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标题: 关于NPT压力是否平衡的困惑 [打印本页]

作者
Author: 哪有这么脆弱 时间: 2021-4-27 21:50
标题: 关于NPT压力是否平衡的困惑
各位老师好，我刚做动力学模拟不久，在对体系进行NPT产生相模拟后，查看体系的平衡压力为-6.1bar，设置的参考压力是1bar,进一步查看密度时，发现密度最后是平衡的，如图 (, 下载次数 Times of downloads: 31) 我所用的mdp文件如下：
define =  -DFLEXIBLE
integrator = md
dt       = 0.001 ; ps
nsteps    = 5000000 ; 2ns
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 500
nstvout = 500
nstfout = 500
nstlog  = 1000
nstenergy = 1000
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.2
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.2
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 1.0
tc_grps = system
ref_t = 298.15
;
Pcoupl    = Berendsen
pcoupltype = isotropic
tau_p = 1.0
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = yes
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim =
constraints = hbonds
体系的构建如下
(, 下载次数 Times of downloads: 36)

再群里问sob老师，老师说差别不大，是可以进一步做平衡相模拟的。所以我想请问各位老师，进行NPT模拟后，体系的平均压力在参考压力多少范围浮动是正常可接受的？

如果密度等其他参数稳定在一定值不变，压力离参考压力远，这是因为体系构建不合理吗？通过调节压力时间参数等参数可以使体系变得合理吗？

作者
Author: sun666 时间: 2021-4-27 22:08
看模拟最后阶段的压力在设置压力的附近波动就可以。压力波动大范围是很大的，平衡压力-6.1已经可以了。

作者
Author: 哪有这么脆弱 时间: 2021-4-27 23:02

sun666 发表于 2021-4-27 22:08
看模拟最后阶段的压力在设置压力的附近波动就可以。压力波动大范围是很大的，平衡压力-6.1已经可以了。

老师我是用gmx energy提取压力后看得这个地方是对得吗 (, 下载次数 Times of downloads: 48)
谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-27 23:59
压力波动大非常正常，别在意这个
(, 下载次数 Times of downloads: 40)

要统计平均压力应当统计已经达到平衡的部分。1000 ps之前压力还在显著大幅上升的区域显然不能在算平均值的时候纳入进去

作者
Author: 哪有这么脆弱 时间: 2021-4-28 08:49
好的谢谢社长！

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