大家

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Author: sobereva 时间: 2021-4-25 00:14
可以对排除路径经过的氨基酸做丙氨酸突变再跑动力学，看看哪个残基影响大
也可以先跑MD，然后做一些和小分子与近邻氨基酸几何关系、作用能等方面的统计分析

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Author: k64_cc 时间: 2021-4-25 11:48
本帖最后由 k64_cc 于 2021-4-25 11:54 编辑

如果连小分子的迁移路线都还不知道，可以用ITS、GAMD之类的加速方法，能在合理时长内观察到迁移路线——代价是动力学过程不对，但是能垒高于kBT量级的过程本来也没法在合理时长内研究动力学，所以问题不大。得到迁移路线后可以根据路线算自由能，进行进一步的研究。

GAMD: http://miao.compbio.ku.edu/GaMD/installation.html

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Author: 蓝沐轩_lemshine 时间: 2021-4-25 19:54

sobereva 发表于 2021-4-25 00:14
可以对排除路径经过的氨基酸做丙氨酸突变再跑动力学，看看哪个残基影响大
也可以先跑MD，然后做一些和小分 ...

sob老师您好，刚参加完您的gromacs培训班，受益匪浅，我的体系是这样的，蛋白是三聚体，大概4w-5w个原子，在对接完之后跑MD（在参加培训班之前我是用amber跑的，所以我分类到了amber，不好意思），蛋白比较大，我跑了300ns观察不到变化，在250ns附近我的蛋白会跑散也是个头疼的问题，小分子配体依然纹丝不动的在结合区域，我查阅相关文献，发现跟此蛋白同家族的蛋白被报道称大概1-3微妙之后小分子才会有明显变化，模拟时间比较长，加上体系较大（加完水大概35w），如果用gmx跑的话，我是用联合原子力场吧？我现在不确定或者说不知道这个小分子的具体经过的氨基酸残基，有什么方法能研究这个过程呢？您说做突变，我其实都不知道经过哪些氨基酸，先跑MD，体系大，跑的慢。耗时长请教您一下

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Author: 蓝沐轩_lemshine 时间: 2021-4-25 19:56

k64_cc 发表于 2021-4-25 11:48
如果连小分子的迁移路线都还不知道，可以用ITS、GAMD之类的加速方法，能在合理时长内观察到迁移路线——代 ...

感谢您的解答，谢谢您能具体说一下这个方法吗？或者相关教程，感谢您的分享和解答（目前小白，很多不懂的地方）

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Author: k64_cc 时间: 2021-4-25 22:22

蓝沐轩_lemshine 发表于 2021-4-25 19:56
感谢您的解答，谢谢您能具体说一下这个方法吗？或者相关教程，感谢您的分享和解答（目前小白，很多不懂 ...

那么大一个网站我都贴了，点进去就是theory和tutorial。Amber和NAMD都是原生支持的，直接写配置文件就行。

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Author: 蓝沐轩_lemshine 时间: 2021-4-26 08:48

蓝沐轩_lemshine 发表于 2021-4-25 19:56
感谢您的解答，谢谢您能具体说一下这个方法吗？或者相关教程，感谢您的分享和解答（目前小白，很多不懂 ...

好的谢谢您

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