公社群聊Q&A整理：2015.11.28 16 ~ 2015.12.01 14 - 计算化学公社

2015.11.28 16:59:51
Q:
[图片]各位大神们，我做的激发态到基态的密度差图，等值面0.0005，可以确定是从下面的苯环到上面的两元稠环跃迁吗？
就是分子内电荷转移（LC）跃迁。
A:
有些牵强。可以结合Multiwfn手册4.18.3 节示例的方法进行考察
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2015.11.28 17:41:10
Q:
sob老师,我算完ADNDP保存为.molden文件，然后载入主功能8，进行轨道分析，使用Hirshfeld方法没有问题的，但是使用NAO方法提示这个错误，继续就会自动关闭Multiwfn程序。[图片]
A:
此时当然不能用NAO方法
用NAO方法的输入文件必须是NBO的输出文件
Q:
sob老师，那我想输出ADNDP轨道来自于哪个原子的哪个轨道的具体贡献，应该怎么分析？采用什么方法
A:
Mulliken、SCPA分析
基函数贡献加和为原子轨道共贡献
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2015.11.28 18:30:35
Q:
sob老师，[图片]这六个基函数分别对应D轨道哪个轨道的贡献，dxy ,dyz,dxz,dz2以及dx2-y2
A:
谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识
http://sobereva.com/51
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2015.11.28 18:43:42
Q:
The charge transfer character of structures was assessed usingthe sob老师：lambda diagnostic (), a measure of the degree of orbitaloverlap between occupied-virtual pairs that contribute to a givenexcited state.
A:
Sobereva(190258442) 17:36:53
Multiwfn支持的比你图中那个指标好用的指标有的是，看手册4.18.1节的例子
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2015.11.28 18:45:03
Q:
老师，这里的lambda diagnostic是怎么得到的啊？
diagnostic可以用gaussian计算出来吗？
A:
否
计算又浪费时间又不好的指标，所以Multiwfn不支持之
不用发两遍
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2015.11.28 18:45:44
Q:
sob老师，也就是我如果想得到dx2-y2这个轨道的贡献，就只有在起初的高斯运算中加入关键词，是吗？
sob老师，也就是我如果想得到dx2-y2这个轨道的贡献，就只有在起初的高斯运算中加入关键词，是吗？
A:
不用发两遍
高斯计算时用球谐函数，输出的molden文件就是球谐函数
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2015.11.28 18:51:44
Q:
[图片]各位老师，这是分子的对称性，我想问一下，看什么书，可以针对性的恶补一下呢？
A:
看科顿的群论在化学中的应用
公社专用邮箱有电子版
Cotton-群论在化学中的应用3ed
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2015.11.28 19:45:37
Q:
咨询一下老师，是不是高斯09D01也不能用LC-wpbe和LC-blyp，以及LC-pw91来优化激发态（s1）？谢谢
A:
可以用
Q:
是opt tda？
A:
跟tda无关
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2015.11.28 20:00:52
Q:
sob老师，这里对于B原子的S轨道的贡献，还需要考虑内层轨道1S吗，还是只包含2S[图片]
A:
由你决定
Q:
我需要看看1S是否参加了轨道的杂化是吗
A:
1S的贡献肯定非常小而可以忽略
做AdNDP的时候已经自动把内核密度扣除掉了，所以找出来的都是价层AdNDP轨道
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2015.11.28 20:45:48
Q:
请教一下：在真空中，两个分子的结合能是内能的改变量吗？
A:
取决于你考察什么
Q:
sob可否仔细讲一下
A:
否
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2015.11.29 07:44:24
Q:
老师，你说你在之前的日子里开发过一个叫做saint的从头算程序，现在还有开发吗
A:
没
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2015.11.29 09:57:26
Q:
请教一下，我想计算金属团簇的平均键长，有什么简单而迅速的方法么？用MS可不可以直接算出来？
A:
用Multiwfn主功能200里的选项9计算，看手册3.200.9节的说明
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2015.11.29 16:14:30
Q:
博客里有，不必看小木虫的
A:
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79
绝对不要去小木虫那里看
Q:
求+1
估计不一样
A:
一样啊
Q:
老师，三重态下优化几何和单重态几何计算三重态的能量会一样吗
哦，问题不一样，对不起……
A:
...
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2015.11.29 16:18:56
Q:
老师，我有一些困惑，如果一样，那还要在优化的结构下计算单点能是为了解决什么问题呢？
A:
得到更精确的能量。因为几何优化对计算级别不敏感，不需要用太高级别方法。
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2015.11.29 16:45:07
Q:
老师，请问Gamess中 FINAL R-B3LYP ENERGY是什么能量？这个能量和total energy分别什么时候使用？感觉它俩数值差不多@Sobereva
A:
对于DFT计算，一样
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2015.11.29 16:59:16
Q:
做二维拓扑图，改变线宽，总是没变化。。。后来发现，只有保存下来的图片才有变化。@Sobereva
A:
就是这样
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2015.11.29 17:09:30
Q:
sto投影到6-311用6-31做跳板计算的时候，6-31G是做hf计算还是cassf计算？
A:
CASSCF
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2015.11.29 19:26:14
Q:
咨询个问题：[图片]求这个N+1的homo的时候。这个分子有homo而言吗？我看计算出来的文件分为[图片]和
[图片]我们是看最高的alpha或者beta吗？比如说这个分子就是看最后一个alpha作为homo？谢谢指点
咨询个问题：[图片]求这个N+1的homo的时候。这个分子有homo而言吗？我看计算出来的文件分为[图片]和[图片]我们是看最高的alpha或者beta吗？比如说这个分子就是看最后一个alpha作为homo？谢谢指点
A:
大抵是指SOMO能量
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2015.11.29 19:28:03
Q:
恩，其实不是homo，应该是somo能量，这个地方可以用这个最高的somo来代替计算中的homo，是这样子吧老师？谢谢老师。
A:
y
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2015.11.29 19:25:09
Q:
sob老师，ADNDP程序能分析三重态的结构吗
A:
可以
Q:
sob老师，选取ADNDP轨道有什么方法没，觉得怎么选都对，又觉得怎么选页不对，它和分子轨道有什么联系没？
A:
凭直觉，多试
没
Q:
老师，您可以帮我看一个体系吗，我觉得怎么分都是合适的
A:
木有时间
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2015.11.29 19:40:19
Q:
请教：我在一篇文献中看到这样一个表格[图片] 但是，这些数值是怎么来的文献中没有说明，也没有参考文献。那么这些数值可以通过什么方式获取，是参考文献还是通过计算得到？
A:
就是OPLS-AA力场本身定义的参数。看原文，或者看支持OPLS-AA力场的程序如gmx里的参数文件里的参数
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2015.11.29 20:34:00
Q:
哪个力场文件中寻找，oplsaa.ff文件夹中包含的文件有：aminoacids.hdb aminoacids.tdb aminoacids.r2b aminoacids.rtp aminoacids.vsd atomname2type.n2t atomtypes.atp ffbonded.itp ffnonbonded.itp forcefield.itp 等等一系列的文件，但是不知道这些参数是在那个文件中？
A:
ffnonbonded
Q:
sob老师，我打开了[图片]，哪个才是呢？
A:
看手册关于LJ势的确定方式
LJ对儿势参数是根据原子LJ参数按照一定规则混合成的
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2015.11.29 20:37:44
Q:
[图片]大家觉得这个期刊如何
A:
投那个还不如投物化学报
一般的小国期刊
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2015.11.29 20:43:11
Q:
[图片]sob老师，就是这个关系吧？
[图片][图片]这个关系吧
A:
y
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2015.11.29 21:55:44
Q:
sob老师，ADNDP分析所有的相连的两个原子之间的两中心两电子键是不是都要选出来，文献中算得大多是这样的？
A:
多数情况如此，占据数太低的就别挑出来了
Q:
谢谢sob老师，而且最后剩余电子数小于2对吧
A:
也不一定最后非得小于2
关键是没有像样的能挑出来的就完了
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2015.11.29 22:06:17
Q:
[图片]老师，计算极化率出现这个是什么原因
A:
问客服
Q:
哦，老师，我的问题有答案吗
A:
否
开发者才知道
Q:
我已经添加了int=ultrafine ,下一步可以不可以继续增大？
A:
和这无关
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2015.11.29 22:25:13
Q:
对了老师，你曾经文章里说有个你自己写的saint软件，现在还在开发吗
A:
Sobereva(190258442) 7:44:25
没
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2015.11.30 09:40:05
Q:
Sob老师,如果分析ADNDP,一共有16个价电子,你分析出来7个ADNDP轨道，占据14个电子，那另外两个呢，怎么解释呢
A:
整体离域性太强，无法归属
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2015.11.30 09:45:34
Q:
orca的并行在一台电脑上正常，在另一台上却一直报错。正常的是这样[图片]，而报错的是[图片]这样，给出8个[图片]（我用了关键词pal=8）,请问是哪里出现问题呢？
[图片]（我用了关键词pal=8）,请问是哪里出现问题呢？
orca的并行在一台电脑上正常，在另一台上却一直报错。正常的是这样[图片]，而报错的是[图片]这样，给出8个
A:
貌似是MPI并行环境没搞好。
确认装的都是openmpi1.6.5
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2015.11.30 09:46:02
Q:
比较靠近产物的过渡态的能量要高，请问这个理论是谁提出来的？请大家帮帮忙
A:
看hammond假设
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2015.11.30 09:59:10
Q:
请教各位大神，NBO分析的时候，自旋密度可以说明价态吗
A:
NBO分析只能给出自旋布居，没法给出自旋密度，自旋密度用multiwfn来绘制。这跟价态无直接关系。
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2015.11.30 10:06:44
Q:
[图片]
俄语，不懂啊
A:
输入dative，回车
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2015.11.30 10:07:58
Q:
[图片]请问Sobereva老师此DOS图中Ir的d轨道和O的p轨道交叉的地方可以说明什么问题？
A:
二者贡献值相等的能态
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2015.11.30 10:49:03
Q:
请问势能面扫描读取check文件，为什么算了一个点就显示normal termination正常结束了？
A:
别写geom=check，直接写明坐标
并且确认输出文件开头显示的冗余内坐标信息中19 20确实是被scan的
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2015.11.30 11:18:00
Q:
IRC跑完了点不够多，两边没走到Ground State，有办法接着之前的结果走吗（即不重复计算已经跑过的约20个点）？
A:
用restart
[图片]
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2015.11.30 11:18:22
Q:
请问大家谁用过DMol3?
收到，请教用DMol3优化有机分子吸附到TiO2团簇上的问题，求指点
A:
/擦汗
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2015.11.30 12:00:49
Q:
请问，水和dmso同时作为溶剂怎么在gaussian中输入？谢谢
A:
[图片]
Q:
谢谢老师，看来这块需要好好研习一下才能搞定
老师，这里的将几种溶剂分子的eps和epsinf混合定义是什么意思？是将这些值通过比例相加吗？举个例子，eps分别为2和3，混合溶剂为1:2，混合后的eps就是2*1+3*2吗?
A:
y
Q:
[图片]老师， gaussian中文说明书给出的这些介电常数是静态还是动态还是其他的什么？
A:
静
Q:
恩，谢谢老师
我看网上说，不算激发态什么的，就不用epsinf，是对的吗？
A:
还有些任务，诸如含频极化率，epsinf也影响结果
不确定的话实际试试就知道
Q:
这个太复杂了，也没有比较详细的教程，实在不好弄啊
谢谢老师了[表情]
A:
多好弄啊，幻灯片里都写得很清楚了
这点事哪可能有什么教程啊
量子化学本来是一般人眼里很深奥的东西，如今门槛都已经拉得这么低了
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2015.11.30 13:25:23
Q:
老师 Gaussian中MM方法（自己输入参数）能不能做柔性扫瞄，可以的话应该把冗余内坐标写在什么地方？我试了写在connectivity之前，报错想读connectivity；试了写在connectivity和参数之间，会报错要读入参数；写在参数后面，好像干脆忽略了，只做了个单点opt。/流汗
A:
见http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_input.htm
Q:
我是想分别把非键参数／二面角参数设置为0,来得到非键／二面角项对扭转能的贡献这样合理吗？
谢谢我看看
A:
设定1-4的scale值，设为0时结果就是纯粹扭转项的，然后把默认的结果扣除扭转项的就是非键的
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2015.11.30 15:22:22
Q:
高斯算的单点能如果是用来计算弱相互作用力的话，一般保留几位小数（单位为log文件中的hartree）
A:
一般来说五位足够了
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2015.11.30 15:30:25
Q:
请问各位大神，超分子自组装动力学用什么软件合适啊？
amber?gromacs?lampps?namd?
A:
gmx就行
速度快
Q:
gmx就是gromacs吧？
A:
y
Q:
但是我用gromacs跑的时候，小分子总是跑到盒子外面了？这个怎么破啊？
A:
没关系，跑到镜像了
Q:
跑了好几遍都到盒子外面了，难道是盒子小了？
不用管？可以接着跑？
A:
y
Q:
不用增大盒子尺寸啊？
A:
默认情况下分子质心在哪头，轨迹中就把分子显示在哪头
质心没过去，一部分露盒子外边了，太正常
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2015.11.30 15:45:55
Q:
Sobereva老师，gaussian09中BSSE是不是不能在溶剂效应下做，
A:
自行用Bq原子做，这里说了
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
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2015.11.30 15:47:19
Q:
sob老师，ADNDP最后剩余电子数超过2了，转化成.molden,但是用载入Multiwfn不能进行成键分析，进去页面自动关了，呵呵
A:
[图片]
molden文件发给我
Q:
sob老师，已经小窗发您
A:
总共找出来了多少个轨道？
Q:
7个
我把.fch文件发您吗，sob老师
A:
.fch文件，高斯out文件，还有最好把操作步骤一起发给我
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2015.11.30 15:56:00
Q:
请教个问题，三重态计算时有个小虚频，用scf=tight int=ultrafine优化后，虚频消失。这个构型的能量可以直接用吗？因为单重态没有用tight，直接比较单重态和三重态能量准确吗？需要在重新opt一下构型吗？
A:
scf=tight本来就是默认的
功劳在于ultrafine
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2015.11.30 16:03:46
Q:
老师，g09的BSSE能不能在溶剂下计算
A:
Sobereva(190258442) 15:45:55
自行用Bq原子做，这里说了
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
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2015.11.30 16:09:51
Q:
老师，培训班的具体细节都定下来了吗
A:
未
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2015.11.30 16:58:33
Q:
吓尿
[图片]
A:
每天工作42小时
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2015.11.30 17:26:41
Q:
请问DFT频率
S1分子的频率在高斯下使用和S0基态相同的计算方法和keywords来计算是否会有问题？
[图片]
比如S1的频率计算依然使用
#PBE0 6-31g* freq 就可以了？
高斯说明书里说CPHF计算中当同自旋多重读单重态有更低能波函数（S0）是无意义是指什么问题呢？
A:
#p PBE1PBE/6-31g* TD opt freq
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2015.11.30 17:54:57
Q:
[图片] ，老师请问一下我在做拓扑分析时出现上述情况是为什么呢
A:
临界点没找全
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2015.11.30 18:20:02
Q:
sob老师，麻烦问下我用高斯得到了一个稳定结构，可是把优化好的结构做200K温度下的动力学模拟，其结构竟然断键了，这说明这个结构又是不稳定的，和高斯优化的稳定结构矛盾了，不知道该怎么解释这个矛盾
A:
你怎么知道那就是稳定结构？
Q:
因为搜索那个结构势能面，就那个能量低，没虚頻
A:
极小点不代表稳定
稳定得是周围势垒都很高
Q:
那你的意思动力学模拟的那个变了的结构，可能才是稳定的。
谢谢，那动力学稳定性和我们高斯计算的稳定结构有什么区别呢，不太懂这些
A:
PES极小点!=动力学稳定
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2015.11.30 18:33:52
Q:
sob老师，为什么ADNDP轨道不可以用NAO方法
A:
程序原因
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2015.11.30 18:42:53
Q:
临界点多了或者少了一个怎么办呢@Sobereva
A:
不可能多一个，只能少
再想办法尽量搜索全
这里有讨论
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
但不感兴趣的地方的临界点没找全也无所谓
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2015.11.30 18:48:30
Q:
老师们，可不可以详细的介绍一下Duschinsky mixings
A:
这里有简单说明
振动分辨的电子光谱的计算
http://sobereva.com/223
Duschinsky旋转或者称Duschinsky混合效应表现的是电子跃迁使得基态振动模式发生了线性混合（旋转）而产生激发态振动模式，表达为Q''=J*Q'+K。Q''_i和Q'_i分别代表电子激发态和电子基态的第i个简正振动坐标。如果基态和激发态振动模式完全一致，则J是单位矩阵，表示没有混合。J偏离单位矩阵若比较明显，说明激发态振动模式需要通过基态振动模式的显著的混合来表现
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2015.11.30 17:10:59
Q:
sob老师，我分析原子对轨道的贡献，怎么俄出现了负值，而且超过百分之百了/糗大了[图片]
A:
Mulliken方法本来就会这样，群共享里分子轨道成分的计算里面有大量讨论
Q:
谢谢sob老师
sob老师，如果我用mulliken方法分析原子对轨道的贡献，得到负值这样我怎么处理呢[图片]
A:
不要用弥散函数！
Q:
就是b3lyp/cc-pvtz
这样吗
A:
y
cc-pVDZ就已经够了
Q:
做NBO这样用呢，还是优化的时候也要去掉弥散
A:
只要用mulliken分析，就绝对不能用弥散函数
优化时候随便
Q:
sob老师，去掉了弥散还是有负值[图片]
A:
已经好多了。用SCPA方法分析就没负值了
如果是3-zeta，改成2-zeta应该负值还会更小
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2015.11.30 19:06:21
Q:
请问gromacs里这个错误要怎么解决，研究好几天也没运行成功
Fatal error:
Atomtype opls_113 not found
A:
拓扑文件有毛病
诸如没把opls力场include之类的，而当前体系又有opls力场的原子类型
Q:
谢谢sob老师，我想模拟水中的小分子，在OBGMX上生成了小分子的top文件和itp文件，然后建了盒子放了分子加了水，我看加完水的top文件里没有水模型的itp，就手动加了一行
[ defaults ]
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
1 2 yes 1.0 1.0
[ atomtypes ]
; name1 name2 mass charge ptype sigma epsilon
S_R S_R 32.0650 0.0000 A 0.3595 1.1472
C_R C_R 12.0107 0.0000 A 0.3431 0.4396
H_ H_ 1.0079 0.0000 A 0.2571 0.1842
C_2 C_2 12.0107 0.0000 A 0.3431 0.4396
O_2 O_2 15.9994 0.0000 A 0.3118 0.2512
#include "p4ta.itp"
#include "oplsaa.ff/tip4p.itp"
[ system ]
UFF MOLECULE in water
[ molecules ]
UFF 1
SOL 5537
是哪里不对啊QAQ
A:
加上#include "oplsaa.ff/ffnonbonded.itp"
Q:
谢谢sob老师
错误变成了
Fatal error:
Syntax error - File ffnonbonded.itp, line 1
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes
是要在[ atomtypes ]里加上水的原子？
A:
自行把 opls_113对应的那行从nonbonded.itp里挪到你上头的atomtypes里面
Q:
改成这样还是刚才的错误
[ atomtypes ]
; name1 name2 mass charge ptype sigma epsilon
S_R S_R 32.0650 0.0000 A 0.3595 1.1472
C_R C_R 12.0107 0.0000 A 0.3431 0.4396
H_ H_ 1.0079 0.0000 A 0.2571 0.1842
C_2 C_2 12.0107 0.0000 A 0.3431 0.4396
O_2 O_2 15.9994 0.0000 A 0.3118 0.2512
opls_113 opls_113 15.99940 0.000 A 3.15365e-01 6.48520e-01
opls_114 opls_114 1.00800 0.520 A 0.00000e+00 0.00000e+00
opls_115 opls_115 0.00000 -1.040 D 0.00000e+00 0.00000e+00
A:
贴出完整的
Q:
name1 name2是什么意思啊
水模型itp里是这样的
[ atoms ]
; id at type res nr residu name at name cg nr charge
1 opls_113 1 SOL OW 1 0.0
2 opls_114 1 SOL HW1 1 0.52
3 opls_114 1 SOL HW2 1 0.52
4 opls_115 1 SOL MW 1 -1.04
我的name1 name2应该写OW HW MW？
top文件是这样的
[ defaults ]
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
1 2 yes 1.0 1.0
[ atomtypes ]
; name1 name2 mass charge ptype sigma epsilon
S_R S_R 32.0650 0.0000 A 0.3595 1.1472
C_R C_R 12.0107 0.0000 A 0.3431 0.4396
H_ H_ 1.0079 0.0000 A 0.2571 0.1842
C_2 C_2 12.0107 0.0000 A 0.3431 0.4396
O_2 O_2 15.9994 0.0000 A 0.3118 0.2512
opls_113 opls_113 15.99940 0.000 A 3.15365e-01 6.48520e-01
opls_114 opls_114 1.00800 0.520 A
0.00000e+00 0.00000e+00
opls_115 opls_115 0.00000 -1.040 D 0.00000e+00 0.00000e+00
#include "p4ta.itp"
#include "oplsaa.ff/ffnonbonded.itp"
#include "oplsaa.ff/tip4p.itp"
[ system ]
UFF MOLECULE in water
[ molecules ]
UFF 1
SOL 5537
top文件是这样的
[ defaults ]
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
1 2 yes 1.0 1.0
[ atomtypes ]
; name1 name2 mass charge ptype sigma epsilon
S_R S_R 32.0650 0.0000 A 0.3595 1.1472
C_R C_R 12.0107 0.0000 A 0.3431 0.4396
H_ H_ 1.0079 0.0000 A 0.2571 0.1842
C_2 C_2 12.0107 0.0000 A 0.3431 0.4396
O_2 O_2 15.9994 0.0000 A 0.3118 0.2512
opls_113 opls_113 15.99940 0.000 A 3.15365e-01 6.48520e-01
opls_114 opls_114 1.00800 0.520 A 0.00000e+00 0.00000e+00
opls_115 opls_115 0.00000 -1.040 D 0.00000e+00 0.00000e+00
#include "p4ta.itp"
#include "oplsaa.ff/ffnonbonded.itp"
#include "oplsaa.ff/tip4p.itp"
[ system ]
UFF MOLECULE in water
[ molecules ]
UFF 1
SOL 5537
A:
既然前面写了opls参数了，就把后面的#include "oplsaa.ff/ffnonbonded.itp"删掉
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2015.11.30 19:34:18
Q:
[图片]
[图片]请问各位老师，这个错误是什么原因？是内存给小了吗？
A:
硬盘不够
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2015.11.30 19:46:51
Q:
请教各位，gaussian里计算热化学性质，可不可以在一个任务里面计算多个温度点？比如一次任务算出temperature=300、400、500、600、700等稳定的焓、自由能
A:
用freqchk
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2015.11.30 19:54:59
Q:
请问我生成了wfn文件输进multiwfn里面[图片]为什么第五项不是生成格点文件
A:
怎么不能生成？按提示操作啊
手册4.5节净是例子
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2015.11.30 20:30:56
Q:
sob老师用SCPA方法分析就没负值了.但是像这样的分析，我分出的ADNDP轨道是二中心二电子，是不是分成三中心的更确切[图片]
A:
结合轨道图形考察。而且既然考察原子，用Hirshfeld或becke更可靠。
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2015.11.30 20:57:01
Q:
而且在说结论的时候，最好先把这个结论的依据说一下，因为大部分的时候，随便说出一个结论往往有局限性...@梁咪兔
不是严谨不严谨的问题，而是必须要有逻辑....观点可对可不对，但逻辑一定是要有的....
A:
不严谨就谨言
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2015.11.30 21:05:36
Q:
[图片]各位老师，这个能判定是氧原子的孤对电子的轨道吗
SCPA分析
A:
体现一丁点孤对电子特征而已
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2015.11.30 21:17:06
Q:
[图片]谁知道这个值是怎么得到的？？/抱拳
A:
1 问作者
2 自己写程序算
3 基于Multiwfn的积分代码改写一个
前两天不是刚问过，又问
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2015.11.30 21:27:34
Q:
[图片]如果想要找到作用比较弱的CP需要调节那几个参数啊
A:
peace 和强弱无关。博文里说了碰到找不到临界点时候怎么调设定。
如果你只想在寻找临界点过程中保留那些对应函数值较低的临界点，用选项9
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2015.11.30 21:54:25
Q:
看了初音未来2014纽约演唱会，发现说的，不爱三次元也是有道理的
A:
/得意
二次元就是好！
Q:
老师把初音未来的演唱会的视频收集全了吗
A:
木
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2015.11.30 22:08:43
Q:
Mg 5 [core]3S( 0.65)3p( 0.26)4S( 0.33)3d( 0.02)4p( 0.04我要找Mg在反应路径中的1S，上面这个是吗？还是我应该找俩个电子都在3S轨道的？
sob说的根据电子布局找激发态，这里的电子布局是要完全相同吗？还是如上面那个一样只要是在S轨道就可以了？
A:
跟基态的相对比
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2015.11.30 23:51:34
Q:
今天分析激发态，看了multiwfn手册用到了Dr，据说大于2埃很可能是CT，但这个界限也会随分子本身的大小有所区别吧？应该有个相对的值用于比较吧？大家觉得呢
A:
结合图形、t指标一起判断
尝试用multiwfn观看
Q:
谢谢昨晚的提议，不知道关于t判据有没有什么文献，手册里只提到t是另一个判断正负分离的一个指标
A:
J. Chem. Theory Comput., 7, 2498 (2011)
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2015.12.01 12:22:39
Q:
老师，情况是这样的，在高斯中输入这个化合物时Na+与两个O不用键相连，但在用B3LYP/6-31+G(d)计算时，发现输入文件中Na+与相近的三个键自动用键相连。
我的问题是：如何才能使Na+始终保持不与键相连呢？
[图片]
A:
不用管它，距离近了自动就链接了。图像上不相连你就取消成键就完了
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2015.12.01 12:22:39
Q:
[图片]产生的wfn文件老是出错，啥原因呢
A:
基组包含的角动量太高，改用fch或.wfx作为multiwfn输入文件
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2015.12.01 12:22:39
Q:
请问各位老师，如果算Au、Ag、Cu团簇，不考虑相对论效应，只是基组选用包含相对论效应的基组，从计算结果上看，会有什么定性上的错误么？
A:
基组是不可能包含相对论效应的，只能说适不适合相对论哈密顿计算
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2015.12.01 12:25:36
Q:
请教各位，我的分子已经优化成功了，然后现在计算一下单点能，命令和基组都没问题，为什么会出现这样的结果？[图片]
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2015.12.01 12:25:36
Q:
我用MP2做频率加优化的时候，产生的wrf文件很大，这个怎么消除呢
SET老师，我用MP2做频率加优化的时候，产生的wrf文件很大，这个怎么消除呢
A:
尽量别用MP2。尤其是频率计算，rwf必然很大。明明DFT是好得多的选择
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2015.12.01 12:25:36
Q:
用gaussianview 打开一个电荷不为0的蛋白，但显示分子为中性。怎么回事？
[图片]
我的缺电子呀
应该带正电
看来gview不能自动检测电荷呀
g09 里使用的amber力场是哪个版本的？
A:
amber96
gv没那么聪明，自行设定电荷
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2015.12.01 12:25:36
Q:
[图片]请问老师，我在对直线型结构进行CCSDT计算时不收敛，我应该怎么办呢我对这方面一点经验也没有请老师给提点一下谢谢@Sobereva
A:
是CCSD(T)还是CCSDT？
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2015.12.01 12:28:07
Q:
sob:你昨天说的找激发态的时候用激发态电子布居和基态比较是什么意思啊？@Sobereva
A:
看原子组态怎么变化，考察是什么跃迁
Q:
基态Mg 3S( 0.78)3p( 0.28) 激发态 Mg 5 [core]3S( 0.85)3p( 0.50)4S( 0.01)，这个可以看作2P跃迁到2S吗？
A:
显然看不出来，激发态p反倒还增加了
Q:
那这里应该跃迁到3s还是4s呢？
A:
4s都可以忽略不计
Q:
忽略不计？一个态的电子布居是[core]3S( 0.65)3p( 0.26)4S( 0.33)3d( 0.02)4p( 0.04)，这个算不算
A:
零点零几的布居数都不值得一提
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2015.12.01 13:37:39
Q:
我有点好奇定义冗余内坐标里，类似 B 1 2 B这种定义，有什么用啊？按说明书讲的，是定义1和2原子成键，可是量化计算又不管键是怎样的⋯⋯
A:
影响几何优化。因为得把势能面用几何坐标来表示出来，几何优化算法也是基于几何变量的。
Q:
如果分子说明是直角坐标输入的，只加一句B 1 2 B 会有影响吗
A:
对于几何优化任务的过程有影响。
因为优化时输入文件里的笛卡尔坐标是自动转换到冗余内坐标的，你又自行修改了冗余内坐标定义（如果默认产生的冗余内坐标本身就是有1-2项的，则无影响）
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2015.12.01 14:24:05
Q:
比如当初选了63-66号MO作为活性空间。。。是不是意味着 63=1号？
A:
是
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