计算化学公社

标题: 第九届北京科音分子动力学与GROMACS培训班获得圆满成功！ [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-27 17:25
标题: 第九届北京科音分子动力学与GROMACS培训班获得圆满成功！

第九届北京科音分子动力学与GROMACS培训班获得圆满成功！

2021年4月27日

北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）连同北京科韵科技发展中心于2021年4月17日至20日在北京冠京饭店成功举办了“第九届北京科音分子动力学与GROMACS培训班”，本培训由北京科音自然科学研究中心主任卢天讲授。从2015年起，北京科音已举办了36期质量很高且费用良心的计算化学培训，在我国计算化学领域内获得了非常好的口碑和很高的关注度，累计参加人数超过4500人，在中国的青年计算化学研究者中大约平均每10个人就有1人参加过，培训的回顾和学员发表的感想可参见http://bbs.keinsci.com/forum-43-1.html。本次“第九届北京科音分子动力学与GROMACS培训班”的报名情况同北京科音举办的历届培训一样火爆，培训正式通知于2021年3月31日中午12点整在北京科音官网、非常知名的计算化学论坛“计算化学公社”（http://bbs.keinsci.com）和非常活跃、十分专业的共8000人的计算化学QQ交流群“思想家公社”(18616395、466017436、764390338）发布后很快就报满。由于现场座位有限，之后还有大量欲参加者报名只能遗憾地拒绝。

参加本次培训的学员共192人，实际到场170人，其它22名学员通过邮寄的印有培训用的全部1500多页ppt的讲义+听全程现场录音+看10个小时补充视频（对应“第五天”的课程）+线上答疑方式学习。值得一提的是，COVID-19疫情完全没有对本次培训的现场举办造成任何不良影响，而且为了保证培训期间学员健康的绝对安全，在培训过程中我们要求所有学员全程佩戴口罩，只接受低风险地区的学员到现场参加。

本次学员来自全国各地高校，如北大、清华、复旦、上交大、浙大、川大、西交大、南大、南开、武大、吉大、厦大、国科大、香港中文大学、北理工、北科大、哈工大，等等；也有很多来自研究院所，如中科院理化所/近代物理研究所/金属所/苏州纳米技术与纳米仿生所/工程热物理研究所、大连物化所、季华实验室、青岛海洋地质研究所、中国工程物理研究院激光聚变研究中心、北京脑科学与类脑研究中心，等等。还有大陆以外的单位的学员参加，他们来自牛津大学、美国纽约州立大学布法罗分校、格里菲斯大学、蒙纳士大学。另外，也有少量学员来中石油、中石化以及几家与生物和药物有关的企业单位。

本培训和往届一样十分顺利地举办并再次获得了圆满成功，在一片热烈的掌声中圆满结束。本培训结束后，在培训专用QQ群里得到了学员们的充分肯定和广泛好评

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北京科音的培训一直以来都以信息量极大、信息密度极高而著称。本届四天共32课时的培训安排得极其紧凑，内容丰富，强度非常大，每天上午3个小时+下午5个小时的课程中连一次课间休息时间都没有，为了尽可能多讲，每天下午实际下课时间还比预定的晚一些。由于培训的信息量实在太大导致在4天的现场培训中不可能全讲完，因此我们还向学员提供了多达约10个小时的补充视频讲解剩余内容，相当于“第5天”的课程。

本次培训中由讲授者卢老师精心制作的幻灯片总量多达1500多页。虽然培训发给了学员印有所有这些幻灯片的讲义，而且幻灯片上的内容非常详细，在课上卢老师还即兴添加了很多额外内容，争取令学员能学到更多，并且尽力把幻灯片上的内容解释得易于理解。

紧密的四天的现场培训结束后，卢老师紧接着又在培训专门的QQ群里花了大量时间详细耐心认真地解答了学员们在听课中产生的各种疑问以及平时研究当中遇到的各种问题。

本次培训的专用QQ群会在培训结束后的半个月后解散，然而在培训群解散后，学员们的问题还会由讲授者卢老师继续在计算化学公社论坛（http://bbs.keinsci.com）和专门讨论计算化学的8000人的思想家公社QQ群中进行的无限期的义务解答。

北京科音分子动力学与GROMACS培训班简介：培训讲授内容的详细介绍参看http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html，页面会随着培训内容的不懈的改进和扩充而不断更新。此培训既非常详细讲授分子动力学的各种相关的理论知识、深入全面介绍GROMACS程序的使用，也详解VMD、Packmol以及许多讲授者自编的大量相关脚本和程序的使用（如Multiwfn、ba2r、genmixmem）。此培训既适合分子动力学初学者，使他们回去立刻能上手开展研究，也适合已有多年研究经验的分子动力学研究者查缺补漏、获得更多模拟技巧、掌握更多类型体系的模拟方法。本培训特别注重知识的系统性、全面性、完整性，考虑到不同类型体系、不同问题模拟的要点和流程差异较大，本培训把常见的模拟体系和常见的研究问题几乎全部囊括，一一进行了细致的讲解和演示、给出了大量例子，并且传授了诸多相关研究经验和技巧。学员在充分领悟所讲内容后稍加变通、举一反三，就能对于各种实际情况应对自如，不仅会跑模拟还知道怎么进行深入的分析。相反，目前社会上许多完全以盈利为目的的计算化学培训净是一些零散例子东拼西凑而成，结构凌乱，严重缺乏系统性、深度、信息量和含金量，参加者只能学到一些皮毛、对相关概念和程序使用只能做到一知半解。值得一提的是，北京科音分子动力学与GROMACS培训班不仅对于GROMACS使用者是极为宝贵的学习机会，AMBER、NAMD等其它分子动力学模拟程序的使用者的水平在此次课程中也能得到很大提高，因为相关模拟理论、各种问题模拟的背景知识、分析方法、可视化程序的使用在很大程度上都是共通的。

北京科音分子动力学与GROMACS培训班每年都会开办2~3次，从而不断让更多科研工作者能顺利踏入分子动力学研究的大门、提高分子动力学研究水平，推动我国计算化学事业的整体进步。下一届（第10届）本系列培训的举办时间预计于2021年下旬（9或10月概率较大）。北京科音所有培训的报名时间都会在培训开始前一个月左右在北京科音官网（http://www.keinsci.com）的首页预告，与培训有关的各种常见问题请参阅《北京科音办的培训班FAQ》（http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html），同时非常欢迎关注“北京科音”微信公众号以接受北京科音未来举办的培训的预告和提醒，避免不慎错过报名机会。

本次培训的现场照片：

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在培训最后一天结束后，有大量学员向卢老师索取签名。

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北京科音的培训都以信息量极大、信息密度极高而著称。虽然培训发给了学员印有所有幻灯片的讲义，而且幻灯片上的内容非常详细，但在课上卢老师还会即兴添加很多额外内容、争取令学员能学到更多，并且尽力把幻灯片上的内容解释得易于理解。因此大量了解北京科音培训的学员都是有备而来，对课程进行录音，以便之后反复消化吸收。

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作者
Author: gg302694005 时间: 2021-4-27 17:48
作为一个做无机材料的小白，听了sob老师的课受益匪浅，之前总觉得应该从lammps入手，但是sob老师的课从最基本的分子动力学理论出发，再到gromax的实例讲解，还教学了VMD这一非常强大的后处理软件，给我的分子动力学研究之路开了一个好头，个人经验来说，做无机材料方面的同学们来参加sob老师的培训，绝对是收获满满的！

作者
Author: phosphorescence 时间: 2021-4-27 17:55
卢老师讲课讲的特别详细，作为分子动力学的新手小白感觉收获特别多。以后有机会还要去听。。。

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2021-4-27 18:15
卢老师的课干货真是太多了，信息密度极大，回来还得好好复习讲义。这次讲课的内容很全面，并且每一个细节都是仔细阐述，避免了很多弯路，太适合我这个小白入门了，学到自己想要的东西的感觉比什么都要棒！

作者
Author: fffff 时间: 2021-4-27 19:13
sob老师yyds！
大概前年吧偶然接触到高斯便对计算化学产生了浓厚兴趣。刚开始一直自己瞎学(非化学/物理专业)，刚好属于sob老师说的那种两类极度危险初学者的综合体

。学量化学不懂去学结构化学，学结构化学发现schrodinger方程、矩阵......不会解，又去学复习高数，学线性代数（虽然没学多少）。再去学量化，发现好像还需要物理知识，那就再去学物理耶（然而又没学多少）

某天突然感觉这样太慢了，那就看某站高斯''入门''视频直接上手高斯吧。好了，又开始盲目模范，瞎用泛函瞎用基组瞎写关键词瞎算，视频里用啥我用啥，有时根本不知道我算出来的有啥意义，拿HF/6-31G算的不亦乐乎

偶然发现计算化学公社，仿佛发现了宝藏，开始看sob老师博文，稍微不怎么瞎算乱算了，但感觉学的不是很系统，不敢保证结果的正确性，有时会不知道我在算什么，为什么要这么算。
参加了上半年的量化初级班（没到现场，录音+讲义）听完对sob老师五体投地，培训知识量极大，收获颇丰，听了几天录音感觉比自己学一年学到的还多

听完录音感觉脑子里差不多有个大概的框架，做计算的时候终于知道了自己在算什么，为什么要这么算，从哪里读取所需要的信息......这种感觉太爽了！
研究药物肯定离不开分子动力学阿，于是又参加这次gmx培训班，虽然录音才听一半，同样感到知识量极大，收获颇丰（我分子动力学和gmx完全零基础）赶紧听完好好复习，赶紧开始研究，希望早日发高水平文章

再次感谢卢老师和陈老师，祝北京科音越办越好！

作者
Author: WLEI 时间: 2021-4-27 19:33
培训结束后，试着把讲义上的知识用在自己的实验上，这个过程中发现老师的讲义简直太精细了，出现了问题，通过仔细理解讲义的内容和思路，就能找到解决办法。四天的培训时间，很难一下把讲义上的知识理解透彻（内容太丰富），更多需要课后自己钻研，以及与老师同学交流。俗话说师傅领进门，修行靠个人。这次课程的学习就是我前行的动力。感谢sob老师以及这此培训班同学们的热心解答！

作者
Author: hdhxx123 时间: 2021-4-27 21:16
集齐七本能召唤神龙吗？

作者
Author: wuyeyangguang 时间: 2021-5-1 14:53
Sob老师的课真的非常值，有时间必须全部刷一遍！

作者
Author: muuu2333 时间: 2021-5-2 21:29
本帖最后由 muuu2333 于 2021-6-8 19:14 编辑

慕名参加了gmx的培训感觉卢老师好厉害，好多东西都是超级详细，收获很多

作者
Author: haichang 时间: 2021-5-7 11:10
虽然已经有一些模拟经验了，但是上完课依然感觉收获非常大，把很多以前一知半解的地方通透了

作者
Author: dengzijunwind 时间: 2021-5-13 04:00
请问有关于巨正则蒙特卡洛的培训吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-13 07:02

dengzijunwind 发表于 2021-5-13 04:00
请问有关于巨正则蒙特卡洛的培训吗

无
有什么去北京科音主页看“科研培训”栏目

作者
Author: Yaohui 时间: 2021-6-29 23:24
想问下21年暑假还有GMX的培训吗，想参加

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-30 00:04

Yaohui 发表于 2021-6-29 23:24
想问下21年暑假还有GMX的培训吗，想参加

暑假没有
再下一届是9月或10月

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-9-6 00:35
本帖最后由喵星大佬于 2021-9-6 00:38 编辑

讲义里面讲的给Gromos54A7力场添加虚拟点描述卤键的部分引文应为J. Chem. Theory Comput. 2018, 14, 5383，不是J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 3825，那个是H66的原文；还有43A2的原文应该是Mol. Simul. 2000, 25, 301

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-6 01:07

喵星大佬发表于 2021-9-6 00:35
讲义里面讲的给Gromos54A7力场添加虚拟点描述卤键的部分引文应为J. Chem. Theory Comput. 2018, 14, 5383， ...

笔误已改

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-9-15 03:15

sobereva 发表于 2021-9-6 01:07
笔误已改

CFF的第一篇引文PNAS是88年的，不是98年，原文的力场形式是CVFF的，是不是放错了。。。正儿八经CFF91形式应该是从那个94年的JACS和JCC开始的

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-15 03:23

喵星大佬发表于 2021-9-15 03:15
CFF的第一篇引文PNAS是88年的，不是98年，原文的力场形式是CVFF的，是不是放错了。。。正儿八经CFF91形式 ...

年份已改

PNAS这篇已经给出了CFF的力场函数形式了，从历史的角度也可以作为CFF的原文，一些地方比如http://www.sklogwiki.org/SklogWiki/index.php/CFF91_force_field里也是引的PNAS这篇。

J. Am. Chem. SOC. 1994,116, 2918-2981那个一般视为是CFF93的原文。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-9-15 03:38

sobereva 发表于 2021-9-15 03:23
年份已改
PNAS这篇给出了CFF名义上的第一篇Derivation of class II force fields. I. Methodology and q ...

这么说来CFF系列力场跟CVFF还是很有关系的，也都是一伙人搞的。
另外就是这个培训不涉及分子对接/MC的相关内容，但是就生物分子模拟来说对接其实是产生初始结构的主要方法之一，不管是蛋白-小分子还是蛋白-蛋白(核酸)的复合物(这块应该也是MD的最主要应用)，是不是可以考虑添加部分相关内容呢
虽说这玩意其实比较简单，比MD简单得多，但其实细节也有不少，再就是Autodock Vina的新版本发布了，看文章似乎还不错，感觉可以补充一点？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-15 04:33

喵星大佬发表于 2021-9-15 03:38
这么说来CFF系列力场跟CVFF还是很有关系的，也都是一伙人搞的。
另外就是这个培训不涉及分子对接/MC的相 ...

分子对接是单独的课程，由于内容不够一个workshop的，所以预计以付费视频方式提供。去年这部分的幻灯片做了一半，后来忙别的事就搁置了，等有空时候再弄完。autodock vina新版本我最近也看JCIM上的文章注意到了。

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