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标题: npt系综下水中的蛋白模拟出现问题 [打印本页]

作者
Author: Fmu 时间: 2021-5-1 15:38
标题: npt系综下水中的蛋白模拟出现问题
用gromacs根据教程跑水中的蛋白，模拟体系是一个蛋白和125个水分子在180K下npt系综下跑1ns。查看md.gro也没有跑散，但是查看密度，100ps-200ps间出现一小段等与0的情况，后面又稳定在一个新的值，但是跟预平衡时不一样。请问为什么会出现这种断点跳跃？这样的md结果怎么改正？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-1 23:24
125个水分子也太少了，几乎不可能
没细节没法说，密度为0相当于盒子无限大，明显不可能

作者
Author: Fmu 时间: 2021-5-3 13:54
本帖最后由 Fmu 于 2021-5-3 13:58 编辑

因为需要模拟冻干蛋白的轨迹，所以我添加了很少的水分子，其余是按照教程操作，但是改变温度后，模拟常常不能稳定运行。增加到1000个水分子，在300K下，md.gro文件，会看到水和蛋白分离的情况，想知道这种会影响蛋白轨迹的准确性吗？

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