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标题: 如何在进行二维柔性扫描时只扫描部分点？ [打印本页]

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Author: Accelerator 时间: 2021-4-29 12:09
标题: 如何在进行二维柔性扫描时只扫描部分点？
在进行二维扫描时，时常只关心势能面的一部分区域，完整的二维扫描会造成巨额的机时浪费，而且很多不关心的数据点往往结构都十分非物理，经常出现几何优化不收敛。为了避免对不感兴趣的区域的搜索，我目前的思路是首先用一个低耗时的方法运行完整的二维扫描，得到每个点相对合理的结构，再写个脚本从中提取感兴趣的点，分别做限制性优化。为了实现第一步，首先的想法是使用UFF，不过发现写opt=modredundant uff时，Gaussian会在算完第一个结构点后就正常退出，不会进行扫描。因此只能采用半经验方法，而这又使得输出文件体积非常庞大，而且很容易遇到几何优化不收敛。大家是否有好的解决方法？

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Author: zjxitcc 时间: 2021-4-29 13:13
如果是两对原子同时缩减的话（例如A-B, C-D距离同时减小），直接利用高斯的GIC功能做1维势能曲线扫描即可。不知道你关心的问题是不是这种

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Author: Accelerator 时间: 2021-4-29 13:58
本帖最后由 Accelerator 于 2021-4-29 14:23 编辑

zjxitcc 发表于 2021-4-29 13:13
如果是两对原子同时缩减的话（例如A-B, C-D距离同时减小），直接利用高斯的GIC功能做1维势能曲线扫描即可。 ...

并不是，两个反应坐标没有直接联系。
这种情况其实不少，比如我从事的动态学方面的问题，经常需要系统地探究势能面上的一片区域，建立反应坐标A和B构成的二维势能面图形，但只关心这个图中靠近坐标轴的位置，而其他位置的结构都不物理，并不关心。

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Author: paramecium86 时间: 2021-4-29 14:38
用 opt=(nomicro,modredundant) 试试看。避开 uff方法默认的优化。要不然uff就只能在opt=z-matrix下做扫描了

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Author: sobereva 时间: 2021-4-29 16:02
Gaussian的分子力场优化有专门的一部分代码来做，不是通过常规的优化关键词来控制，用opt=nomicro才能用常规关键词控制并以常规形式输出，但这不可避免会导致耗时比专用代码高而且输出信息量更大（不会比半经验结合#T少）

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