计算化学公社
标题:
chk文件批量转化为fchk时遇到的问题及解决方法
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作者Author:
PESPES
时间:
2021-5-1 17:38
标题:
chk文件批量转化为fchk时遇到的问题及解决方法
批处理脚本:
#!/bin/bash
for inf in *.chk
do
formchk ${inf}
done
遇到的问题:
1.’syntax error near unexpected token do’
2.Segmentation fault
解决方法:
1.
这种情况发生的原因是因为处理文件的换行符是
dos
格式的
"\r\n"
可以使用
cat
-v
文件名
来查看换行符属于哪种种格式。如果是前者,则行结尾会是
^M
,需要转换成
linux/unix
格式的
"\n"
。转换命令
sed
's/\r//'
原文件
>
转换后文件
。
2.内存不足,需要给与更大的内存,命令
export GAUSS_MEMDEF=200000000
,
单位是比特。
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