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标题: 求助：APBS批处理的问题 [打印本页]

作者
Author: 1900 时间: 2021-4-25 20:15
标题: 求助：APBS批处理的问题
本帖最后由 1900 于 2021-4-26 10:18 编辑

我现在想用APBS对我得到的轨迹进行一个静电能量的计算，但是不知道如何实现批处理我的构像，或者说不知道怎么才能使APBS把静电能输出成一个文件。请大家帮帮忙，谢谢了。
下面是我的in文件
read
mol pqr pijoVBpA.pqr
end

elec name mol1
mg-auto
dime 65 65 161
cglen 45.750 39.030 124.320
fglen 35.500 31.020 87.880
cgcent 59.780 59.130 59.290
fgcent 59.780 59.130 59.290
mol 1
lpbe
bcfl mdh
ion 1 1.00 2
ion -1 1.00 2
pdie 2
sdie 1
srfm smol
chgm spl4
sdens 10
srad 1.4
swin 0.3
temp 300
calcenergy total
write pot dx 2
end

print elecEnergy mol1 end
quit

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-26 13:50
搞明白shell脚本怎么写，以及grep、awk、重定向怎么用，自然就会了

作者
Author: 1900 时间: 2021-4-26 14:27

sobereva 发表于 2021-4-26 13:50
搞明白shell脚本怎么写，以及grep、awk、重定向怎么用，自然就会了

好的，多谢sob老师，，我现在学习一下。。感谢感谢

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