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标题: 求助：GROMACS用TI算吸附自由能时lambda设置问题 [打印本页]

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Author: 活性炭 时间: 2021-4-30 20:44
标题: 求助：GROMACS用TI算吸附自由能时lambda设置问题
我用如下图1中的lambda间距进行采样（共计41个采样窗口），但是结果不太理想，窗口的重叠度不好（重叠矩阵见图2）。请问该如何调整采样窗口的lambda设置来重新计算呢？
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作者
Author: wuzhiyi 时间: 2021-5-2 03:19
-replex 1000 -nex 1000000

作者
Author: 活性炭 时间: 2021-5-2 09:21

wuzhiyi 发表于 2021-5-2 03:19
-replex 1000 -nex 1000000

谢谢您的回复！请问是在mdrun中加上这两个参数重新进行窗口采样的模拟吧？那么lambda还需重新设置吗？

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2021-5-2 16:31

活性炭发表于 2021-5-2 09:21
谢谢您的回复！请问是在mdrun中加上这两个参数重新进行窗口采样的模拟吧？那么lambda还需重新设置吗？

不需要

作者
Author: 活性炭 时间: 2021-5-2 16:42

wuzhiyi 发表于 2021-5-2 16:31
不需要

谢谢您的回复！再请问下加上这两个参数是只重新跑重叠度不好的lambda采样窗口呢？还是所有采样窗口均需加上这两个参数之后重新跑呢？

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2021-5-2 21:00
所有窗口加上这样两个参数一起跑

作者
Author: 活性炭 时间: 2021-5-3 09:21

wuzhiyi 发表于 2021-5-2 21:00
所有窗口加上这样两个参数一起跑

好的，谢谢您！

作者
Author: 活性炭 时间: 2021-5-4 15:50

wuzhiyi 发表于 2021-5-2 21:00
所有窗口加上这样两个参数一起跑

您好！我加上这两个参数跑了，但是报错提示如下：
Fatal error:
Need at least two replicas for replica exchange (option -multi)
应该是要加上 -multi 这个选项，但是我不太理解 -multi 选项的具体用法，望指导！

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2021-5-4 17:38
假设你有4个窗口 lambda.1 ~ lambda.4
gmx mdrun -deffnm prod -multidr lambda.1 lambda.2 lambda.3 lambda.4 -replex 1000 -nex 1000000

作者
Author: 活性炭 时间: 2021-5-4 18:01

wuzhiyi 发表于 2021-5-4 17:38
假设你有4个窗口 lambda.1 ~ lambda.4
gmx mdrun -deffnm prod -multidr lambda.1 lambda.2 lambda.3 lamb ...

谢谢您的回复！这下懂了，我重新跑下。

作者
Author: 活性炭 时间: 2021-6-25 15:37

wuzhiyi 发表于 2021-5-4 17:38
假设你有4个窗口 lambda.1 ~ lambda.4
gmx mdrun -deffnm prod -multidr lambda.1 lambda.2 lambda.3 lamb ...

您好，加上这两个参数之后有几个窗口的重叠度依旧不是很好，如下图所示，烦请您看看有什么解决方法。

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2021-6-25 23:58

活性炭发表于 2021-6-25 15:37
您好，加上这两个参数之后有几个窗口的重叠度依旧不是很好，如下图所示，烦请您看看有什么解决方法。

多加点窗口

作者
Author: 活性炭 时间: 2021-6-28 09:13

wuzhiyi 发表于 2021-6-25 23:58
多加点窗口

谢谢您的回复！但是增加采样窗口的话我还有个疑问想请教您一下。例如我的lambda设置如下，共11个采样窗口：
vdw-lambdas  = 0.00 0.05 0.10 0.15 0.20 0.25 0.30 0.35 0.40 0.45 0.50
coul-lambdas  = 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
假如，第二（vdw-lambda=0.05）、第三（vdw-lambda=0.10）、第四（vdw-lambda=0.15）这三个采样窗口的重叠度不好，我新增两个（vdw-lambda=0.075、vdw-lambda=0.0.125）采样窗口，这样的话，是得用如下的lambda设置把13个采样窗口都重新跑一遍吗？
vdw-lambdas  = 0.00 0.05 0.075 0.10 0.0.125 0.15 0.20 0.25 0.30 0.35 0.40 0.45 0.50
coul-lambdas  = 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00    0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
我发现如果单独跑这两个新增的采样窗口，也就是用如下的lambda设置，跑完的dhdl没法儿跟其他的一起来分析，会报错：
vdw-lambdas  = 0.075 0.0.125
coul-lambdas  = 0.00 0.00

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2021-6-30 18:28
你可以用mdrun -rerun来重新生成dhdl

作者
Author: 活性炭 时间: 2021-7-1 09:01

wuzhiyi 发表于 2021-6-30 18:28
你可以用mdrun -rerun来重新生成dhdl

谢谢您的回复！
您的意思是mdp中用如下设置将这两个新增的采样窗口重新跑完，然后跟之前的11个采样窗口的轨迹一起，再用mdrun -rerun来重新生成13个dhdl，最后再一起分析吗？
vdw-lambdas = 0.075 0.0.125
coul-lambdas = 0.00 0.00

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2021-7-5 03:21
用
vdw-lambdas = 0.00 0.05 0.075 0.10 0.0.125 0.15 0.20 0.25 0.30 0.35 0.40 0.45 0.50
coul-lambdas = 0.00 0.00 0.0 0.0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
来跑rerun

作者
Author: 活性炭 时间: 2021-7-5 08:19

wuzhiyi 发表于 2021-7-5 03:21
用
vdw-lambdas = 0.00 0.05 0.075 0.10 0.0.125 0.15 0.20 0.25 0.30 0.35 0.40 0.45 0.50
coul-lambda ...

谢谢您的回复！我试下

作者
Author: 王家小姐 时间: 2021-8-1 10:16
本帖最后由王家小姐于 2021-8-2 09:41 编辑

您好，请问您的rerun跑成功了吗?我用rerun重新得到的dhld.xvg后，用alchemical_analysis.py计算结合能，老是提示我“File "/home/test2/K80-test/AFEG/Bina/solvent/dHdl_files/alchemical-analysis-master/alchemical_analysis/alchemical_analysis.py", line 1296, in <module> main()
File "/home/test2/K80-test/AFEG/Bina/solvent/dHdl_files/alchemical-analysis-master/alchemical_analysis/alchemical_analysis.py", line 1225, in main
nsnapshots, lv, dhdlt, u_klt = parser_gromacs.readDataGromacs(P)
File "/home/test2/K80-test/AFEG/Bina/solvent/dHdl_files/alchemical-analysis-master/alchemical_analysis/parser_gromacs.py", line 324, in readDataGromacs
nsnapshots[nf,nf] += unixlike.wcPy(f.filename) - f.skip_lines - 1*bLenConsistency
IndexError: index 17 is out of bounds for axis 1 with size 17”

作者
Author: 活性炭 时间: 2021-8-30 09:44

王家小姐发表于 2021-8-1 10:16
您好，请问您的rerun跑成功了吗?我用rerun重新得到的dhld.xvg后，用alchemical_analysis.py计算结合能，老 ...

你这个报错是将两组不同的lambda值一起分析引起的，你用同一组lambda值重新rerun，再分析

作者
Author: 王家小姐 时间: 2022-2-19 11:23
本帖最后由王家小姐于 2022-2-19 11:34 编辑

活性炭发表于 2021-8-30 09:44
你这个报错是将两组不同的lambda值一起分析引起的，你用同一组lambda值重新rerun，再分析

请问具体要怎么做呀？我第一次接触不是很懂，您的命令和准备文件方便不方便给我参考一下呀？

作者
Author: 活性炭 时间: 2022-3-14 15:48
本帖最后由活性炭于 2022-3-14 15:53 编辑

王家小姐发表于 2022-2-19 11:23
请问具体要怎么做呀？我第一次接触不是很懂，您的命令和准备文件方便不方便给我参考一下呀？

单独跑完新增的采样窗口，不用输出dhdl文件，只需要得到轨迹文件即可，然后根据轨迹用rerun把所有采样窗口用新的mdp重新跑一遍得到dhdl文件
最后，假设你增加采样窗口之后，现在一共有4个窗口 lambda.1 ~ lambda.4
gmx mdrun -deffnm prod -multidr lambda.1 lambda.2 lambda.3 lambda.4 -replex 1000 -nex 1000000

作者
Author: 王家小姐 时间: 2022-5-16 17:09

活性炭发表于 2022-3-14 15:48
单独跑完新增的采样窗口，不用输出dhdl文件，只需要得到轨迹文件即可，然后根据轨迹用rerun把所有采样 ...

请问“gmx mdrun -deffnm prod -multidr lambda.1 lambda.2 lambda.3 lambda.4 -replex 1000 -nex 1000000”是不是就是跑的rerun，还是需要用到rerun命令呢？如果用rerun命令的话，您能给个命令用法吗？我看教程尝试的命令都不对，多谢您

作者
Author: 活性炭 时间: 2022-6-8 15:47

王家小姐发表于 2022-5-16 17:09
请问“gmx mdrun -deffnm prod -multidr lambda.1 lambda.2 lambda.3 lambda.4 -replex 1000 -nex 100000 ...

需要把所有采样窗口一起rerun一下
比如对第一个窗口，rerun的命令可以参考：
gmx_mpi grompp -f prod.1.mdp -c prod.gro -p topol.top -o prod.tpr
gmx_mpi mdrun -deffnm prod -rerun prod.xtc -dhdl dhdl
第二个窗口用prod.2.mdp，其它参数不变
其余窗口以此类推，用对应的mdp文件即可

作者
Author: ZINCxxy 时间: 2024-7-1 21:38
你好，我想请教一下，我在使用TI算吸附自由能的时候，算完之后用生成的xvg和edr分析后提示我没有delta H这一项，这是什么原因所致呢，是因为mdp中设置的一些错误吗？此问题困扰颇久，非常感谢解答

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