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标题: 渲染某帧构象求助 [打印本页]

作者
Author: kiss小婕55 时间: 2021-4-29 15:09
标题: 渲染某帧构象求助
大家好，今天在复习蛋白质的水中渲染视频时候，我取了最后一帧构象，发现水跑出盒子了，进而渲染出的z<50区域的结果和启示的构象不同，不知道哪里出错了，麻烦大家指导，谢谢！

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作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-29 15:54
只不过是轨迹的PBC记录问题
修正轨迹的PBC考虑，让原子始终在盒子里就完了

作者
Author: kiss小婕55 时间: 2021-4-29 16:17

sobereva 发表于 2021-4-29 15:54
只不过是轨迹的PBC记录问题
修正轨迹的PBC考虑，让原子始终在盒子里就完了

Sob老师，使用gmx trjconv -f md2.xtc -s md.tpr -b 25000 -e 25000 -o 25ns.gro -center么？这里需要建立索引文件么？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-29 16:20

kiss小婕55 发表于 2021-4-29 16:17
Sob老师，使用gmx trjconv -f md2.xtc -s md.tpr -b 25000 -e 25000 -o 25ns.gro -center么？这里需要建 ...

-pbc atoms
直接产生的轨迹文件本身就是-pbc atoms，如果你没对轨迹做任何特殊处理，理应不会那样
不需要用-center，也不需要索引文件

作者
Author: kiss小婕55 时间: 2021-4-29 16:23

sobereva 发表于 2021-4-29 16:20
-pbc atoms
直接产生的轨迹文件本身就是-pbc atoms，如果你没对轨迹做任何特殊处理，理应不会那样
不需 ...

明白了,Sob老师这个经过nojump处理后的提取的构象，谢谢老师

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